| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 372,468 | C→T | G108G (GGC→GGT) | mhpF → | acetaldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 372,468 | 0 | C | T | 99.4% | 613.3 / NA | 172 | G108G (GGC→GGT) | mhpF | acetaldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (90/81); total (90/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CAGCGCCGGTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGCCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACATGGTCACCTGCGGCGGCCAGGCCACCATTC > NC_000913/372378‑372556 | cAGCGCCGGTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAGCCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGtcc > 1:1195617/1‑93 (MQ=255) gcgcCGGTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCtt < 2:1645329/93‑1 (MQ=255) cgcCGGTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTa > 2:1668562/1‑93 (MQ=255) gcCGGTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTAc < 1:1795352/93‑1 (MQ=255) ccGGTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACt > 2:172274/1‑93 (MQ=255) cGGTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTg > 2:3849927/1‑93 (MQ=255) ggTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGc > 1:2615394/1‑93 (MQ=255) ggTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGc < 1:3167517/93‑1 (MQ=255) gTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCg < 1:1210768/93‑1 (MQ=255) gTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCg < 1:743868/93‑1 (MQ=255) gTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCg < 1:1954973/93‑1 (MQ=255) tGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGt < 1:2427709/93‑1 (MQ=255) cTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGc > 1:3381029/1‑93 (MQ=255) cTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGc < 2:2771/93‑1 (MQ=255) cTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGc > 2:3392935/1‑93 (MQ=255) tCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGcc > 2:1567859/1‑93 (MQ=255) tCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGcc > 2:2618113/1‑93 (MQ=255) tCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGcc < 2:910440/93‑1 (MQ=255) tCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGcc < 1:2283917/93‑1 (MQ=255) tCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGcc > 1:1667815/1‑93 (MQ=255) aTGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCgg > 2:3259848/1‑93 (MQ=255) aTGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCgg < 1:4270328/93‑1 (MQ=255) tgtgAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCggt < 2:4508487/93‑1 (MQ=255) tgAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCggtgg < 1:3448947/93‑1 (MQ=255) gAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCggtggt > 1:225574/1‑93 (MQ=255) gAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCggtggt > 2:1511656/1‑93 (MQ=255) aaaCGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTaa > 1:647718/1‑93 (MQ=255) aaaCGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTaa < 2:3492065/93‑1 (MQ=255) aaaCGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTaa < 1:2091333/93‑1 (MQ=255) aaaCGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTaa < 2:2122207/93‑1 (MQ=255) aaCGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAAc > 1:2946219/1‑93 (MQ=255) cGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCt < 1:2317953/93‑1 (MQ=255) gATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTc < 2:218104/93‑1 (MQ=255) gATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTc < 1:4461046/93‑1 (MQ=255) tGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGa < 1:2065729/93‑1 (MQ=255) tGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGa < 1:2549761/93‑1 (MQ=255) tGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGa < 2:2110233/93‑1 (MQ=255) gCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAg < 2:495319/93‑1 (MQ=255) gCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAg > 2:719049/1‑93 (MQ=255) gCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAg < 1:2132553/93‑1 (MQ=255) gCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAg < 2:3284152/93‑1 (MQ=255) ccGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAAGTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAgg > 1:822362/1‑93 (MQ=255) cGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGc < 1:2267547/93‑1 (MQ=255) gCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCg > 1:3791687/1‑93 (MQ=255) gCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCg > 1:1630844/1‑93 (MQ=255) cTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGa < 1:1531754/93‑1 (MQ=255) tttACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGaa > 1:4020414/1‑93 (MQ=255) ttACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAAc < 2:4609572/93‑1 (MQ=255) tACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACg > 2:3157206/1‑93 (MQ=255) tACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACg > 2:3063821/1‑93 (MQ=255) cgcgAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTc < 1:1690639/93‑1 (MQ=255) gcgaagcgaaACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCg > 2:230614/1‑93 (MQ=255) aagcgaaACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATc < 1:4089106/93‑1 (MQ=255) agcgaaACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCa > 2:2800158/1‑93 (MQ=255) gcgaaACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCaa > 2:2497841/1‑93 (MQ=255) gcgaaACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCaa > 2:3028090/1‑93 (MQ=255) gcgaaACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCaa < 2:4007704/93‑1 (MQ=255) gcgaaACCGGAGATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCaa < 1:3827073/93‑1 (MQ=255) cgaaACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAAc < 1:4159451/93‑1 (MQ=255) aaCCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGa > 1:452559/1‑93 (MQ=255) aaCCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGa < 1:1297161/93‑1 (MQ=255) aCCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGaa > 2:2007282/1‑93 (MQ=255) ccGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAAc < 2:2517436/93‑1 (MQ=255) cGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACg < 2:3654497/93‑1 (MQ=255) cGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACg > 2:2304830/1‑93 (MQ=255) cGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACg > 2:1431961/1‑93 (MQ=255) ggATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACgc > 2:3560651/1‑92 (MQ=255) atTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAAc > 2:3595792/1‑93 (MQ=255) ttCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACa > 2:4400916/1‑93 (MQ=255) ttCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACa > 2:1172764/1‑93 (MQ=255) 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ctgcCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACCTGGTCACCTGCGGCggccagcccc > 2:2878501/1‑92 (MQ=255) gcCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACATGGTCACCTGCGGCGGCCAGGccacc < 2:1818239/93‑1 (MQ=255) gcCATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACATGGTCACCTGCGGCGGCCAGGccacc > 1:3003495/1‑93 (MQ=255) ccATCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACATGGTCACCTGCGGCGGCCAGGccacca < 1:1122630/93‑1 (MQ=255) aTCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACATGGTCACCTGCGGCGGCCAGGCCACCAtt < 1:4354289/93‑1 (MQ=255) tCGGTCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACATGGTCACCTGCGGCGGCCAGGCCACCATTc > 2:2695000/1‑93 (MQ=255) | CAGCGCCGGTGCTCATGTGAAAAACGATGCCGCTTTACGCGAAGCGAAACCGGATATTCGCTTAATTGACCTGACGCCTGCTGCCATCGGCCCTTACTGCGTGCCGGTGGTTAACCTCGAGGCGAACGTCGATCAACTGAACGTCAACATGGTCACCTGCGGCGGCCAGGCCACCATTC > NC_000913/372378‑372556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |