| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,958,261 | T→C | intergenic (‑830/‑31) | ppiC ← / → rep | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C/rep helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,958,261 | 0 | T | C | 98.4% | 185.6 / ‑5.6 | 62 | intergenic (‑830/‑31) | ppiC/rep | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C/rep helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (28/33); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GGTCTTCTCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑T‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTCGTTACCGGCCC > NC_000913/3958174‑3958341 | ggTCTTCTCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑cc‑‑c‑‑ccccc < 2:4501298/93‑1 (MQ=255)ggTCTTCTCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑cc‑‑c‑‑ccccc > 1:4401209/1‑93 (MQ=255) gTCTTCTCTCTCTGCTTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGACTCTGCTA‑C‑AC‑‑A‑‑Cc‑‑c‑‑cccccc > 2:3026830/1‑93 (MQ=255) gTCTTCTCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑Cc‑‑c‑‑cccccc > 2:3936964/1‑93 (MQ=255) gTCTTCTCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑Cc‑‑c‑‑cccccc > 1:3723554/1‑93 (MQ=255) gTCTTCTCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGCTAGCGGCATACACGCGGTCACATTCAAATGCGACTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑T‑‑cccccc > 2:3791412/1‑93 (MQ=255) tcttctCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑C‑‑caccccc > 2:3044620/1‑92 (MQ=255) ttctCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACTTGTTTGCGGCTTACGCGCGGTCACATTCAAAGGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑Cc‑‑c‑‑cccccccgt < 2:4178842/93‑4 (MQ=255) ttctCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑Cc‑‑c‑‑ccccccccg > 2:1502607/1‑90 (MQ=255) ttctCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑Cc‑‑c‑‑ccccccccc > 1:129859/1‑90 (MQ=255) ctctctctGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑T‑‑cccccccgta > 2:2012588/1‑89 (MQ=255) tctctGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGaa < 1:585573/93‑1 (MQ=255) ctctGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑g < 2:3807482/93‑1 (MQ=255) tgtGATTTAAACCGCCGCGGCCAACCGGGTAGCGGCTTTCCCGGCGTGAAGTTCAAATCCATTTCCGCTACC‑AC‑‑C‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑Ga < 2:2778192/91‑1 (MQ=255) tctGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑Ga < 2:662099/93‑1 (MQ=255) tctGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGGTAGCGGCTTACCCGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑g < 1:846323/93‑1 (MQ=255) ctGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GAt < 1:3205071/93‑1 (MQ=255) tGATTTAAACCTCCCGAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACCCGCGGTCCCATTCAAATGCGATTCTGCCA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GAt < 2:2763350/93‑1 (MQ=255) tGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCCCATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GAt < 2:3242446/93‑1 (MQ=255) tGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GAt < 1:512836/93‑1 (MQ=255) tGAATTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCTGTTACATACAAATGCGAATCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GAt < 2:3915100/93‑1 (MQ=255) tttAAACCACCGGAACCAAGCGGTTTGGAGGTTCGACGCGGTGACATTCAAATTGGATTTGGGTG‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGa < 2:720491/93‑1 (MQ=255) tttAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AACCC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGa < 1:4623660/93‑1 (MQ=255) tttAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAg > 1:3104589/1‑93 (MQ=255) attAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCCGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGa < 2:4081986/92‑1 (MQ=255) ttAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACTCGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCCAA‑GTTTGAg > 2:2992938/1‑93 (MQ=255) tAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACCCGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGc < 2:906268/93‑1 (MQ=255) tAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGc < 2:4301858/93‑1 (MQ=255) tAAACACCCCCAGCCAACCCGGTAGCCGCCTACCCGCCGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AACCC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGc < 2:4129563/93‑1 (MQ=255) cATCCGCCGCCAACCGGGTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑Ta < 1:990902/93‑1 (MQ=255) aTCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CCCAC‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑Tac < 1:4232044/93‑1 (MQ=255) accGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACCCGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑Taca < 1:1514394/92‑1 (MQ=255) ccGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACAcc < 2:3807158/93‑1 (MQ=255) cGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACAcc < 2:2260953/93‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCCTTCCAA‑GATTAAGCAA‑CACACCt > 2:2102449/1‑93 (MQ=255) cAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑At < 2:1813702/93‑1 (MQ=255) cAGCCAACCCGTTAGCGTCTTACCCGCGGTCCCATTCAAAAGCGAGTCTGCCA‑A‑AAGCC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑a < 2:811686/93‑1 (MQ=255) cgCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCGAATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATg < 2:298492/92‑1 (MQ=255) cgCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑At < 1:3277072/92‑1 (MQ=255) gCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑Atc > 1:584662/1‑92 (MQ=255) ccAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGc < 1:4074116/93‑1 (MQ=255) cAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TAGACCT‑ATgggc > 2:1904487/1‑90 (MQ=255) aaCCGGTTAGGTGCGTACACGCGGTCAAATTCAAAAGCGATTCTGCTA‑C‑AAGCC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑t < 2:3402559/93‑1 (MQ=255) aCCGGTTAGGGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑Tc < 1:4430935/93‑1 (MQ=255) aCCGGTTAGCTGCTTACACGCAGTCAAACTTAAACGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑Tc < 2:946589/93‑1 (MQ=255) cgTTAGCGGCTTTCCAGCGGGCCCATTCAAATGGGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTaa < 1:4499007/92‑1 (MQ=255) gTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAAc < 1:686124/93‑1 (MQ=255) ttAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTCCCAA‑GATTGACCAA‑TACACTT‑ATGCG‑‑TCTTAAc > 2:3905541/1‑93 (MQ=255) ttAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAAcc < 1:652972/93‑1 (MQ=255) ttAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCCATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACATCT‑ATGCG‑‑TCTAAAc < 2:2863190/93‑1 (MQ=255) cGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCg < 1:2467014/93‑1 (MQ=255) ggCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCA‑ATACG‑‑TCTAAACCCCgc > 1:2390259/1‑92 (MQ=255) cTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTATGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TAAACCT‑ATGGG‑‑CCTAAACCCCGGCca > 1:4102310/1‑93 (MQ=255) tACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCcaa < 2:1185634/93‑1 (MQ=255) acGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTCCGAA‑GAATGAGAAA‑TACCACT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCcaaaca > 2:1441080/1‑90 (MQ=255) cgcgGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCcaacaac < 1:4576805/93‑1 (MQ=255) cgcgGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGCTCGAA‑GATTAAGCAA‑AACACCT‑ATTCG‑‑TCTAAACCCCGCGcaacaaa > 1:192847/1‑92 (MQ=255) cgaggTCTCATTCAAAATCGATTCGGACA‑C‑AACCC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTGCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TATAAACCCCGGCcaacaac < 2:3609865/90‑1 (MQ=255) gcgGTCACATTCAAATGCGATTTCGCTA‑A‑AAC‑C‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCcaacaacaa < 1:2117532/93‑1 (MQ=255) gcgGTCACATTCAAATGCGATTCTGTTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCcaacaaca < 1:4474197/93‑1 (MQ=255) cgGTCACATTCAAATTGCATTCTGCCA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCcaacaacaa < 2:4087260/93‑1 (MQ=255) ggTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑CCCCCCCCCCCTCCAA‑GCTTGGGAAA‑AACACCT‑ATGCGCCTCAAAACCCCCCacaacaaca > 1:2647443/1‑93 (MQ=255) ggTCACATTCAAAAGCGATTCTGCTA‑C‑AACCC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAg < 1:2318301/93‑1 (MQ=255) gTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑CACCC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCAGCCAACAACAAGc < 2:1030714/93‑1 (MQ=255) gTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGc < 1:824143/93‑1 (MQ=255) gTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGCTCCAA‑GATTGTGCAA‑TACACCT‑ATTGC‑‑TCCAAACCCCCCCccacaacaacc > 2:2773053/1‑91 (MQ=255) gTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑CCTAAACCCCGGCcaacaacaaaat > 2:2989211/1‑90 (MQ=255) gTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑CC‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCt > 2:3472489/1‑93 (MQ=255) gTCACATTCAAATGCCATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGc < 1:3341274/93‑1 (MQ=255) cttacaTTCAAATTCAATCCCGCTT‑CAAA‑‑C‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCt < 1:631016/90‑1 (MQ=255) tCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTTAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCCGCCAACCACAAGCtt > 2:3022422/1‑92 (MQ=255) tCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTg > 1:768291/1‑93 (MQ=255) cctttCAAATGCGTTTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGt < 2:910597/90‑1 (MQ=255) acaTTCAAATGCGATTCTTCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGt < 2:4551667/93‑1 (MQ=255) acaTTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑CCCCCCCCCGTTCGAA‑AATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGCCCAACAACAAACTgc > 2:695848/1‑92 (MQ=255) acaTTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑CCCCCCCCCCTTGGAA‑GATTGACCAA‑TA‑ACCTAATCCT‑‑CCTAAACCCCGCCCAACAAAAACCtcc > 2:731391/1‑91 (MQ=255) caTTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑CCCCCCCCCGTTCGAA‑GATTG‑GCAACTACACCC‑ATGGG‑‑TCTAAAACCCGGCCAAAAACAAGCttca > 1:4370240/1‑90 (MQ=255) aTTCAACTGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGGAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TGTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGa > 1:41481/1‑93 (MQ=255) aTTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCCTTCGAC‑GATTGAGGAA‑TATACCC‑ACGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAAAAAACTGGCg > 1:2757985/1‑93 (MQ=255) ttCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTTCAG‑GATTTGGAAA‑TAAACCT‑TTTCG‑‑GCTAAAACCCCCCCCACAACAACCTgctga > 2:2929074/1‑89 (MQ=255) ttCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAG‑GATTGACCAA‑AAAGCCT‑ATGGT‑‑GCTAAACCCCGGCAAACAACAAACTATcta > 2:2951286/1‑91 (MQ=255) ttCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TACCC‑‑C‑‑CCCCCCCCTCAAA‑GATATACCAA‑TCAACCT‑ATGCG‑‑CCTAAACCCCGACCAACACCAAGCTgctga > 2:1051803/1‑89 (MQ=255) taaaaTGCCGTTCCGCTA‑C‑AA‑‑C‑‑CC‑‑CCCCCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TCCCCCT‑ATGCG‑‑TCTAACCCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGaa < 2:2961613/91‑1 (MQ=255) tCAAATGCGATTTTGCTA‑C‑AAACC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGaa < 2:42708/93‑1 (MQ=255) tCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAT‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGaa < 2:1113773/93‑1 (MQ=255) taaaTGCGAATCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAAt < 1:4533842/92‑1 (MQ=255) aaaTGCGATTCTGCTA‑C‑AAG‑C‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTc < 1:2604362/93‑1 (MQ=255) aaaGGCGATTCTGCAA‑C‑AAC‑C‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTc < 1:2592607/93‑1 (MQ=255) aaggCGATCCTCCTA‑C‑AC‑‑C‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTCGt < 1:3689792/90‑1 (MQ=255) aaTGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCCGTCTAAGGATTTAGAGA‑AAACCCT‑ATTGG‑‑CCTAAACCCCGGCCAGCAACACGATGTTGaagtt > 2:4332518/1‑90 (MQ=255) aaTGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGCTCGAA‑GATTTAGCAA‑TACACCC‑ATGCG‑‑TCTAAAAACCGGCCAACAAAAAGCTGTCGAATTCGt > 2:3138943/1‑93 (MQ=255) gCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTCGtt < 1:2173362/93‑1 (MQ=255) cGATTCTGCTA‑C‑AAACC‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTCGTTa < 1:3428831/93‑1 (MQ=255) aTTCTGCCA‑C‑AAC‑C‑‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTCGTTACCg < 2:2355036/93‑1 (MQ=255) aTTCTGCCA‑C‑AA‑‑TCCCC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTCGTTAcc < 1:2266535/93‑1 (MQ=255) ttCTGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACCCCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAAAAACAAGCTGTCGAATTCGTTACCgg > 2:1869179/1‑93 (MQ=255) tGCTA‑C‑AA‑‑TC‑CC‑‑C‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GAGTGGGCCA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAACACCCGGCCCACAACAACCTGTCGAATTCGTTACCCGcac > 2:3765369/1‑91 (MQ=255) | GGTCTTCTCTCTCTGATTTAAACATCCGCAGCCAACCGGTTAGCGGCTTACACGCGGTCACATTCAAATGCGATTCTGCTA‑C‑AA‑‑T‑‑CC‑‑T‑‑CCCCCCGTTCGAA‑GATTGAGCAA‑TACACCT‑ATGCG‑‑TCTAAACCCCGGCCAACAACAAGCTGTCGAATTCGTTACCGGCCC > NC_000913/3958174‑3958341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |