| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 477,992 | A→G | intergenic (‑145/+13) | ylaB ← / ← ylaC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 477,992 | 0 | A | G | 99.5% | 616.1 / ‑5.2 | 192 | intergenic (‑145/+13) | ylaB/ylaC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (79/112); total (79/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTT > NC_000913/477902‑478081 | tggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGtgtg > 1:905846/1‑93 (MQ=255) ggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGgtgtgt < 1:1428063/93‑1 (MQ=255) ggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGgtgtgt > 2:4228541/1‑93 (MQ=255) ggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGgtgtgt < 2:3584321/93‑1 (MQ=255) gagaTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTa < 1:2918111/93‑1 (MQ=255) agaTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTaa < 2:823330/93‑1 (MQ=255) agaTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTaa > 1:2871205/1‑93 (MQ=255) agaTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTaa < 2:1255852/93‑1 (MQ=255) agaTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTaa < 1:1329520/93‑1 (MQ=255) aggaggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTa > 1:3510977/1‑93 (MQ=255) ggaggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTaa < 1:3473359/93‑1 (MQ=255) gaggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAAc < 1:2234259/93‑1 (MQ=255) ggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACtt > 2:4377111/1‑93 (MQ=255) tAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTaa < 2:390557/93‑1 (MQ=255) 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tttCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTc < 2:4557942/93‑1 (MQ=255) tttCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTc < 2:2350374/93‑1 (MQ=255) tttCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGGTGATTc > 2:1829549/1‑93 (MQ=255) ttCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCg < 2:1733512/93‑1 (MQ=255) ttCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCg < 2:38124/93‑1 (MQ=255) tCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCgg < 1:3537654/93‑1 (MQ=255) tCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCgg > 1:4059775/1‑93 (MQ=255) cATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgc > 2:4638849/1‑93 (MQ=255) tGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgcgc < 2:2901457/93‑1 (MQ=255) tGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgcgc < 2:3080456/93‑1 (MQ=255) tGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgcgc < 1:1521447/93‑1 (MQ=255) aaGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcga < 1:4179540/93‑1 (MQ=255) tGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgagcg > 1:4171420/1‑93 (MQ=255) taTGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgagcga < 2:1615785/92‑1 (MQ=255) gATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgagcga > 1:3649963/1‑93 (MQ=255) gATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgagcga > 1:2543627/1‑93 (MQ=255) 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cTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtttt < 1:3447616/93‑1 (MQ=255) cTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtttt > 1:4261316/1‑93 (MQ=255) tGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAttttt < 2:3924042/93‑1 (MQ=255) tGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAttttt > 1:4521216/1‑93 (MQ=255) ggTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtttttt > 2:2980806/1‑93 (MQ=255) ggTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtttttt < 1:827854/93‑1 (MQ=255) | TGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTT > NC_000913/477902‑478081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |