Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,656,923 | T→C | P277P (CCT→CCC) | b1587 → | putative oxidoreductase major subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,656,923 | 0 | T | C | 99.1% | 322.0 / ‑4.9 | 105 | P277P (CCT→CCC) | b1587 | putative oxidoreductase major subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (45/59); total (46/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AAAAGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCTATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGA > NC_000913/1656833‑1657009 | aaaaGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCAt > 2:775355/1‑93 (MQ=255) aaaGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCAtt > 1:3878463/1‑93 (MQ=255) aaGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTc < 2:1374971/93‑1 (MQ=255) aaGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGAAGAATGGCTCCCCATTc > 1:3858800/1‑93 (MQ=255) cgcgcgAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGcc < 1:2892964/93‑1 (MQ=255) gcgcgAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGccc > 2:1679300/1‑93 (MQ=255) gcgAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCgg > 1:2147615/1‑93 (MQ=255) gcgAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCgg < 1:1859673/93‑1 (MQ=255) gagaAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGc > 1:511941/1‑93 (MQ=255) agaAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCa > 2:4672926/1‑93 (MQ=255) gaAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCAc > 1:600857/1‑93 (MQ=255) aaaTCGAACGCGAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCAcc < 1:3713637/93‑1 (MQ=255) aaaTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCAcc < 1:674786/93‑1 (MQ=255) aaTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCg > 1:195580/1‑93 (MQ=255) aTCGAACTCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa < 2:1669142/93‑1 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa < 2:1392322/93‑1 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa < 1:2272927/93‑1 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa < 2:1613382/93‑1 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa > 2:3990184/1‑93 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa > 1:2803806/1‑93 (MQ=255) tCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGAt < 1:846866/93‑1 (MQ=255) cGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATg > 2:528650/1‑93 (MQ=255) gAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGc < 1:2700440/93‑1 (MQ=255) gAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGc < 1:2918964/93‑1 (MQ=255) aaCGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGcc < 2:1766567/93‑1 (MQ=255) aCGGCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGCTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCcg < 1:773214/93‑1 (MQ=255) aCGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCcg > 2:2699948/1‑93 (MQ=255) cGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCcgc > 1:11812/1‑93 (MQ=255) ccAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGACgcgc > 2:156988/1‑93 (MQ=255) cAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCt > 1:2782321/1‑93 (MQ=255) aaaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTg > 1:4441093/1‑93 (MQ=255) aaaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTg > 1:3022415/1‑93 (MQ=255) aaaaTGATTGTTATCGATCCGCAATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTg < 2:2577928/93‑1 (MQ=255) aaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTgg > 1:2348961/1‑93 (MQ=255) aaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTgg > 1:1560916/1‑93 (MQ=255) aaTGATTGTTATCTATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGt < 2:3470941/93‑1 (MQ=255) aTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGGTCCCCATTCGCCCGGGCACCGACGCCGCGCTCGtg > 2:739902/1‑92 (MQ=255) aTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGtt < 1:2273966/93‑1 (MQ=255) gATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGc > 2:3504303/1‑93 (MQ=255) gATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGc < 1:2197250/93‑1 (MQ=255) aTTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGGTGCg > 2:4359941/1‑93 (MQ=255) ttGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCgg > 1:1692073/1‑93 (MQ=255) ttGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCgg < 2:961416/93‑1 (MQ=255) tGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCggg < 1:2355296/93‑1 (MQ=255) tttATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGt < 1:1231031/92‑1 (MQ=255) gTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGt > 1:4122463/1‑93 (MQ=255) ttATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTa < 1:1166019/93‑1 (MQ=255) aTCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTAtt > 1:2847164/1‑93 (MQ=255) aTCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTAtt < 1:4097535/93‑1 (MQ=255) aTCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTAtt > 1:2536411/1‑93 (MQ=255) aTCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCAGCGCTGGATGCGGGGAtt > 2:4299466/1‑93 (MQ=255) tCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTg > 1:4638149/1‑93 (MQ=255) cGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCTCTGGTTGCGGGTATTGc < 2:988111/93‑1 (MQ=255) gATCCGCGATATACCGATACGACTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGCTGCGGGTATTGcc > 1:4649211/1‑93 (MQ=255) tCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTg > 2:1807089/1‑93 (MQ=255) ccGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTgg < 1:4319695/93‑1 (MQ=255) cgcgATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTggg > 2:3355769/1‑93 (MQ=255) gcgATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATGCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGt < 1:1466328/93‑1 (MQ=255) cgATATCCCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTa < 1:3100297/93‑1 (MQ=255) gATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCTATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTAt > 1:2653166/1‑93 (MQ=255) gATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCCCCGATGCCGCGCTGCTTGCGGGGCTTGCCTGGGTAt > 1:3318558/1‑93 (MQ=255) gATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTAt < 1:749612/93‑1 (MQ=255) 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aCCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCTGGTATTGCCTGGGTATTGAtt < 2:141899/93‑1 (MQ=255) ccGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTa > 1:3699302/1‑93 (MQ=255) gATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAAc < 1:2469677/93‑1 (MQ=255) aTACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACg < 1:1570453/93‑1 (MQ=255) aTACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCAGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACg > 1:3307869/1‑93 (MQ=255) tACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGa < 2:2252359/93‑1 (MQ=255) tACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGa < 1:1307458/93‑1 (MQ=255) aCGGCAGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGaa < 1:3661972/93‑1 (MQ=255) cGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTTATTAACGaaa < 2:85040/93‑1 (MQ=255) cGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATCCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGaaa < 1:1064091/93‑1 (MQ=255) gCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAt > 2:1354626/1‑93 (MQ=255) gCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAt < 1:4512399/93‑1 (MQ=255) gCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAt < 2:1768497/93‑1 (MQ=255) gCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAt < 1:2312921/93‑1 (MQ=255) tGCCGGTCGTGAAGACCAACGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGGTGCGGGTATTGCCTCGGGATTTATTAAGGaaaagcc > 2:4580925/1‑90 (MQ=255) gCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAtctc < 2:1493205/93‑1 (MQ=255) gTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTg < 1:3911499/93‑1 (MQ=255) tCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGa > 1:2455033/1‑93 (MQ=255) cGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGAt < 1:3517665/93‑1 (MQ=255) cGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGAt > 1:207652/1‑93 (MQ=255) aGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAAcc < 1:2004360/93‑1 (MQ=255) aGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGCGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAAcc < 2:3105313/93‑1 (MQ=255) gACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCt < 1:1665431/93‑1 (MQ=255) aCGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCtt < 1:3971444/93‑1 (MQ=255) aCGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCtt < 2:2929939/93‑1 (MQ=255) cGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCttt > 1:625031/1‑93 (MQ=255) gAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCtttt < 2:2912375/93‑1 (MQ=255) aaTGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTtc < 1:725545/93‑1 (MQ=255) aaTGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTtc < 2:3332704/93‑1 (MQ=255) gCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGa < 2:2105023/93‑1 (MQ=255) | AAAAGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCTATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGA > NC_000913/1656833‑1657009 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |