| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,702,768 | A→G | intergenic (‑436/‑205) | b1624 ← / → b1625 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,702,768 | 0 | A | G | 97.8% | 273.8 / ‑2.2 | 92 | intergenic (‑436/‑205) | b1624/b1625 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (30/60); total (30/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
GCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATCCCTGAAT > NC_000913/1702680‑1702857 | gCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGaa > 2:3435436/1‑93 (MQ=255)gCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGaa < 1:4094760/93‑1 (MQ=255) cTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAAt < 1:619119/93‑1 (MQ=255) ttCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAAtt < 2:1895422/93‑1 (MQ=255) ttCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAAtt < 2:509686/93‑1 (MQ=255) ttCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAAtt < 1:3871164/93‑1 (MQ=255) ttCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAAtt < 1:2791169/93‑1 (MQ=255) tCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAAttt > 2:1891593/1‑93 (MQ=255) ggTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATttat < 1:2214289/93‑1 (MQ=255) gTACAACGCAAGGAAGCGCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATttatt < 2:4143323/93‑1 (MQ=255) gTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATttatt < 1:2127853/93‑1 (MQ=255) gTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATttatt > 2:488374/1‑93 (MQ=255) acaacaCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTtattat > 1:1852581/1‑93 (MQ=255) caacaCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATc < 2:1062029/93‑1 (MQ=255) aacaCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCt > 1:394165/1‑93 (MQ=255) acacAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCtt > 2:1412563/1‑93 (MQ=255) acaAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGt < 1:4549218/93‑1 (MQ=255) caAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGtt < 1:1204403/93‑1 (MQ=255) caAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGtt > 1:1412094/1‑93 (MQ=255) aaGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTc < 1:2115446/93‑1 (MQ=255) aaGTAAGATCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTc < 1:83463/93‑1 (MQ=255) gTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGa > 1:3283580/1‑93 (MQ=255) 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gCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGAtgtt < 2:4279159/93‑1 (MQ=255) gCTCTGCACTTGTGCAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGAtgtt < 2:514330/93‑1 (MQ=255) tctGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGAtgttgt > 1:2749125/1‑93 (MQ=255) tctGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGAtgttgt < 2:2525399/93‑1 (MQ=255) ctGCGCTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATgttgtt < 1:3999226/93‑1 (MQ=255) ctGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATgttgtt < 1:2742702/93‑1 (MQ=255) gCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTgg > 2:344479/1‑93 (MQ=255) gCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTgg < 2:4222629/93‑1 (MQ=255) gCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTgg > 2:845971/1‑93 (MQ=255) cACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGt > 2:3208288/1‑93 (MQ=255) cACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGt < 2:1630406/93‑1 (MQ=255) ttGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGAt < 2:350238/93‑1 (MQ=255) ttGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGAt < 2:1902641/93‑1 (MQ=255) gAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCa < 1:154287/93‑1 (MQ=255) aGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAg < 2:271134/93‑1 (MQ=255) aGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAg < 2:1679346/93‑1 (MQ=255) gCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAgg < 2:3479359/93‑1 (MQ=255) gCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAgg > 1:586260/1‑93 (MQ=255) cGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAggg < 2:4016276/93‑1 (MQ=255) gACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGa < 1:4130164/93‑1 (MQ=255) gACATGCCGACGGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGa < 2:2089989/93‑1 (MQ=255) aCATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGAt < 2:1740880/93‑1 (MQ=255) tgccgcCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGt < 2:4186043/93‑1 (MQ=255) cgcCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTaaa < 1:3766778/92‑1 (MQ=255) gcCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAg < 2:1074033/93‑1 (MQ=255) gcCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAg < 1:4113895/93‑1 (MQ=255) gTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATGTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGcgcg < 1:2508167/93‑1 (MQ=255) cGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTa < 1:1033845/93‑1 (MQ=255) gggTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTAc < 2:3785992/93‑1 (MQ=255) gggTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTAc < 2:521025/93‑1 (MQ=255) ggTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTAct > 1:2678879/1‑93 (MQ=255) gTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTActc < 2:627738/93‑1 (MQ=255) gTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTActc < 1:488721/93‑1 (MQ=255) cATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCttt < 2:647397/93‑1 (MQ=255) cATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCttt > 1:4310821/1‑93 (MQ=255) aTGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCtttt > 2:3262118/1‑93 (MQ=255) aTGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCtttt < 1:3607573/93‑1 (MQ=255) aTGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCtttt > 1:4519286/1‑93 (MQ=255) aTGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTGATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCtttt < 1:3607574/93‑1 (MQ=255) tGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTc > 1:1286144/1‑93 (MQ=255) 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atTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATccc < 1:4596455/93‑1 (MQ=255) atTAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATccc > 2:177638/1‑93 (MQ=255) atTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATccc < 1:2875070/93‑1 (MQ=255) ttAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATCCCt > 1:4648534/1‑93 (MQ=255) ttAAACCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATCCCt > 2:3103581/1‑93 (MQ=255) aCCGGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATCCCTGAat > 2:1983679/1‑93 (MQ=255) | GCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATCCCTGAAT > NC_000913/1702680‑1702857 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |