| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 419,492 | T→C | R226R (CGT→CGC) | brnQ → | branched chain amino acid transport system II carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 419,492 | 0 | T | C | 99.3% | 474.5 / NA | 150 | R226R (CGT→CGC) | brnQ | branched chain amino acid transport system II carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (89/60); minor base G (1/0); total (90/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCT > NC_000913/419402‑419581 | cATGGGTACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCta > 1:4556463/1‑93 (MQ=255)cATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCta < 2:1257928/93‑1 (MQ=255)cATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCta < 2:2693509/93‑1 (MQ=255) aTGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtat > 2:4258751/1‑93 (MQ=255) aTGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtat < 1:1265806/93‑1 (MQ=255) tGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtata > 1:1336214/1‑93 (MQ=255) tGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtata > 2:1062565/1‑93 (MQ=255) tGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtata > 2:220580/1‑93 (MQ=255) ggATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAc < 2:3530793/93‑1 (MQ=255) gATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAcc < 2:4370239/93‑1 (MQ=255) gATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAcc > 2:1264517/1‑93 (MQ=255) gATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAcc < 2:158138/93‑1 (MQ=255) gATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAcc < 2:3119446/93‑1 (MQ=255) aCGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTCCCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTc < 2:2766936/93‑1 (MQ=255) aCGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTc < 1:2575533/93‑1 (MQ=255) gCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTg < 2:1394158/93‑1 (MQ=255) tGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTggg < 2:3016875/93‑1 (MQ=255) gggCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGc < 1:3270484/93‑1 (MQ=255) gcgcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTg > 2:1380829/1‑93 (MQ=255) gcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAACGTCTGGGCTGGc > 1:520143/1‑93 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt > 2:2598914/1‑93 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt > 2:729274/1‑93 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt > 1:1052798/1‑93 (MQ=255) aTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACGCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCtt > 1:4618638/1‑92 (MQ=255) aTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTg > 2:630997/1‑93 (MQ=255) aTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTg > 2:3427726/1‑93 (MQ=255) aTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTg < 2:1815072/93‑1 (MQ=255) aTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTg > 1:638713/1‑93 (MQ=255) ggTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGAt > 1:3634121/1‑93 (MQ=255) gtgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATg < 2:612575/93‑1 (MQ=255) gtgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATg < 2:152141/93‑1 (MQ=255) tgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATgg < 2:1946937/93‑1 (MQ=255) tttGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCg < 2:3423544/93‑1 (MQ=255) ttGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCgg > 2:3169380/1‑93 (MQ=255) tGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCggg > 2:535018/1‑93 (MQ=255) ggTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgt < 1:2036260/93‑1 (MQ=255) gTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTGTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtg < 1:3308952/93‑1 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGGCCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgggt > 2:4017947/1‑93 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt < 1:3101953/93‑1 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt > 2:1984363/1‑93 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt > 2:4017948/1‑93 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt > 2:4070105/1‑93 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt > 1:973783/1‑93 (MQ=255) aTCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGtt < 1:1793404/93‑1 (MQ=255) tCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTg > 2:3115831/1‑93 (MQ=255) ttATTGTTAACGCGGCGCGGGCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTc < 2:4161630/93‑1 (MQ=255) ttGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGGGTTGGTCTGa > 2:3287150/1‑93 (MQ=255) tGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGAc < 1:3906649/93‑1 (MQ=255) gTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGAct > 1:1781073/1‑93 (MQ=255) gTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGGGTTGGTCTGAct > 1:3058923/1‑93 (MQ=255) tAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGActct < 1:1871675/93‑1 (MQ=255) aCGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTGTGACTctgc > 1:630210/1‑93 (MQ=255) cgcgGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTctgct < 2:1872279/93‑1 (MQ=255) cggcgCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGt < 1:2321790/93‑1 (MQ=255) ggcgCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTa > 2:1728289/1‑93 (MQ=255) gcgTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCt > 1:1877835/1‑93 (MQ=255) gTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTTGGCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTgg > 2:2664668/1‑93 (MQ=255) gTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGCGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCttg > 1:1419105/1‑91 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGCAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGGGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCCGgc > 2:2580747/1‑93 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc > 2:162326/1‑93 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc > 2:1768216/1‑93 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc > 2:186491/1‑93 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTCACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc < 2:2265298/93‑1 (MQ=255) ctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGGGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgcgc > 2:2429945/1‑93 (MQ=255) cGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTg < 1:4584058/93‑1 (MQ=255) tGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGtt > 2:3835327/1‑93 (MQ=255) tGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGtt > 2:4466979/1‑93 (MQ=255) tGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGCCTGACTCTCCTGTACCTGGCGCTGtt > 1:1365702/1‑93 (MQ=255) ggCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTc > 1:4181368/1‑93 (MQ=255) gCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATCCCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTTCTGTCCCTGGCGCTGTTcc < 2:580226/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |