| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,795,982 | A→G | S320P (TCC→CCC) | rfaK ← | putative hexose transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,795,982 | 0 | A | G | 99.6% | 760.1 / NA | 239 | S320P (TCC→CCC) | rfaK | putative hexose transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (152/86); total (152/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > NC_000913/3795892‑3796071 | tctTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGcc > 2:1628130/1‑93 (MQ=255) ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa < 1:1092555/93‑1 (MQ=255) ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa < 2:1936706/93‑1 (MQ=255) tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt > 1:1297691/1‑93 (MQ=255) aCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt > 1:3033231/1‑93 (MQ=255) aCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt > 2:398147/1‑93 (MQ=255) 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gatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGatat > 2:2321130/1‑93 (MQ=255) atTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATg > 2:3777649/1‑93 (MQ=255) atTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATg < 1:4307220/93‑1 (MQ=255) ttCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGa < 1:2434883/93‑1 (MQ=255) tCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGaa > 2:3285163/1‑93 (MQ=255) ggggCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACaa > 2:1497750/1‑93 (MQ=255) | TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > NC_000913/3795892‑3796071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |