| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,991,500 | T→C | H58R (CAC→CGC) V13A (GTG→GCG) |
cyaY ← b3808 → |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,991,500 | 0 | T | C | 98.7% | 738.4 / ‑1.4 | 238 | H58R (CAC→CGC) V13A (GTG→GCG) | cyaY b3808 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (107/128); total (109/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
AGAAGGTTTCGCCGCTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCG > NC_000913/3991411‑3991589 | gAAGGTTTCGCCGCTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAg > 1:3767478/1‑93 (MQ=255) gAAGGTTTCGCCGCTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGCTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAg > 2:314257/1‑93 (MQ=255) aGGTTTCGCCGCTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCg > 2:3843253/1‑93 (MQ=255) ttCGCCGCTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTc > 2:2473500/1‑93 (MQ=255) ttCGCCGCTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTc > 2:2119241/1‑93 (MQ=255) cgccgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCt < 2:1727556/93‑1 (MQ=255) cgccgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCt < 2:1359903/93‑1 (MQ=255) cgccgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCt < 2:1089258/93‑1 (MQ=255) gccgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATCCCTGGCGCAGCGGCTCCTg < 1:2356931/93‑1 (MQ=255) gccgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTg < 1:707018/93‑1 (MQ=255) gccgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTg < 1:3113819/93‑1 (MQ=255) gccgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTg < 1:1395677/93‑1 (MQ=255) gccgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTg < 1:1237322/93‑1 (MQ=255) cgcTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGc < 2:4597901/93‑1 (MQ=255) cTGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCgg < 1:4598431/93‑1 (MQ=255) tGCGATCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGt > 1:1674831/1‑93 (MQ=255) aTCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGAt < 1:292290/93‑1 (MQ=255) aTCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGAt > 2:3210034/1‑93 (MQ=255) tCACAAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATa > 2:4558065/1‑93 (MQ=255) cacaAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATaa < 2:1202669/93‑1 (MQ=255) acaAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAAt > 2:2030626/1‑93 (MQ=255) acaAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAAt < 2:3793684/93‑1 (MQ=255) caAATCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATg < 1:4231736/93‑1 (MQ=255) caaTCCGCTCATCGCTTCTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGa < 2:1806732/92‑1 (MQ=255) aaaTCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGa < 2:1857415/93‑1 (MQ=255) aaaTCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGa > 2:3658429/1‑93 (MQ=255) aaTCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGAGGCTCCTGGCGGTTGATAATGAt > 2:3355161/1‑93 (MQ=255) tCCACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGAttt < 2:3171337/93‑1 (MQ=255) ccACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGAtttt < 1:3685317/93‑1 (MQ=255) cACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTtg > 1:1005909/1‑93 (MQ=255) cACTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTtg > 1:4095828/1‑93 (MQ=255) ccccATCCCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTTTTTGGTTGCCAGCCATTCCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATTATGATTTtgc < 2:4123627/90‑1 (MQ=255) aCTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTtgc < 1:3628407/93‑1 (MQ=255) aCTCACCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTtgc < 2:1677473/93‑1 (MQ=255) cTCATCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTtgct > 2:1474177/1‑93 (MQ=255) aTCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGcc < 1:2462491/93‑1 (MQ=255) tCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCa > 2:2653085/1‑93 (MQ=255) cGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCac < 2:4071127/93‑2 (MQ=255) cGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCac < 1:2220113/93‑2 (MQ=255) gCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCAtt > 2:4493852/1‑93 (MQ=255) gCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCact > 1:2138853/1‑91 (MQ=255) ccTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACtc > 1:3727945/1‑93 (MQ=255) ccTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACtc < 2:2059560/93‑1 (MQ=255) ccTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACtc < 1:2748784/93‑1 (MQ=255) cTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCActct > 1:1330681/1‑93 (MQ=255) cTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCActct > 1:3176060/1‑93 (MQ=255) 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cAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTaa < 2:457389/93‑1 (MQ=255) aaaaTGGTAGCCGCCTTGTTTGTTTCCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAAt < 2:3000796/93‑1 (MQ=255) aaaaTGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGTGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAAt > 2:158344/1‑93 (MQ=255) aaaaTGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCATGGCGGTTGATACTGATTATGATGCCACTCTCAAAGGTAAt > 2:743133/1‑93 (MQ=255) agggTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGt < 1:684387/91‑1 (MQ=255) aTGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGt < 1:3376733/93‑1 (MQ=255) aTGGTAGCCCCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGt < 1:2590920/93‑1 (MQ=255) gTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAg < 1:1165322/93‑1 (MQ=255) tacccgccCTGTTTGGTGGCCAGCCATACCTGCCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGt < 2:4043439/90‑1 (MQ=255) tAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGt < 2:483734/93‑1 (MQ=255) aGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTa > 1:4649335/1‑93 (MQ=255) gccgccCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTAc < 1:1752662/93‑1 (MQ=255) tGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGccgccg > 2:4239391/1‑93 (MQ=255) ttttGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGt < 2:2257853/92‑1 (MQ=255) gTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGt < 1:1988551/93‑1 (MQ=255) gTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGCGCAGCGGCTCCTGGCGGGTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTAAGCCGCCGt > 1:4548478/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |