| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,787,906 | A→G | intergenic (‑198/+41) | yibD ← / ← tdh | putative regulator/threonine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,787,906 | 0 | A | G | 99.2% | 839.5 / ‑3.4 | 264 | intergenic (‑198/+41) | yibD/tdh | putative regulator/threonine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (151/111); total (152/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCG > NC_000913/3787816‑3787995 | gagagaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTc < 2:4061848/93‑1 (MQ=255) gagaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAg > 2:1387920/1‑93 (MQ=255) gagaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAg > 1:2434925/1‑93 (MQ=255) gagaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAg > 1:2901607/1‑93 (MQ=255) agaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGa < 1:3999161/93‑1 (MQ=255) agaTAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTGTCCTCAGa > 1:1578659/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |