Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,195,626 | A→G | intergenic (+30/+464) | icdA → / ← ymfD | isocitrate dehydrogenase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,195,626 | 0 | A | G | 97.4% | 230.0 / ‑2.1 | 78 | intergenic (+30/+464) | icdA/ymfD | isocitrate dehydrogenase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (33/43); total (34/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 |
GGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGT > NC_000913/1195536‑1195718 | ggatggCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGc < 1:1323655/93‑1 (MQ=255) gatggCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCg < 2:2963422/93‑1 (MQ=255) gatggCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCg > 2:3213159/1‑93 (MQ=255) atggCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGt < 2:1795086/93‑1 (MQ=255) atggCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGt < 1:2320224/93‑1 (MQ=255) tggCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTa > 1:3929200/1‑93 (MQ=255) 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tcatcGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCaa < 2:633624/93‑1 (MQ=255) tcatcGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCaa < 2:2707779/93‑1 (MQ=255) tcGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAAt < 2:2276322/93‑1 (MQ=255) tcGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAAt > 1:4588169/1‑93 (MQ=255) gAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAAttt > 1:1293454/1‑93 (MQ=255) aaaaCATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAAtttt > 2:216874/1‑93 (MQ=255) aaaCATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTa < 1:910914/93‑1 (MQ=255) aaaCATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTa < 2:2124297/93‑1 (MQ=255) 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aaTTTATTAACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTc > 1:3278379/1‑93 (MQ=255) tattaACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTa > 1:4660191/1‑93 (MQ=255) tattaACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTa > 1:3943698/1‑93 (MQ=255) ttaACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAACAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGt > 1:4426506/1‑93 (MQ=255) ttaACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGt > 1:1429704/1‑93 (MQ=255) taACGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGtt > 1:2056676/1‑93 (MQ=255) aaCGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGttt < 2:2164693/93‑1 (MQ=255) aCGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGtttt < 2:3886210/93‑1 (MQ=255) aCGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGtttt < 1:3684045/93‑1 (MQ=255) cGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTg < 2:2932262/93‑1 (MQ=255) cGGGGGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTg < 2:2786894/93‑1 (MQ=255) ggggGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTgg > 2:1181612/1‑93 (MQ=255) ggggGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTgg < 1:1013907/93‑1 (MQ=255) aGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGt > 1:4412521/1‑93 (MQ=255) | GGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGT > NC_000913/1195536‑1195718 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |