| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 763,246 | C→T | A337V (GCA→GTA) | sucC → | succinyl‑CoA synthetase beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 763,246 | 0 | C | T | 99.3% | 468.9 / NA | 136 | A337V (GCA→GTA) | sucC | succinyl‑CoA synthetase beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (74/61); total (75/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGCAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTGA > NC_000913/763156‑763335 | gacgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGaa < 2:94130/93‑1 (MQ=255) gacgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGaa < 2:3327288/93‑1 (MQ=255) acgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAg < 2:3453966/93‑1 (MQ=255) acgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAg > 1:4378696/1‑93 (MQ=255) cgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGt > 1:3767819/1‑93 (MQ=255) gacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTg > 2:4654857/1‑93 (MQ=255) acAAAGTGAAAGCCGTTCTGTTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTgg < 1:1244085/93‑1 (MQ=255) cAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTggg > 1:1111425/1‑93 (MQ=255) cAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTggg < 1:4025577/93‑1 (MQ=255) aaaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgt < 1:1271412/93‑1 (MQ=255) aaaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgt > 2:4507143/1‑93 (MQ=255) aaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgtg > 1:1288576/1‑93 (MQ=255) aGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgtgt > 2:916771/1‑93 (MQ=255) aGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgtgt > 1:4645266/1‑93 (MQ=255) 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ttAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTgg < 1:2802727/93‑1 (MQ=255) tAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGt > 1:3206734/1‑93 (MQ=255) tAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGt < 1:2356575/93‑1 (MQ=255) aaCATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCTACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGGAGTAGAAGTGGGTGTTCACGTACCGGTCGTGGtg > 2:2093561/1‑92 (MQ=255) aCATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTag > 1:3205012/1‑92 (MQ=255) tCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTc < 2:2807117/93‑1 (MQ=255) tCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTc < 1:2653416/93‑1 (MQ=255) cTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCt > 1:1669933/1‑93 (MQ=255) 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tcGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACa < 1:4604314/93‑1 (MQ=255) cgGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGcc < 2:1593792/93‑1 (MQ=255) ggTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCt < 1:2189160/93‑1 (MQ=255) ggTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCAGCCt > 1:1550553/1‑93 (MQ=255) gtagtaGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTg < 2:3087757/93‑1 (MQ=255) tagtagAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTGa < 2:2425474/93‑1 (MQ=255) | CTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGCAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTGA > NC_000913/763156‑763335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |