Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,502,350 | A→G | Y242C (TAC→TGC) | b4279 → | putative transport protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,502,350 | 0 | A | G | 99.4% | 570.1 / NA | 178 | Y242C (TAC→TGC) | b4279 | putative transport protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (74/103); minor base T (0/1); total (74/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
ACCACATCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTG‑TTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTG > NC_000913/4502261‑4502439 | aCCACATCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGcc > 2:2658479/1‑93 (MQ=255) ccACATCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCt < 1:1128291/93‑1 (MQ=255) ccACATCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCt > 1:1253354/1‑93 (MQ=255) ccACATCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCt > 1:276721/1‑93 (MQ=255) cacaTCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTcctgcctg > 1:1378264/1‑93 (MQ=255) caTCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGc > 1:535350/1‑93 (MQ=255) tCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAg < 2:1641527/93‑1 (MQ=255) tCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAg > 1:1990501/1‑93 (MQ=255) cTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGa < 1:775963/93‑1 (MQ=255) cAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAAt < 2:2943301/93‑1 (MQ=255) aaTCTATATGATCCTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATg < 2:2513207/93‑1 (MQ=255) tctcTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGa < 1:1561801/93‑1 (MQ=255) tctcTATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGa < 2:1083529/93‑1 (MQ=255) ctctATGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAg > 2:106903/1‑93 (MQ=255) aTGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTaa < 2:4483423/93‑1 (MQ=255) aTGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTaa < 2:2034222/93‑1 (MQ=255) aTGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTaa > 1:2855173/1‑93 (MQ=255) aTGAGCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTaa < 1:3385272/93‑1 (MQ=255) tGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAAt < 1:471107/93‑1 (MQ=255) tGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAAt > 2:3001400/1‑93 (MQ=255) tGATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAAt > 2:3163235/1‑93 (MQ=255) gATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATa < 2:3509771/93‑1 (MQ=255) gATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATa < 2:343452/93‑1 (MQ=255) gATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATa < 1:3257346/93‑1 (MQ=255) gATCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATa > 1:2134895/1‑93 (MQ=255) aTCGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATAc > 1:4641741/1‑93 (MQ=255) cGTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAg > 2:4200400/1‑93 (MQ=255) gTTTTCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGt < 2:57764/93‑1 (MQ=255) ttttCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTg < 2:3710187/93‑1 (MQ=255) ttttCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTg > 1:1379359/1‑93 (MQ=255) ttttCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTg < 2:3507928/93‑1 (MQ=255) tttCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTgg < 2:2867010/93‑1 (MQ=255) tttCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTgg < 1:4446192/93‑1 (MQ=255) ttCCTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGt < 1:2279059/93‑1 (MQ=255) ccTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCa < 1:2396953/93‑1 (MQ=255) cTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCAt < 2:2282244/93‑1 (MQ=255) cTCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCAt > 1:2912933/1‑93 (MQ=255) tCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCAtt < 2:1683191/93‑1 (MQ=255) tCGTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCAtt < 2:638037/93‑1 (MQ=255) gTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTc > 2:494019/1‑93 (MQ=255) gTCTGTTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTc < 1:3515807/93‑1 (MQ=255) ctgttttttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCaa < 1:1776488/89‑1 (MQ=255) ttttttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAActc < 1:1688209/92‑1 (MQ=255) ttttttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAActc > 2:3231553/2‑93 (MQ=255) tttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCtga > 1:3406299/1‑93 (MQ=255) tttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCtga < 2:3975600/93‑1 (MQ=255) tttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCtga > 2:1412516/1‑93 (MQ=255) ttGTCTATTTGGTGGAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCtgat < 1:2989460/93‑1 (MQ=255) ttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCtgat < 1:65468/93‑1 (MQ=255) ttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCtgat < 1:3799477/93‑1 (MQ=255) ttGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCtgat < 1:2452021/93‑1 (MQ=255) tCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGAc > 2:2214056/1‑93 (MQ=255) tATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACaa < 1:501865/93‑1 (MQ=255) tATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACaa > 1:613768/1‑93 (MQ=255) tATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACaa < 2:4114388/93‑1 (MQ=255) aTTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAAt < 2:3273432/93‑1 (MQ=255) tttGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATa > 1:3866449/1‑93 (MQ=255) ggTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCa > 2:912985/1‑93 (MQ=255) tGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAgg < 1:3943765/93‑1 (MQ=255) gCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGt < 1:2038441/93‑1 (MQ=255) cAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGtt < 2:1867944/93‑1 (MQ=255) cAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGtt < 2:3851307/93‑1 (MQ=255) aaaCTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGttt > 2:1655190/1‑93 (MQ=255) aaCTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTa < 1:2359156/93‑1 (MQ=255) aaCTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTa < 2:4412159/93‑1 (MQ=255) aCTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAg < 1:3980099/93‑1 (MQ=255) aCTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAg < 2:2108873/93‑1 (MQ=255) cTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAgg > 2:1599973/1‑93 (MQ=255) cTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAgg > 2:780603/1‑93 (MQ=255) tGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGa > 1:1363335/1‑93 (MQ=255) 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gATAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACt > 2:189687/1‑93 (MQ=255) tAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGa < 2:3925136/93‑1 (MQ=255) tAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGa < 1:3602843/93‑1 (MQ=255) tAAACGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGa < 1:736267/93‑1 (MQ=255) aaaCGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGAc < 1:4587903/93‑1 (MQ=255) aaaCGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGAc < 2:2244510/93‑1 (MQ=255) aCGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAg > 1:369209/1‑93 (MQ=255) aCGGACTACTTCCTTCCTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAg > 2:2334278/1‑93 (MQ=255) 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ttccttccTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAatat < 1:991309/93‑1 (MQ=255) ttccttccTGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAatat < 2:546746/93‑1 (MQ=255) tccttcctGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATAtt < 2:4161876/93‑1 (MQ=255) cttcctGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATAtttt < 2:3307102/93‑1 (MQ=255) ttcctGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATAttttt > 1:3089406/1‑93 (MQ=255) tcctGCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATAtttttt > 2:2011332/1‑93 (MQ=255) | ACCACATCTTTCAATCTCTATGATCGTTTTCCTCGTCTG‑TTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTG > NC_000913/4502261‑4502439 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |