| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 766,372 | C→T | A389V (GCG→GTG) | hrsA → | PTS system fructose specific IIABC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 766,372 | 0 | C | T | 99.2% | 416.4 / ‑5.5 | 117 | A389V (GCG→GTG) | hrsA | PTS system fructose specific IIABC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (55/61); total (55/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GCGGGCTGCTCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTG > NC_000913/766282‑766460 | gcggGCTGCTCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTgg > 2:1123198/1‑93 (MQ=255) cggGCTGCTCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGc < 1:3199455/93‑1 (MQ=255) ggCTGCTCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTg < 2:2941959/93‑1 (MQ=255) ggCTGCTCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTg > 2:4122949/1‑93 (MQ=255) gctgctCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTgtgggtgg > 1:1562840/1‑93 (MQ=255) gctgctCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTgg > 1:1277459/1‑93 (MQ=255) gctgctCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTgg > 2:3585966/1‑93 (MQ=255) tgctCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGAc > 1:3349900/1‑93 (MQ=255) ctCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGGCtt > 1:4319144/1‑93 (MQ=255) tCGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTg < 1:623879/93‑1 (MQ=255) cGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgc < 1:2480988/93‑1 (MQ=255) cGGAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgc < 1:3724463/93‑1 (MQ=255) ggAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgcc < 2:1150269/93‑1 (MQ=255) ggAATTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgcc < 2:4624357/93‑1 (MQ=255) aaTTTTGATGGTACCGGTGCTGGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGCTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgccgc < 1:1306571/93‑1 (MQ=255) aaTTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgccgc > 1:2789656/1‑93 (MQ=255) aaTTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgccgc < 1:3887144/93‑1 (MQ=255) aTTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgccgcc > 2:3089809/1‑93 (MQ=255) aTTTTGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTgccgcc > 2:3032175/1‑93 (MQ=255) tGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACa < 2:1980432/93‑1 (MQ=255) tGATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACa < 1:1387329/93‑1 (MQ=255) gATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGTCGCCAAAAt > 2:1441257/1‑93 (MQ=255) gATGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACAt < 2:244392/93‑1 (MQ=255) tGGTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGa > 1:2223754/1‑93 (MQ=255) ggTTCCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGAt < 1:453013/93‑1 (MQ=255) ggTACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGAt > 2:1027473/1‑93 (MQ=255) tACCGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCg < 2:211008/93‑1 (MQ=255) ccGGTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGc < 1:1033456/93‑1 (MQ=255) ggTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGGCGCCAACATGATCGGCTc > 1:4559740/1‑93 (MQ=255) gTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTcc > 1:1527830/1‑93 (MQ=255) gTGCTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTcc < 2:1530371/93‑1 (MQ=255) cTCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCggg < 2:717571/93‑1 (MQ=255) tCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGt < 1:220321/93‑1 (MQ=255) tCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCCGGt > 2:3398828/1‑93 (MQ=255) cgcgGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGtt < 2:2366677/93‑1 (MQ=255) gcgGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGatt > 1:630848/1‑93 (MQ=255) gCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTtctc < 1:868506/93‑1 (MQ=255) gCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTtctc < 1:2398190/93‑1 (MQ=255) gCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGGTtctc > 2:1293073/1‑93 (MQ=255) ccTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCg < 2:766792/93‑1 (MQ=255) ccTATAACGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCg > 2:1398878/1‑93 (MQ=255) tataCCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTTCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGgc > 2:3128759/1‑93 (MQ=255) tataCCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATAGGCTCCGGGTTTCTCGgc > 1:2819782/1‑93 (MQ=255) cGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGt < 2:1461145/93‑1 (MQ=255) gCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTc < 1:165370/93‑1 (MQ=255) gCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTc > 2:3553430/1‑93 (MQ=255) ccTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCg < 2:1799856/93‑1 (MQ=255) ccTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCg > 1:399313/1‑93 (MQ=255) ccTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCg > 1:973058/1‑93 (MQ=255) cTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGt < 2:2507502/93‑1 (MQ=255) cTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGt > 1:797651/1‑93 (MQ=255) tATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGGTTCTCGGCGCCGTCGtt > 2:116761/1‑93 (MQ=255) ttCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGGGGTCGTTgg > 1:473996/1‑93 (MQ=255) ttCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTgg > 2:1502677/1‑93 (MQ=255) ttCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTgg > 1:3646060/1‑93 (MQ=255) tctcTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCCGGGGCTGTCGCCAAAATGAACGGGGTCTGGGTTCTCGGGCGGGTCGTTgtc > 1:2358920/1‑91 (MQ=255) ctctGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCg < 1:4211073/93‑1 (MQ=255) tctGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCgg > 2:4422695/1‑93 (MQ=255) ctGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGa < 1:2367960/93‑1 (MQ=255) ctGGCAGATAAACCGGCGTTAGCACCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGa > 2:4653789/1‑93 (MQ=255) tGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGAt < 2:448598/93‑1 (MQ=255) tGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGAt < 2:4173750/93‑1 (MQ=255) tGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGAt < 2:3420747/93‑1 (MQ=255) tGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGGTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGAt > 2:2714396/1‑93 (MQ=255) ggCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGAtt < 2:3435494/93‑1 (MQ=255) cAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGa > 2:1893370/1‑93 (MQ=255) cAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGa < 1:219944/93‑1 (MQ=255) aGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGAt < 2:1688340/93‑1 (MQ=255) aGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGAt > 1:1594780/1‑93 (MQ=255) gATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGTGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGGTTCTCGGCGCGGTTGTTTGCGGATTGATa > 2:1227848/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |