| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,835,478 | T→C | V300A (GTA→GCA) | yicK → | two‑module transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,835,478 | 0 | T | C | 96.6% | 793.3 / 10.4 | 265 | V300A (GTA→GCA) | yicK | two‑module transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/4); new base C (128/128); total (133/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCATGCTTT > NC_000913/3835388‑3835567 | tgTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCAc > 1:1070357/1‑93 (MQ=255)tgTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCAc > 2:3352053/1‑93 (MQ=255)tgTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCAc < 1:1738840/93‑1 (MQ=255) gTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACt > 1:2706685/1‑93 (MQ=255) ttAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTc > 1:620102/1‑93 (MQ=255) tAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCa < 1:2917172/93‑1 (MQ=255) aTCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATg < 2:4616402/93‑1 (MQ=255) tCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATgg < 1:1322995/93‑1 (MQ=255) tCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATgg > 2:3125559/1‑93 (MQ=255) cAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGcga < 1:550270/93‑1 (MQ=255) cAGGCTATTACATGAAACGCATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGcga > 2:4560423/1‑93 (MQ=255) aGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGcgac > 1:2544655/1‑93 (MQ=255) aGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGcgac > 2:3804037/1‑93 (MQ=255) ggCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGcgacg > 1:500093/1‑93 (MQ=255) ggCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGcgacg > 1:1655406/1‑93 (MQ=255) tATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCCTCGCGACGACt > 2:1321181/1‑93 (MQ=255) tATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACt > 1:869889/1‑93 (MQ=255) aTTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTc > 1:21314/1‑93 (MQ=255) aTTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTc < 2:1978685/93‑1 (MQ=255) ttACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTcc < 2:1452872/93‑1 (MQ=255) ttACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTcc < 2:4114657/93‑1 (MQ=255) tACATGAAACGTATTGCCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCcg < 1:3314927/93‑1 (MQ=255) aCATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCcgg < 2:387085/93‑1 (MQ=255) cATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCcggc > 2:2006169/1‑93 (MQ=255) cATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCcggc > 1:81957/1‑93 (MQ=255) cATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCcggc < 2:2517224/93‑1 (MQ=255) aTGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCcggcg > 1:3928435/1‑93 (MQ=255) tGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCcggcgg < 1:1966401/93‑1 (MQ=255) gAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGt > 1:3147491/1‑93 (MQ=255) aaaCGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGtt < 2:1156402/93‑1 (MQ=255) aaaCGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGtt > 1:2459990/1‑93 (MQ=255) aCGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGa < 2:2425491/93‑1 (MQ=255) aCGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGa < 1:3389332/93‑1 (MQ=255) aCGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGa < 1:2994453/93‑1 (MQ=255) tATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCt > 1:4147721/1‑93 (MQ=255) tATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCt < 2:835397/93‑1 (MQ=255) aTTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTg < 1:2334940/93‑1 (MQ=255) ggCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGaa < 2:2592451/93‑1 (MQ=255) 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cTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAAtt > 2:1516665/1‑93 (MQ=255) tATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTc < 1:2817302/93‑1 (MQ=255) aTTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCt < 1:4198912/93‑1 (MQ=255) aTTAAGTCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGTCTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCt < 1:1593770/93‑1 (MQ=255) ttAATGCTCTTTGCTATCGTGAATGGAATGTGTTTTTAAGCCAGCACACTCATGGCGACGAATCCGGCGGTTGAGCTAGAATAGCATATTCtt > 2:3737281/1‑93 (MQ=255) ttAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCtt > 2:4322304/1‑93 (MQ=255) ttAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCtt > 2:1830522/1‑93 (MQ=255) tAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTa < 2:3206121/93‑1 (MQ=255) aaTGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTaa < 1:1533296/93‑1 (MQ=255) tGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGTATTGCAACTTCTTAATg > 2:2215013/1‑93 (MQ=255) tCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCa > 2:2200021/1‑93 (MQ=255) tCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCa < 1:1371536/93‑1 (MQ=255) tCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCa < 1:2185597/93‑1 (MQ=255) cATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCAt < 1:1083119/93‑1 (MQ=255) cATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCAt > 1:1233762/1‑93 (MQ=255) cATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCAt < 1:3742233/93‑1 (MQ=255) 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gtTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTa > 1:1606726/1‑93 (MQ=255) gtTTTTACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTa < 1:3318520/93‑1 (MQ=255) tttttACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTAt < 2:4388670/93‑1 (MQ=255) tttACGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCg > 1:2223577/1‑93 (MQ=255) tcGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCa < 1:3499457/92‑1 (MQ=255) aCGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCa < 2:422198/93‑1 (MQ=255) aCGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCa < 1:1501664/93‑1 (MQ=255) aCGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCa > 1:3593427/1‑93 (MQ=255) aCGCCAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCa < 2:1266281/93‑1 (MQ=255) acAGCGCACTCATGGCGACGACTCAGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCATGc < 2:489775/92‑1 (MQ=255) cAGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCATGCt > 2:1762001/1‑93 (MQ=255) aGCGCACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCATGCtt < 2:4294640/93‑1 (MQ=255) gcgcACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCATGCttt > 1:2000138/1‑93 (MQ=255) gcgcACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCATGCttt > 1:1865708/1‑93 (MQ=255) | TGTTAATCGCAGGCTATTACATGAAACGTATTGGCAAGCGACTATTAATGCTCATTGCTATCGTGAGTGGAATGTGTTTTTACGCCAGCGTACTCATGGCGACGACTCCGGCGGTTGAGCTGGAATTGCAAATTCTTAATGCCATCTTCCTTGGTATTCTCTGTGGTATCGGCATGCTTT > NC_000913/3835388‑3835567 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |