| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,970,692 | T→C | C187R (TGC→CGC) | rffG → | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,970,692 | 0 | T | C | 95.9% | 566.0 / 8.7 | 195 | C187R (TGC→CGC) | rffG | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/2); new base C (110/77); total (116/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
AGCAGCCCTTATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACTGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCGGAAAAACTGATCCCGCTGATGATCCTCAACGCGCTGGCGGGTAAATCGCTGCCGGTA > NC_000913/3970602‑3970781 | gcagcCCTTATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCt < 2:1003571/93‑1 (MQ=255) cagcCCTTATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACTGCTc < 1:3403010/93‑1 (MQ=255) agcCCTTATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCg > 2:63377/1‑93 (MQ=255) ccTTATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACTGCTCGAAt > 1:462673/1‑93 (MQ=255) ccTTATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAAt > 2:2266094/1‑93 (MQ=255) cTTATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATa > 1:18365/1‑93 (MQ=255) ttATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATaa > 1:1123680/1‑93 (MQ=255) tATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAAc < 2:4165399/93‑1 (MQ=255) tATTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAAc > 1:3451457/1‑93 (MQ=255) aTTCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACt > 1:2342585/1‑93 (MQ=255) ttCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCATCAACCGCTCGAATAACTa < 1:2614031/93‑1 (MQ=255) ttCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTa < 1:1018285/93‑1 (MQ=255) ttCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTa > 2:3896164/1‑93 (MQ=255) ttCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTa < 2:427044/93‑1 (MQ=255) ttCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTa < 1:4418874/93‑1 (MQ=255) ttCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTa > 2:1225791/1‑93 (MQ=255) tCCGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTAc < 1:1525504/93‑1 (MQ=255) ccGCGTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACg > 2:456709/1‑93 (MQ=255) cgcgTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACgg > 2:2589018/1‑93 (MQ=255) cgTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGcc > 1:330247/1‑93 (MQ=255) gTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGTGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGccc < 1:658593/93‑1 (MQ=255) gTCAAAAGCCAGCAGCGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGccc > 2:3041767/1‑93 (MQ=255) 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agcagcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACttt > 1:433584/1‑93 (MQ=255) agcagcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACttt > 2:742970/1‑93 (MQ=255) gcagcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTc < 2:3095632/93‑1 (MQ=255) gcagcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTc > 1:1143947/1‑93 (MQ=255) gcagcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTc < 1:3640802/93‑1 (MQ=255) gcagcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTc < 2:3769767/93‑1 (MQ=255) gcagcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTc < 1:195512/93‑1 (MQ=255) cagcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTcc < 2:2935788/93‑1 (MQ=255) agcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCg < 1:3195891/93‑1 (MQ=255) gcGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCgg < 1:3878509/93‑1 (MQ=255) cGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCGGa > 2:1470642/1‑93 (MQ=255) cGACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCGGa < 2:3473506/93‑1 (MQ=255) gACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCGGaa < 2:3272967/93‑1 (MQ=255) gACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCGGaa > 1:1711628/1‑93 (MQ=255) gACCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCGGaa > 2:1119933/1‑93 (MQ=255) aCCATCTGGTGCGCGCCTGGCTGCGGACCTATGGTCTGCCGACGCTTATCACCAACCGCTCGAATAACTACGGCCCTTACCACTTTCCGGaaa > 2:914301/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |