Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,005,219 | T→C | V584A (GTT→GCT) | recQ → | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,005,219 | 0 | T | C | 99.6% | 772.7 / ‑5.4 | 246 | V584A (GTT→GCT) | recQ | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (108/136); total (109/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GCCGTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGTTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGAGTAGTCAGCA > NC_000913/4005130‑4005307 | gccgTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTgg < 2:2550708/93‑1 (MQ=255) cgTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGa < 2:705105/93‑1 (MQ=255) gTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGAt < 1:4299302/93‑1 (MQ=255) tACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATg > 2:1286149/1‑93 (MQ=255) aCGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATgc < 2:1572648/93‑1 (MQ=255) gtggtgTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATgcgc < 1:1093710/93‑1 (MQ=255) gtggtgTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATgcgc > 2:3308052/1‑93 (MQ=255) gtggtgTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATgcgc > 1:3427835/1‑93 (MQ=255) tggtgTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCa > 2:261141/1‑93 (MQ=255) gtgtTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAg > 1:1815274/1‑93 (MQ=255) gtgtTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAg > 2:3620659/1‑93 (MQ=255) tgtTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGc < 1:4110046/93‑1 (MQ=255) gtTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCt > 1:3582497/1‑93 (MQ=255) tttAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTg > 1:4097308/1‑93 (MQ=255) tttAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTg < 1:2751788/93‑1 (MQ=255) ttAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTgg > 2:3018784/1‑93 (MQ=255) aaCGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCATCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGaa < 2:1151342/93‑1 (MQ=255) aaCGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGaa < 1:3158021/93‑1 (MQ=255) aaCGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGaa < 1:4678671/93‑1 (MQ=255) gacgCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGc < 2:3943988/93‑1 (MQ=255) gacgCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGc < 2:3908659/93‑1 (MQ=255) gacgCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGc < 2:90131/93‑1 (MQ=255) 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ccTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCa > 1:4010787/1‑93 (MQ=255) ccTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCa < 1:1577305/93‑1 (MQ=255) cTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCaa > 1:3754890/1‑93 (MQ=255) cTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCaa > 2:3793533/1‑93 (MQ=255) ttgattgaGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCaaa > 2:2132812/1‑93 (MQ=255) tgattgaGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAAc < 2:3227572/93‑1 (MQ=255) tgattgaGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAAc < 2:4648229/93‑1 (MQ=255) gattgaGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAAcc < 2:4478995/93‑1 (MQ=255) 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tGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATgg > 1:4555419/1‑93 (MQ=255) ggCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGgc > 1:2595469/1‑93 (MQ=255) tGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCt > 2:3759546/1‑93 (MQ=255) tGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCt > 1:3284492/1‑93 (MQ=255) aaCAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGa < 2:3581099/93‑1 (MQ=255) aaCAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGa < 2:4317391/93‑1 (MQ=255) aaCAGAAGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGa > 2:2642791/1‑93 (MQ=255) aCAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGTCGCTGAt > 2:1862991/1‑93 (MQ=255) aCAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGAt < 2:798535/93‑1 (MQ=255) aGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTc > 1:4351347/1‑93 (MQ=255) aTGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGt > 1:3936524/1‑93 (MQ=255) gCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTgc > 2:1485314/1‑93 (MQ=255) ccGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTgcg > 2:574852/1‑93 (MQ=255) cGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTgcgc > 2:2457871/1‑93 (MQ=255) gATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCa < 1:2624197/93‑1 (MQ=255) gATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCa > 2:1965581/1‑93 (MQ=255) 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ccAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATg < 2:2855400/93‑1 (MQ=255) cAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATgg > 1:1197754/1‑93 (MQ=255) cAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATgg > 2:3510922/1‑93 (MQ=255) cAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATgg < 2:3339701/93‑1 (MQ=255) cAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATgg < 1:2280539/93‑1 (MQ=255) gAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGAt < 2:4052102/93‑1 (MQ=255) gAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGAt < 1:3601942/93‑1 (MQ=255) gAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGAt < 2:2686623/93‑1 (MQ=255) 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cGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGagta > 2:3137195/1‑93 (MQ=255) tAACGGCGCTGTGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGAGTAGTc < 2:182049/93‑1 (MQ=255) tAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGAGTAGTc < 1:3268796/93‑1 (MQ=255) aCGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGAGTAGTcag > 1:2242071/1‑93 (MQ=255) ggCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGAGTAGTcagca < 1:2134378/93‑1 (MQ=255) ggCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGAGTAGTcagca < 1:2882959/93‑1 (MQ=255) | GCCGTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGTTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGAGTAGTCAGCA > NC_000913/4005130‑4005307 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |