| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,275,617 | A→G | intergenic (+105/‑441) | soxR → / → yjcD | SoxR/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,275,617 | 0 | A | G | 99.2% | 720.6 / ‑3.5 | 234 | intergenic (+105/‑441) | soxR/yjcD | SoxR/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (101/131); total (103/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCA > NC_000913/4275527‑4275705 | cTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgt > 1:1256453/1‑93 (MQ=255) cTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgt > 2:3484792/1‑93 (MQ=255) cTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgt > 2:1685269/1‑93 (MQ=255) tttAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtg < 1:1509994/93‑1 (MQ=255) tAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGCGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtggt < 1:3299908/93‑1 (MQ=255) tAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtggt < 2:3113076/93‑1 (MQ=255) gtttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGtggtgg > 2:2432563/1‑93 (MQ=255) gtttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGtggggg > 2:3244801/1‑93 (MQ=255) tttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGa < 2:1358051/93‑1 (MQ=255) tttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGa < 2:1456723/93‑1 (MQ=255) tttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGa < 2:2221591/93‑1 (MQ=255) ttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAg < 1:1321103/93‑1 (MQ=255) tgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAgg < 2:3669896/93‑1 (MQ=255) tgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAgg > 2:1999705/1‑93 (MQ=255) tgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAgg > 1:1468980/1‑93 (MQ=255) tgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAgg > 1:3180698/1‑93 (MQ=255) tttttCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGt < 2:2509176/92‑1 (MQ=255) gtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGt < 2:3848121/93‑1 (MQ=255) gtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGt > 2:4460869/1‑93 (MQ=255) ttCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTcc < 2:1020275/93‑1 (MQ=255) ttCAGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTcc < 2:941897/93‑1 (MQ=255) cGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGt < 2:4614166/93‑1 (MQ=255) gtctttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTg > 2:1182090/1‑93 (MQ=255) gtctttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGCTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTg > 1:4035964/1‑93 (MQ=255) actttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTTGAGGGTCCGGTTgg > 2:3945719/2‑93 (MQ=255) ttttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt < 2:214964/92‑1 (MQ=255) ttttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt < 2:3352896/92‑1 (MQ=255) ctttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt < 1:2836277/93‑1 (MQ=255) ctttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt > 2:2249318/1‑93 (MQ=255) ctttgtctttCGCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt < 1:1839388/93‑1 (MQ=255) tttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgtg > 1:3492473/1‑93 (MQ=255) tttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgtg < 2:3051319/93‑1 (MQ=255) tgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGtt < 1:246654/93‑1 (MQ=255) tgtctttCTCTCTACCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGtt < 1:4162729/93‑1 (MQ=255) gtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTg > 2:3803323/1‑93 (MQ=255) gtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTg > 2:1915465/1‑93 (MQ=255) tctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGa < 1:2086584/93‑1 (MQ=255) ctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGCGTTGAt > 1:912877/1‑93 (MQ=255) 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tATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAtt > 1:2898772/1‑93 (MQ=255) tATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTGCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAtt < 1:728878/93‑1 (MQ=255) aTCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTg > 1:1117136/1‑93 (MQ=255) tCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGt < 1:2157457/93‑1 (MQ=255) tCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGCGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGt > 1:1086672/1‑93 (MQ=255) cccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTa < 2:2275977/93‑1 (MQ=255) cccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTa < 1:2169812/93‑1 (MQ=255) cccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTa < 1:1578489/93‑1 (MQ=255) 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aggaggGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGtt > 1:1044457/1‑93 (MQ=255) gaggGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTttc < 2:1616101/93‑1 (MQ=255) aggGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTttct < 2:2957713/93‑1 (MQ=255) gggTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTttctt < 1:4093091/93‑1 (MQ=255) gttttCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCGCCGACGTttcttc < 2:4662817/91‑1 (MQ=255) tttCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGc > 1:887273/1‑93 (MQ=255) tCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGTCa > 1:4572627/1‑93 (MQ=255) ccccGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAgt < 1:566836/93‑1 (MQ=255) 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cAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGta < 2:4184240/93‑1 (MQ=255) aaCACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGtat < 2:633958/93‑1 (MQ=255) acacacCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGtata < 1:4202329/93‑1 (MQ=255) acacacCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGtata > 2:2456599/1‑93 (MQ=255) ccacCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACt < 1:296572/92‑1 (MQ=255) acacCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACt < 2:3729147/93‑1 (MQ=255) acCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACttt > 1:4105843/1‑93 (MQ=255) cTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACttttt > 2:1404668/1‑93 (MQ=255) tCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTa > 1:2270656/1‑93 (MQ=255) aTTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGGTGCTTTAATTGTATGTCCCCGACGTTTCTTCGCCAGTGTACAAGTATACTTTTTAAc > 1:822516/1‑93 (MQ=255) aTTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAAc > 2:4018157/1‑93 (MQ=255) ttCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAAcc < 2:1742879/93‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCg < 2:1310988/93‑1 (MQ=255) gAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCa < 1:2639150/93‑1 (MQ=255) | GCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCA > NC_000913/4275527‑4275705 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |