| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,502,652 | T→C | A324A (GCT→GCC) | b1432 → | putative virulence protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,502,652 | 0 | T | C | 98.9% | 284.7 / ‑4.4 | 94 | A324A (GCT→GCC) | b1432 | putative virulence protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (44/49); total (44/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GTTTAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCTGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGATGCC > NC_000913/1502561‑1502740 | gTTTAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCTg < 1:3047340/93‑1 (MQ=255) ttAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGtt > 2:2186159/1‑93 (MQ=255) ttAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGtt > 2:2186160/1‑93 (MQ=255) ttAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGtt > 1:1744790/1‑93 (MQ=255) tAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTc < 2:620163/93‑1 (MQ=255) aaCCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCg > 1:1221687/1‑93 (MQ=255) 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tGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACaa < 2:1043334/93‑1 (MQ=255) tGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACaa < 1:216398/93‑1 (MQ=255) ggATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAg < 2:2229412/93‑1 (MQ=255) gATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGc > 1:2949058/1‑93 (MQ=255) aTCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGcc < 1:1250102/93‑1 (MQ=255) tCAGGGCTGGTATGATATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTTCTTGCCGTGCCGCTAGCGTATACAAGCCa < 2:1509147/93‑1 (MQ=255) tCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCa > 2:1108902/1‑93 (MQ=255) tCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAACCCa < 2:4362202/93‑1 (MQ=255) aGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGc < 1:3068156/93‑1 (MQ=255) aGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGc < 2:3019602/93‑1 (MQ=255) gggCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCg < 1:2227590/93‑1 (MQ=255) ggCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGt > 2:3072453/1‑93 (MQ=255) ggCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGt > 2:845518/1‑93 (MQ=255) ggCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGt < 1:2203809/93‑1 (MQ=255) gCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGtt < 2:2469421/93‑1 (MQ=255) gCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGtt > 2:3446937/1‑93 (MQ=255) gCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGtt > 2:723869/1‑93 (MQ=255) cTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTg > 1:2614421/1‑93 (MQ=255) tGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTgc > 2:3350331/1‑93 (MQ=255) tATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGcgcg > 1:3234142/1‑93 (MQ=255) aTGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGt > 1:1377905/1‑93 (MQ=255) aTGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGt < 2:1050290/93‑1 (MQ=255) tGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTa < 2:2051323/93‑1 (MQ=255) gAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTAc < 1:2328673/93‑1 (MQ=255) aaaTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACt < 1:3977355/93‑1 (MQ=255) aaaTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACt < 2:2066319/93‑1 (MQ=255) aaTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtg < 1:1453191/93‑1 (MQ=255) aaTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtg > 2:1437315/1‑93 (MQ=255) aTGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtgt < 2:1512530/93‑1 (MQ=255) tGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtgtg > 1:687576/1‑93 (MQ=255) tGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtgtg < 2:160168/93‑1 (MQ=255) tGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACtgtg > 2:2522488/1‑93 (MQ=255) ccccgccATCTGGCGTTTAAGCAGCTCTGCCGTGGCGGTCAGGTTCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTCCGCGTACTGTGGt < 2:1571419/91‑1 (MQ=255) ccgccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGCTGCGCGTACTGTGGTCa > 2:3094274/1‑93 (MQ=255) gccAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGCTGCGCGTACTGTGGTCATa < 1:4626444/93‑1 (MQ=255) cAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACa < 1:4524147/93‑1 (MQ=255) cAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACa > 1:2636761/1‑93 (MQ=255) aGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGCCATACac > 2:3022395/1‑92 (MQ=255) gCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGc > 1:3157903/1‑93 (MQ=255) gCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGc < 1:2215325/93‑1 (MQ=255) gCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGc > 2:654175/1‑93 (MQ=255) gCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGc > 1:4638115/1‑93 (MQ=255) gCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGGGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGc < 2:3489476/93‑1 (MQ=255) tGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGaa < 1:4508495/93‑1 (MQ=255) gTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAaga < 2:4357865/93‑1 (MQ=255) gTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAaga > 2:2424377/1‑93 (MQ=255) gTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAaga < 1:1493574/93‑1 (MQ=255) gTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAaga > 1:2197649/1‑93 (MQ=255) ataAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAgaga < 2:3091185/93‑1 (MQ=255) ataAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAgaga < 2:1436910/93‑1 (MQ=255) aaGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAAc < 2:340031/93‑1 (MQ=255) aaGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAAc < 1:229772/93‑1 (MQ=255) aaGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAAc < 2:3575084/93‑1 (MQ=255) agcagcTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAAcc > 1:3924554/1‑93 (MQ=255) gcagcTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCg > 2:1551102/1‑93 (MQ=255) gcagcTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCCGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCg > 2:4532604/1‑93 (MQ=255) 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tccttgccGTTCCGCCGGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGAt < 1:4451883/91‑1 (MQ=255) gcttgccGTGCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGATg < 1:3860416/93‑1 (MQ=255) cttgccGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGATGc > 2:3417285/1‑93 (MQ=255) ttgccGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGATGcc < 2:3312350/93‑1 (MQ=255) ttgccGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGATGcc > 1:89096/1‑93 (MQ=255) ttgccGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGATGcc > 1:4462642/1‑93 (MQ=255) | GTTTAAACCGTTCGATACTGGATCAGGGCTGGTATGAAATGCGCCGCCAGCTTGCGTATAAGCAGCTCTGGCGTGGCGGTCAGGTGCTTGCTGTTCCGCCAGCGTATACAAGCCAGCGTTGCGCGTACTGTGGTCATACAGCGAAAGAGAACCGCCTGTCACAAAGTAAATTCAGATGCC > NC_000913/1502561‑1502740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |