| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 861,873 | C→T | A297T (GCC→ACC) | ybiY ← | putative pyruvate formate‑lyase activating enzyme 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 861,873 | 0 | C | T | 99.2% | 444.2 / NA | 127 | A297T (GCC→ACC) | ybiY | putative pyruvate formate‑lyase activating enzyme 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (52/74); minor base A (0/1); total (52/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGA > NC_000913/861783‑861962 | tgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTAt > 1:2118388/1‑93 (MQ=255)tgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTAt > 1:1346432/1‑93 (MQ=255)tgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTAt < 2:2860640/93‑1 (MQ=255)tgCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAATGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGTAt < 2:1484086/93‑1 (MQ=255) gcgcTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGtata < 1:2383739/93‑1 (MQ=255) gcgcTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGtata > 2:4445547/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |