| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 940,394 | C→T | C71C (TGC→TGT) | dmsA → | anaerobic dimethyl sulfoxide reductase subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 940,394 | 0 | C | T | 99.2% | 449.2 / ‑5.6 | 127 | C71C (TGC→TGT) | dmsA | anaerobic dimethyl sulfoxide reductase subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (49/77); total (50/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GATTGCGCACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGCCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGCCTGCACCAGGT > NC_000913/940304‑940483 | gATTGCGCACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGtcc > 1:4136179/1‑93 (MQ=255) ttGCGCACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGc > 2:1033430/1‑93 (MQ=255) ttGCGCACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGc > 2:1310890/1‑93 (MQ=255) ttGCGCACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGc > 2:307649/1‑93 (MQ=255) tGCGCACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCt < 2:1847992/93‑1 (MQ=255) gcgcACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTa < 2:2533326/93‑1 (MQ=255) cACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGt < 1:270150/93‑1 (MQ=255) aCGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTa < 1:331516/93‑1 (MQ=255) aCGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTa > 1:3919395/1‑93 (MQ=255) aCGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTa < 2:2069585/93‑1 (MQ=255) cGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTAt < 1:962753/93‑1 (MQ=255) cGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTAt < 1:3589625/93‑1 (MQ=255) cTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGc < 1:4494023/93‑1 (MQ=255) gTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCAc > 2:3624238/1‑93 (MQ=255) 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cATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACgg > 1:4451260/1‑93 (MQ=255) cATTCCAACAAAAGCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACgg < 1:498754/93‑1 (MQ=255) aTTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACggg > 2:1733117/1‑92 (MQ=255) aTTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGt < 1:3859684/93‑1 (MQ=255) aTTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGt > 2:4196549/1‑93 (MQ=255) aTTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGt < 2:2394247/93‑1 (MQ=255) aTTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGt > 1:653119/1‑93 (MQ=255) ttCCAACAAAAGCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTg < 1:827342/93‑1 (MQ=255) caacaaAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGaaa < 2:1423526/93‑1 (MQ=255) aacaaAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTTACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGGCGGTGaaaa > 2:1302686/1‑92 (MQ=255) aacaaAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAAt < 1:2935972/93‑1 (MQ=255) aacaaAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAAt < 2:1902976/93‑1 (MQ=255) acaaAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATc > 2:3200875/1‑93 (MQ=255) caaAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCa > 2:844389/1‑93 (MQ=255) aaaaTCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCaa > 2:2765122/1‑93 (MQ=255) aaaTCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCaaa < 2:4283005/93‑1 (MQ=255) aaaTCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCaaa < 2:3076725/93‑1 (MQ=255) aaaTCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCaaa > 1:3135700/1‑93 (MQ=255) aaTCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAat < 1:4271182/93‑1 (MQ=255) aTCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAata < 2:403729/93‑1 (MQ=255) aTCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAata < 1:2234543/93‑1 (MQ=255) aTCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAata < 2:1816961/93‑1 (MQ=255) tCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAatat < 2:2175295/93‑1 (MQ=255) aGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGt > 2:4426180/1‑93 (MQ=255) gACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTc > 2:2779496/1‑93 (MQ=255) gACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGCGAAATCAAATATGTc > 2:1560887/1‑93 (MQ=255) aaaaGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGaaa < 1:1020462/93‑1 (MQ=255) aaaaGGGTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGTAATCAAATATGTCGaaa > 2:3506967/1‑93 (MQ=255) aaaGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAAc < 1:1151186/93‑1 (MQ=255) cggTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTTACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGAGGAATCAAATATGTCGAAACgg > 2:691164/2‑93 (MQ=255) gtttATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGa < 2:3386724/91‑1 (MQ=255) ggTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGa < 2:1603102/93‑1 (MQ=255) ggTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGa > 1:927512/1‑93 (MQ=255) gTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGAc < 2:2497311/93‑1 (MQ=255) ttATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACa > 2:677516/1‑93 (MQ=255) aTCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAAt < 2:3957582/93‑1 (MQ=255) aTCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAAt < 2:1579728/93‑1 (MQ=255) aTCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCAGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAAt > 2:4136991/1‑93 (MQ=255) tCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATa > 2:4620335/1‑93 (MQ=255) cTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAAGCGATAATAc > 1:2337900/1‑93 (MQ=255) cTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATAc < 1:3201175/93‑1 (MQ=255) cTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATAc < 2:2178111/93‑1 (MQ=255) tGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATAcc > 2:2526053/1‑93 (MQ=255) tGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATAcc < 2:3812931/93‑1 (MQ=255) ggAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCg > 2:204013/1‑93 (MQ=255) gAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCgg > 1:2914058/1‑93 (MQ=255) aGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGc < 1:1291231/93‑1 (MQ=255) gcgcCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCg < 2:3439020/93‑1 (MQ=255) 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gTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTac < 1:2102121/93‑1 (MQ=255) gTTAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTac < 2:254456/93‑1 (MQ=255) tAACTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTacga < 1:4327269/93‑1 (MQ=255) aaCTGTTGTAGTCGCGGTCTGCCACGTAGGCACTTTGTGGACGCGCAAAGCAAAAACGACGAAACGGACAATACCGGCGATGAGAATTacgac < 2:765028/93‑1 (MQ=255) aCTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTacgacg > 2:630426/1‑93 (MQ=255) cTGTGGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACgg > 1:1516177/1‑93 (MQ=255) tgtgGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGc < 2:3750652/93‑1 (MQ=255) gtgGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGcc < 2:4576085/93‑1 (MQ=255) tgGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGCCt < 2:4250906/93‑1 (MQ=255) tgGTAGTCGCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGCCt > 2:1182486/1‑93 (MQ=255) ggCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGCCTGCACCAg < 1:2208004/92‑1 (MQ=255) gCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGCCTGCACCAgg > 1:1430143/1‑93 (MQ=255) gCTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGCCTGCACCAgg < 2:19057/93‑1 (MQ=255) cTGTCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGCCTGCACCAGGt < 1:3240951/93‑1 (MQ=255) | GATTGCGCACGCTGTCGATAGCGCCATTCCAACAAAATCAGACGAAAAGGTTATCTGGAGCGCCTGTACAGTTAACTGTGGTAGTCGCTGCCCGCTACGTATGCACGTCGTGGACGGTGAAATCAAATATGTCGAAACGGACAATACCGGCGATGACAATTACGACGGCCTGCACCAGGT > NC_000913/940304‑940483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |