| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,525,586 | A→G | intergenic (‑38/+93) | sgcA ← / ← sgcQ | putative PTS system enzyme IIA component/putative nucleoside triphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,525,586 | 0 | A | G | 99.6% | 692.8 / ‑5.2 | 222 | intergenic (‑38/+93) | sgcA/sgcQ | putative PTS system enzyme IIA component/putative nucleoside triphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (113/108); total (114/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCC > NC_000913/4525498‑4525675 | cAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGAt > 1:3327007/1‑93 (MQ=255) aGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATc > 1:3598162/1‑93 (MQ=255) aGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATc < 1:230499/93‑1 (MQ=255) gTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATcc > 2:915978/1‑93 (MQ=255) gTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATcc > 1:1300538/1‑93 (MQ=255) tCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATccc > 1:4453743/1‑93 (MQ=255) 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tgCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACg < 1:4604042/93‑1 (MQ=255) gCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGCTACTTTTGACGa > 2:584878/1‑93 (MQ=255) ccTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGaa < 2:4425406/93‑1 (MQ=255) cTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAg < 2:604008/93‑1 (MQ=255) tGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACAAAgg > 1:465972/1‑93 (MQ=255) tACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAgcag > 2:1309983/1‑90 (MQ=255) tcccATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAggcgg < 1:1958742/92‑1 (MQ=255) ccATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACGCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCa < 1:3803525/93‑1 (MQ=255) 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tatCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGc < 2:4108695/93‑1 (MQ=255) cGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGa < 1:2388824/93‑1 (MQ=255) gTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGaa < 2:3660681/93‑1 (MQ=255) tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg < 2:456368/93‑1 (MQ=255) tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg > 2:274481/1‑93 (MQ=255) tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGAGCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg < 2:3550811/93‑1 (MQ=255) aaTCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAggg < 1:280119/93‑1 (MQ=255) atcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGt < 2:3841291/93‑1 (MQ=255) atcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGt > 2:1123836/1‑93 (MQ=255) tcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGtt < 1:1612833/93‑1 (MQ=255) tcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGtt < 2:1051232/93‑1 (MQ=255) tcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGtt > 1:1347854/1‑93 (MQ=255) catcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTa < 2:1610265/93‑1 (MQ=255) catcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTa < 1:2867170/93‑1 (MQ=255) atcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAt < 2:1853222/93‑1 (MQ=255) atcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAt < 1:116550/93‑1 (MQ=255) 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gtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCtt < 2:266866/93‑1 (MQ=255) ttGACTCCATGCCGATTCGGGTTTATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGCTATTGCTCttt > 2:125891/1‑93 (MQ=255) ttGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCttt > 1:2135682/1‑93 (MQ=255) ttGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCttt > 2:3877775/1‑93 (MQ=255) gACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGc > 1:614640/1‑93 (MQ=255) gACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGc > 1:643490/1‑93 (MQ=255) aCTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGcc > 1:3436452/1‑93 (MQ=255) cTCCATGCGGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGCGTACTGCTCTTTGCCg > 2:1798331/1‑93 (MQ=255) cTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCg > 2:3133053/1‑93 (MQ=255) cTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCg < 2:2479026/93‑1 (MQ=255) tCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCgg < 2:3088373/93‑1 (MQ=255) ccATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCggg < 1:3253618/93‑1 (MQ=255) aTGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGa < 2:2787616/93‑1 (MQ=255) tGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGAt > 1:1428042/1‑93 (MQ=255) gCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATa < 1:2237867/93‑1 (MQ=255) ccGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATaa < 2:1152132/93‑1 (MQ=255) 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aTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAt > 2:2300241/1‑93 (MQ=255) aTCTGGTGGCGATCCACGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAt > 2:682263/1‑93 (MQ=255) tCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATc < 1:906994/93‑1 (MQ=255) tCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATc > 2:3323108/1‑93 (MQ=255) tCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGGTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATc > 2:3236320/1‑93 (MQ=255) tggtggCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGGTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATccc > 1:1846889/1‑93 (MQ=255) | CCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCC > NC_000913/4525498‑4525675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |