Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,531,428 | C→T | intergenic (‑76/‑1155) | yjhQ ← / → yjhR | hypothetical protein/putative frameshift suppressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,531,428 | 0 | C | T | 99.0% | 735.9 / ‑4.0 | 210 | intergenic (‑76/‑1155) | yjhQ/yjhR | hypothetical protein/putative frameshift suppressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (95/112); total (97/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-01 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GTGGTGTACTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGCCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGTTTTTTGAAGACGGCGAGCGTGCAGTCGGTCAGCAACAGCCCTTCGCGGCTGTA > NC_000913/4531338‑4531516 | gtggtgTACTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCa > 2:3934704/1‑93 (MQ=255) gtggtgTACTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCa > 2:195176/1‑93 (MQ=255) ggtgTACTGTCATAGAACCTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCAtt < 2:301338/93‑1 (MQ=255) ggtgTACTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCAtt < 1:815893/93‑1 (MQ=255) gtACTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGAc > 1:1070086/1‑93 (MQ=255) gtACTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGAc < 1:423162/93‑1 (MQ=255) gtACTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGAc < 1:3041790/93‑1 (MQ=255) gtACTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGAc < 1:447820/93‑1 (MQ=255) aCTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACgg < 2:1271575/93‑1 (MQ=255) aCTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACgg < 1:2414742/93‑1 (MQ=255) aCTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACgg > 2:3239158/1‑93 (MQ=255) cTGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGa > 2:3339782/1‑93 (MQ=255) tGTCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGAc > 1:3423789/1‑93 (MQ=255) tCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACtt < 1:2462826/93‑1 (MQ=255) tCATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACtt < 2:3641725/93‑1 (MQ=255) cATAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTg > 1:4519979/1‑93 (MQ=255) aTAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGa > 1:3827996/1‑93 (MQ=255) aTAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGa > 2:1437743/1‑93 (MQ=255) tAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGAt < 1:4330158/93‑1 (MQ=255) tAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGAt < 1:32202/93‑1 (MQ=255) tAGAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGAt > 1:279078/1‑93 (MQ=255) gAAACTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATaa < 1:3311673/93‑1 (MQ=255) 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aCTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGtt < 1:3944557/93‑1 (MQ=255) aCTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGtt > 1:3483603/1‑93 (MQ=255) aCTCTCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGtt < 1:1872184/93‑1 (MQ=255) ctctCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGttt < 2:600716/93‑1 (MQ=255) ctctCCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGttt < 2:1170898/93‑1 (MQ=255) ctcCTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGttttt > 1:2721732/1‑93 (MQ=255) ccTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTg < 2:3737600/93‑1 (MQ=255) ccTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTg > 1:177001/1‑93 (MQ=255) cTTAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTgg > 1:1171538/1‑93 (MQ=255) ttAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGt < 2:2030213/93‑1 (MQ=255) ttAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGt < 1:3350013/93‑1 (MQ=255) tAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGtt < 2:2932265/93‑1 (MQ=255) tAGCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGtt < 2:3463541/93‑1 (MQ=255) gCGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGtttt < 1:2075154/93‑1 (MQ=255) cGATTATCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTg > 2:2965726/1‑93 (MQ=255) gATTATCGAGCTGAGCGCGATCTTTATTCAGCTGGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGa < 2:639726/93‑1 (MQ=255) 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tCGAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGtttt < 2:1918283/93‑1 (MQ=255) gAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGtttttt < 1:595394/93‑1 (MQ=255) gAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGtttttt < 1:438091/93‑1 (MQ=255) gAGCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGtttttt > 1:393841/1‑93 (MQ=255) gCTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGTTTTTTGa > 2:3221541/1‑93 (MQ=255) cTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGTTTTTTGaa < 1:2802185/93‑1 (MQ=255) cTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGTTTTTTGaa < 2:1280140/93‑1 (MQ=255) cTGAGCGCGAACTTTATTCAGCTCGGTGGTGTTGATTCGATAGGGCTGGTCATTGACGGACTTGATAAGTTTTTTGGTTTTGAGTTTTTTGaa < 1:3299062/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |