| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,433,368 | T→C | E92E (GAA→GAG) | ynaF ← | putative filament protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,433,368 | 0 | T | C | 99.2% | 364.5 / ‑4.5 | 118 | E92E (GAA→GAG) | ynaF | putative filament protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (71/46); total (72/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GTGGTGATATCCGGTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCTTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTGCGATTTGGCTTCCGCTTTCAGGTC > NC_000913/1433279‑1433457 | tggtgATATCCGGTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCcctcct > 2:1912234/1‑93 (MQ=255) gATATCCGGTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAAc > 1:1166098/1‑93 (MQ=255) atatCCGGTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACa > 2:4065622/1‑93 (MQ=255) atCCGGTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATg > 1:2175821/1‑93 (MQ=255) ggTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACa > 1:2310675/1‑93 (MQ=255) ggTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACa > 2:3657211/1‑93 (MQ=255) gTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACAt > 2:4479708/1‑93 (MQ=255) gTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACAt < 2:4290052/93‑1 (MQ=255) gTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACAt > 1:4598084/1‑93 (MQ=255) gTCGATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACAt < 1:1552478/93‑1 (MQ=255) gATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCa > 1:4131601/1‑93 (MQ=255) gATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCa > 1:1670890/1‑93 (MQ=255) gATGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCa > 2:4437444/1‑93 (MQ=255) aTGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCAc < 1:837386/93‑1 (MQ=255) aTGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCAc < 1:4471711/93‑1 (MQ=255) tGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCaat > 2:2761978/1‑91 (MQ=255) tGGGAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCAct > 2:3741937/1‑93 (MQ=255) tGGGAAGCAAGGATGATCATATGAGCTGGGAGCTTCATCGCCAATTCTAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCGCCTCAACACGGACATGCAct > 2:4686438/1‑93 (MQ=255) ggAAGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCActct < 1:571207/93‑1 (MQ=255) aaGCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGt < 2:304562/93‑1 (MQ=255) gCAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCg > 2:146682/1‑93 (MQ=255) cAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCgg > 1:1197541/1‑93 (MQ=255) cAATGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCgg < 1:4150667/93‑1 (MQ=255) aaTGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGt > 1:2877217/1‑93 (MQ=255) aaTGATGATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGt > 1:1950564/1‑93 (MQ=255) atgatgATCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGtt < 1:2908090/93‑1 (MQ=255) tgatgaTCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTg > 1:4439843/1‑93 (MQ=255) tgatgaTCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTg < 2:374468/93‑1 (MQ=255) gatgatCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTgg < 1:2891346/93‑1 (MQ=255) gatgatCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTgg > 2:4340158/1‑93 (MQ=255) atCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGt > 2:4611660/1‑93 (MQ=255) tCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGtt < 1:1445602/93‑1 (MQ=255) tCATATGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGtt > 2:3652154/1‑93 (MQ=255) tatGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTaa > 1:3465187/1‑93 (MQ=255) tGAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAAt > 1:816724/1‑93 (MQ=255) gAGCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAAtt > 1:476710/1‑93 (MQ=255) gCGGGGATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAAtttt > 2:4404584/1‑93 (MQ=255) cGGGGATCTTCTTCGCTAATTCCAGAATGCTGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCTACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAAttttt < 2:3249721/93‑1 (MQ=255) 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gATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAAt < 1:493037/93‑1 (MQ=255) gATCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAAt < 2:646270/93‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATg < 1:4225900/93‑1 (MQ=255) tcttctTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGa < 2:2926768/93‑1 (MQ=255) tcttctTCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGa < 1:3799455/93‑1 (MQ=255) cttcttCGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGAt > 1:1418185/1‑93 (MQ=255) ttcttcGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGAtc < 1:62995/93‑1 (MQ=255) ttcttcGCCAATTCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGAtc > 1:415660/1‑93 (MQ=255) 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ttCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTg < 2:3091121/93‑1 (MQ=255) tCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTGc > 1:4113286/1‑93 (MQ=255) tCCAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGCTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTGc > 1:3494590/1‑93 (MQ=255) cAGAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTGCGa < 2:2577778/93‑1 (MQ=255) gAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCAGTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTGCGAtt > 1:3297225/1‑93 (MQ=255) gAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTGCGAtt < 2:1173706/93‑1 (MQ=255) gAATGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTGCGAtt < 2:3610863/93‑1 (MQ=255) aaTGCGGTCTTTGGGCGAGCCCTCCTCAACATGGACATGCACTCTGTCGGTTGGCAGTTTAAATTTTTTAATGATCTCTTCCAGTTGCGAttt > 1:1439618/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |