| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 424,669 | C→T | G145G (GGC→GGT) | queA → | putative S‑adenosylmethionine |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 424,669 | 0 | C | T | 99.5% | 658.6 / NA | 185 | G145G (GGC→GGT) | queA | putative S‑adenosylmethionine |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (88/96); minor base G (1/0); total (89/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TAACGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGCCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTGACCGCGAACTTTATCAAACCGTTTATAGCGAAAAACCGGGCGC > NC_000913/424579‑424758 | tAACGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCa < 2:3992312/93‑1 (MQ=255) aCGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCata < 1:3129654/93‑1 (MQ=255) aCGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCata < 2:2870758/93‑1 (MQ=255) aCGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCata < 1:1389805/93‑1 (MQ=255) aCGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCata < 1:4007313/93‑1 (MQ=255) aCGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCata < 1:4408323/93‑1 (MQ=255) cGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCatat < 1:3876724/93‑1 (MQ=255) cGCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCatat < 1:4430462/93‑1 (MQ=255) gCAACAATGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATAtg > 2:4068900/1‑93 (MQ=255) caacaaTGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATAtgc > 1:1234743/1‑93 (MQ=255) aacaaTGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATAtgcc < 2:3408580/93‑1 (MQ=255) acaaTGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATAtgccg < 1:4237043/93‑1 (MQ=255) aTGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATAtgccgctg > 2:2284440/1‑93 (MQ=255) aTGACCGCGCGCCACGGCGCACTGTTTGAAGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATAtgccgctg > 1:1910481/1‑93 (MQ=255) 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aGTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGa < 2:1462217/93‑1 (MQ=255) gTCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGAc < 2:4275912/93‑1 (MQ=255) tCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACg > 1:407213/1‑93 (MQ=255) tCGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACg > 2:2787957/1‑93 (MQ=255) cGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGc < 2:4256010/93‑1 (MQ=255) cGAATTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGc < 2:2389698/93‑1 (MQ=255) aaTTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTg > 1:3152390/1‑93 (MQ=255) aaTTTAATGATGAACGCTCGGTGCTGGATATTCTCAACAGCATCGGTCATATGCCGCTGCCGCCGTATATCGACCGTCCGGACGAAGACGCTg > 1:4611935/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |