Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,387,542 | A→G | F133L (TTT→CTT) | psd ← | phosphatidylserine decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,387,542 | 0 | A | G | 99.5% | 662.9 / ‑4.9 | 214 | F133L (TTT→CTT) | psd | phosphatidylserine decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (105/108); total (106/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.05e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGATTT > NC_000913/4387452‑4387631 | ccGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTAc > 1:2613540/1‑93 (MQ=255) ggCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCg < 2:2716871/93‑1 (MQ=255) ggCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCg > 2:453703/1‑93 (MQ=255) gCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGt > 2:447269/1‑93 (MQ=255) cACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGtt < 1:2946806/93‑1 (MQ=255) cGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGc > 1:1166723/1‑93 (MQ=255) tAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCgg > 2:1338198/1‑93 (MQ=255) gATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGaa < 2:3770317/93‑1 (MQ=255) gATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGT‑‑CAAGCGTACCGTTGCGGAACa < 1:788202/93‑1 (MQ=255) atcatcTCACGCAGAATACCGTTGCACGTCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAAc < 2:4324577/93‑1 (MQ=255) tcatcTCACGCAGAATACCGTTGCACGTCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGACAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTGGCGGAACa < 2:4563184/93‑1 (MQ=255) tcatcTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACa > 2:706901/1‑93 (MQ=255) tcatcTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACa > 1:2785566/1‑93 (MQ=255) catcTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAg < 2:3122525/93‑1 (MQ=255) atcTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACCgg > 2:3665885/1‑93 (MQ=255) atcTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAgg < 2:2210175/93‑1 (MQ=255) tctcACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGt < 2:4133454/93‑1 (MQ=255) ctcACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGCGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTc > 1:1401181/1‑93 (MQ=255) cGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGcc > 2:4348783/1‑93 (MQ=255) cGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGcc < 1:885574/93‑1 (MQ=255) gCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCa < 1:1582987/93‑1 (MQ=255) cAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCAt > 1:4404622/1‑93 (MQ=255) 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gTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGtt > 1:3111988/1‑93 (MQ=255) gTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGtt > 2:1266793/1‑93 (MQ=255) tGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTtgc < 2:2913039/93‑1 (MQ=255) gCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTtgcc < 2:1816846/93‑1 (MQ=255) gCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTtgcc < 2:8694/93‑1 (MQ=255) gCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTtgcc < 1:3879651/93‑1 (MQ=255) cACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTtgcct < 2:2728898/93‑1 (MQ=255) cACGGCATGTGTACGCGGTGGGAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTCCCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTtgcct < 2:340013/93‑1 (MQ=255) 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tACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGc > 1:2018317/1‑93 (MQ=255) tACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGc < 1:2675408/93‑1 (MQ=255) cgcgGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCtt < 1:977481/93‑1 (MQ=255) gcgGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTc < 2:2410328/93‑1 (MQ=255) cgGTGGTAGTCACGCGGGGATAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCg > 2:2666056/1‑93 (MQ=255) cgGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCg > 1:4042075/1‑93 (MQ=255) gtggtAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAg < 1:565651/93‑1 (MQ=255) ggtAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGc < 2:347776/93‑1 (MQ=255) 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gagGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCttt < 2:236354/93‑1 (MQ=255) gagGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCttt > 1:672307/1‑93 (MQ=255) gagGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCttt < 2:1157048/93‑1 (MQ=255) agGTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTg < 2:3531386/93‑1 (MQ=255) ggTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTgg < 1:3015887/93‑1 (MQ=255) gTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGc < 2:2241679/93‑1 (MQ=255) gTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGc > 2:2473305/1‑93 (MQ=255) gTAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGc > 1:752090/1‑93 (MQ=255) tAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATGGTGGCCTGCCAGCAGGGTTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCt < 2:2001698/93‑1 (MQ=255) tAAGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCt > 1:4218425/1‑93 (MQ=255) aaGTGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCtt < 2:3513735/93‑1 (MQ=255) tGGTCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCAATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGTTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCa < 2:2991551/93‑1 (MQ=255) tCACAAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGa > 1:2358829/1‑93 (MQ=255) caAGCGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGAttt > 2:1719084/1‑93 (MQ=255) | CGCCCGGCACGTAGATCATCTCACGCAGAATACCGTTGCACGGCATGTGTACGCGGTGGTAGTCACGCGGGGAGAGGTAAGTGGTCACAAACGTACCGTTGCGGAACAGGTCCGCCATCAGATAGTTGCCTGCCAGCAGGGCTTCGAGGCTGTAGTTGTGGCCTTTGGCTTGCAGGATTT > NC_000913/4387452‑4387631 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |