| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,660,679 | T→C | L879P (CTG→CCG) | yhiV → | putative transport system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,660,679 | 0 | T | C | 99.6% | 703.9 / ‑4.8 | 224 | L879P (CTG→CCG) | yhiV | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (132/90); total (134/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTG > NC_000913/3660589‑3660768 | ttCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGTCCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTAAGCGATTTCACCgg < 2:4604928/93‑1 (MQ=255)ttCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCgg < 1:364086/93‑1 (MQ=255)ttCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCgg < 1:2941606/93‑1 (MQ=255) ggCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCgt > 2:4162442/1‑93 (MQ=255) cAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCgtgg < 1:3980375/93‑1 (MQ=255) aGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCgtggt > 1:4429303/1‑93 (MQ=255) 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aTCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATga > 1:519417/1‑93 (MQ=255) aTCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATga < 2:2427427/93‑1 (MQ=255) tCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATgag > 1:3269391/1‑93 (MQ=255) tCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATgag > 2:3177955/1‑93 (MQ=255) tCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATgag > 1:4572271/1‑93 (MQ=255) gTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGagag > 1:1194196/1‑93 (MQ=255) aTCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCt > 2:1416499/1‑93 (MQ=255) aTCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCt > 2:7609/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |