Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 134,838 | A→G | W249R (TGG→CGG) | speD ← | S‑adenosylmethionine decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 134,838 | 0 | A | G | 99.5% | 625.7 / ‑4.6 | 200 | W249R (TGG→CGG) | speD | S‑adenosylmethionine decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (92/107); minor base T (1/0); total (93/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.85e-01 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TAAATAAATCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCACAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCTTTAA > NC_000913/134748‑134927 | taaataaaTCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCcgca > 2:1001138/1‑93 (MQ=255) aataaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcagc > 2:3918429/1‑93 (MQ=255) aaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcagcgca > 2:1590500/1‑93 (MQ=255) aaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcagcgca < 1:2271937/93‑1 (MQ=255) accTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCGGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCgcagcgcagc < 2:1643753/91‑1 (MQ=255) ggCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTa > 1:407609/1‑93 (MQ=255) 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aGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGcgct < 1:2467985/93‑1 (MQ=255) cccGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGcgctcgc < 2:371087/92‑1 (MQ=255) gagCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGt > 1:473331/1‑93 (MQ=255) gagCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGt > 1:2022307/1‑93 (MQ=255) gagCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGt > 2:3195933/1‑93 (MQ=255) gagCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGt < 2:3586726/93‑1 (MQ=255) gCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTa > 2:331099/1‑93 (MQ=255) gCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTa > 2:4493882/1‑93 (MQ=255) 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tatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtgt < 2:3161187/93‑1 (MQ=255) tatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtgt > 2:1942921/1‑93 (MQ=255) tatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtgt > 1:4319019/1‑93 (MQ=255) atTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGtgtg < 2:89900/93‑1 (MQ=255) ttGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTgg > 1:148172/1‑93 (MQ=255) cgcCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAAc > 2:4292789/1‑93 (MQ=255) gcCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACa > 2:4151798/1‑93 (MQ=255) cccGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCTCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACAt > 1:3535007/1‑93 (MQ=255) 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tttcCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCttt < 1:1892565/93‑1 (MQ=255) tttcCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCttt < 2:4330417/93‑1 (MQ=255) tttcCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCttt > 1:2874699/1‑93 (MQ=255) tttcCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCttt > 1:1015370/1‑93 (MQ=255) tcCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCTTTaa < 2:555022/93‑1 (MQ=255) tcCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCTTTaa < 2:4393616/93‑1 (MQ=255) | TAAATAAATCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCACAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCTTTAA > NC_000913/134748‑134927 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |