| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 137,057 | G→A | intergenic (‑140/‑26) | yacC ← / → yacK | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 137,057 | 0 | G | A | 99.5% | 652.7 / ‑5.3 | 190 | intergenic (‑140/‑26) | yacC/yacK | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (73/115); total (74/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
AGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGT > NC_000913/136967‑137146 | agGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCAcc < 1:4032160/93‑1 (MQ=255) ggCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCt < 1:360958/93‑1 (MQ=255) cgacgaCCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGc < 1:2676680/93‑1 (MQ=255) cgacgaCCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCCTCCCGTAATGGGGCGGACTCTGCTCAAGCTTTTA‑CTTTGTTTCGTCtat > 1:237007/1‑91 (MQ=255) gacgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTTGTTTCACCTGc < 1:2063835/93‑1 (MQ=255) gacgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTTACCTGCt > 1:1330730/1‑93 (MQ=255) acgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGAGTATGCTCAACGGTTGA‑TTTTGTTTTACCTGCtt > 2:569806/1‑93 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGGCCTTCCCCTAAGGGGAAGGACTATGCTCTACGTTTTA‑TTTTGTTTTCCCTGCttta > 2:125657/1‑91 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTaa < 1:1309087/93‑1 (MQ=255) acCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAg < 1:3022998/93‑1 (MQ=255) acCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCCTAAGGGGGAGGACTATGCTCCACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCtttaa > 2:2533473/1‑90 (MQ=255) ccATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGa > 1:936290/1‑93 (MQ=255) ccATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGa < 1:1446970/93‑1 (MQ=255) cATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTTACCTGCTTAAGaa > 1:4190582/1‑93 (MQ=255) cATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGaa < 1:3541581/93‑1 (MQ=255) cATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGaa < 2:1994662/93‑1 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGGAGGACTATGCTCAACCTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAAt > 1:2206336/1‑93 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTTACCTGCTTAAGAAt > 2:4346334/1‑93 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAAt > 2:3739702/1‑93 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAAt < 1:3696250/93‑1 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCCGCTTAAGAAt < 2:2113062/93‑1 (MQ=255) ttattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATa < 2:4153475/93‑1 (MQ=255) ttattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATa < 2:931764/93‑1 (MQ=255) ttattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATa < 1:3164586/93‑1 (MQ=255) tattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATaa < 2:277974/93‑1 (MQ=255) attGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAg < 1:4565532/93‑1 (MQ=255) attGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAg < 1:231806/93‑1 (MQ=255) ttGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTTCTTAAAAATAAgg > 2:1299791/1‑93 (MQ=255) ttGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAgg > 2:2297749/1‑93 (MQ=255) tGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGa > 2:4255431/1‑93 (MQ=255) 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aTTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGGAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATaa > 1:325193/1‑93 (MQ=255) aTTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATaa < 1:1241618/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 1:4430372/93‑1 (MQ=255) aTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCCACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAAGAAATAACTATg > 1:492099/1‑93 (MQ=255) ttGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTAttc > 2:1707893/1‑91 (MQ=255) ttGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAAAATAAGGAAATAACTATGc < 2:4563832/93‑1 (MQ=255) tgtgTCTGCGGCTTGAACTTCCCGTTAGGGGGAGGACTTTGCGCAACGTTTGA‑TTTTGGTTCACCTGGTTAAGAATAAAGAAATAAGTAttga > 2:3947800/1‑90 (MQ=255) gtgtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCaa < 2:1026390/93‑1 (MQ=255) gtgtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCaa < 1:1846241/93‑1 (MQ=255) tgtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAc < 1:841960/93‑1 (MQ=255) cTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgtc < 2:2810643/93‑1 (MQ=255) tGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgtcg < 1:1207224/93‑1 (MQ=255) gCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgtcgt < 2:2313412/93‑1 (MQ=255) gCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgtcgt < 2:404856/93‑1 (MQ=255) ggCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGa < 1:114361/93‑1 (MQ=255) ggCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGA‑TTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGa < 2:3823728/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |