| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,019,162 | A→G | Y39H (TAC→CAC) | ompA ← | outer membrane protein 3a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,019,162 | 0 | A | G | 98.9% | 293.3 / ‑4.5 | 94 | Y39H (TAC→CAC) | ompA | outer membrane protein 3a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (65/28); total (66/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
CGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTACTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGCCAC > NC_000913/1019073‑1019249 | cGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGGTGATGAAACCAGTGTGATGGTGCTg > 2:2097143/1‑93 (MQ=255) gggTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTgg < 2:1268847/93‑1 (MQ=255) ggTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTggg > 2:3355767/1‑93 (MQ=255) ttAACCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGAc < 2:898404/93‑1 (MQ=255) aaCCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCa > 2:2691609/1‑93 (MQ=255) aCCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAg > 1:2906015/1‑93 (MQ=255) aCCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAg > 1:3780120/1‑93 (MQ=255) ccTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGc > 1:1174701/1‑93 (MQ=255) ccTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGc > 1:1627474/1‑93 (MQ=255) ggTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCa > 2:1268463/1‑93 (MQ=255) tAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGt > 1:1834714/1‑93 (MQ=255) accaccAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGttt > 2:2346841/1‑93 (MQ=255) accaccAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGttt > 1:3266445/1‑93 (MQ=255) accaAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGc > 1:4596158/1‑93 (MQ=255) accaAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGc > 2:1776148/1‑93 (MQ=255) ccaAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCa > 2:3319226/1‑93 (MQ=255) ccaAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCa > 2:3885465/1‑93 (MQ=255) caAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCAc > 1:2016308/1‑93 (MQ=255) aaaaGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCAcc > 1:1540962/1‑93 (MQ=255) aaaGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCa > 2:3714942/1‑93 (MQ=255) gCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAgtg > 2:2032922/1‑93 (MQ=255) gCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAgtg > 2:932187/1‑93 (MQ=255) 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ggTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCtt < 2:844337/93‑1 (MQ=255) ggTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCtt > 2:1409690/1‑93 (MQ=255) ttttCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTc < 2:4656880/93‑1 (MQ=255) ttttCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTc < 1:1893162/93‑1 (MQ=255) tttCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCg < 2:2521842/93‑1 (MQ=255) tCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGa > 1:2305669/1‑93 (MQ=255) cATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAg > 2:3324776/1‑93 (MQ=255) aTGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGc > 2:167181/1‑93 (MQ=255) aTGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGc > 1:2717712/1‑93 (MQ=255) tGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCg < 2:3270304/93‑1 (MQ=255) ggTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGc > 1:2266000/1‑93 (MQ=255) ggTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGc > 1:2697525/1‑93 (MQ=255) ggTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGc > 2:1627396/1‑93 (MQ=255) gTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGcc < 2:1001135/93‑1 (MQ=255) gggCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTgc > 1:528189/1‑93 (MQ=255) gggCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCCGAGGCGCCTgc > 2:335913/1‑93 (MQ=255) ggCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTC‑GAGCGGGCCgcgc > 1:3031760/1‑93 (MQ=255) gCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTCCCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGACTgcgc > 1:1304192/1‑93 (MQ=255) gCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTgcgc > 2:64359/1‑93 (MQ=255) cATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTa > 2:2687633/1‑93 (MQ=255) cATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTa > 1:1048772/1‑93 (MQ=255) aTTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTAc > 2:1905672/1‑93 (MQ=255) aTTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTAc > 1:3737810/1‑93 (MQ=255) ttgttgttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACg > 1:3542482/1‑93 (MQ=255) ttgttgttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACg > 2:2305910/1‑93 (MQ=255) cgttgttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACgg > 1:3005799/2‑93 (MQ=255) gttgttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGt < 1:3977119/93‑1 (MQ=255) gttgttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGt > 1:3099188/1‑93 (MQ=255) ttgttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTa < 2:4137662/93‑1 (MQ=255) ttgttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTa > 1:3945801/1‑93 (MQ=255) tgttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAg > 1:1672668/1‑93 (MQ=255) gttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAga > 1:1934714/1‑92 (MQ=255) gttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGc > 1:4182420/1‑93 (MQ=255) ttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCg > 1:596738/1‑93 (MQ=255) ttgATGAAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCg > 1:2438437/1‑93 (MQ=255) gatgaAACCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGaa > 2:3065114/1‑93 (MQ=255) aaaCCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAcca < 1:4579316/93‑1 (MQ=255) aaCCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAccag > 1:2896818/1‑93 (MQ=255) aCCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAccagc < 1:3798885/93‑1 (MQ=255) aCCAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAccagc > 1:2099627/1‑93 (MQ=255) ccATTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAccagcc < 2:1875120/93‑1 (MQ=255) ccAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAccagcc > 1:4274980/1‑93 (MQ=255) ccAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAccagcc < 1:2138942/93‑1 (MQ=255) ccAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAccagcc > 2:4386379/1‑93 (MQ=255) ccAGAGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGACCTGCGCTACGGTAGCGAAAccagcc > 2:3794150/1‑93 (MQ=255) cAGTGTCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAAccagcca < 2:1906633/93‑1 (MQ=255) gtgtCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGt < 2:3822335/93‑1 (MQ=255) gtgtCATGGTACTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGt > 2:1321486/1‑93 (MQ=255) gtCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGc > 2:4405442/1‑93 (MQ=255) gtCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGc < 1:2249640/93‑1 (MQ=255) tCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGcc > 1:1492467/1‑93 (MQ=255) tCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGcc > 1:2299245/1‑93 (MQ=255) tCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGcc > 2:3508954/1‑93 (MQ=255) tCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGcc < 1:2237966/93‑1 (MQ=255) tCATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGcc < 1:4155410/93‑1 (MQ=255) cATGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTATCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGCCa < 1:2299734/93‑1 (MQ=255) aTGGTGCTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGCCAc < 2:391493/93‑1 (MQ=255) | CGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCACCAGCGCCCAGTTGGTTTTCATGGGTCGGGCCATTGTTGTTGATGAAACCAGTGTCATGGTACTGGGACCAGCCCAGTTTAGCACCAGTGTACCAGGTGTTATCTTTCGGAGCGGCCTGCGCTACGGTAGCGAAACCAGCCAGTGCCAC > NC_000913/1019073‑1019249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |