| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 175,526 | C→T | G140G (GGC→GGT) | yadQ → | putative channel transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 175,526 | 0 | C | T | 99.4% | 559.5 / NA | 163 | G140G (GGC→GGT) | yadQ | putative channel transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (87/75); total (88/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGG > NC_000913/175436‑175615 | ggAAATTGACGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGAGACCCTcggtgg > 2:3720947/1‑93 (MQ=255)ggAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTcggtgg < 2:3298422/93‑1 (MQ=255) gAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGa < 1:3544953/93‑1 (MQ=255) aaTTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAgg > 1:2192534/1‑93 (MQ=255) ttGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCa < 1:482087/93‑1 (MQ=255) ttGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCa < 1:3988000/93‑1 (MQ=255) ttGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACGCGGGGGAGGCa > 2:3225826/1‑93 (MQ=255) gAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATg > 1:3851112/1‑93 (MQ=255) aGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGgt > 1:1400272/1‑93 (MQ=255) aGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTCGCGGCATggg > 2:4063475/1‑92 (MQ=255) ggggCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGgtg > 2:3885282/1‑93 (MQ=255) ggggCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGGGGAGGCATgggg > 1:3233515/1‑91 (MQ=255) gggCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGgtgt < 1:3169860/93‑1 (MQ=255) gggCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGgtgt < 1:3637614/93‑1 (MQ=255) 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cTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTgggg < 2:2062834/93‑1 (MQ=255) cggAAGATCAACGTCTTGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGGCGGTGAAGTTCTTTGGCGTGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGgc < 2:3576106/92‑1 (MQ=255) ggAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGgcg > 2:2732618/1‑93 (MQ=255) ggAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGgcg > 2:2650696/1‑93 (MQ=255) gAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGgcgc > 2:943541/1‑93 (MQ=255) gATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGaa > 2:3228402/1‑93 (MQ=255) gATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGaa < 2:4233478/93‑1 (MQ=255) gATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGaa < 1:3815913/93‑1 (MQ=255) aTCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAg < 1:17243/93‑1 (MQ=255) aTCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAg > 1:1254719/1‑93 (MQ=255) tCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGGGAAgg > 2:577414/1‑93 (MQ=255) tCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAgg > 2:220258/1‑93 (MQ=255) cAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAggg > 1:1947103/1‑93 (MQ=255) aaCGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGc > 1:4635430/1‑93 (MQ=255) aCGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGcc > 2:270418/1‑93 (MQ=255) aCGTCCCGTTCGCTAGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGGATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGcc > 2:2862728/1‑93 (MQ=255) aCGTCCCGTTAGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGGTGGGGCGCGAAGGGcc > 2:2014210/1‑93 (MQ=255) cGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCa < 1:1798263/93‑1 (MQ=255) gTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCaa < 2:3143111/93‑1 (MQ=255) tCCCGTTCGCTGGTTGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAAc > 1:3725957/1‑93 (MQ=255) cccGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAAcc > 2:1208073/1‑93 (MQ=255) ccGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCg > 1:4573447/1‑93 (MQ=255) cGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGt < 2:3011756/93‑1 (MQ=255) gTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTg < 2:1110623/93‑1 (MQ=255) gTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTg > 1:2264832/1‑93 (MQ=255) ttCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGc > 1:736618/1‑93 (MQ=255) cGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAg > 2:1336581/1‑93 (MQ=255) cGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAg < 1:163289/93‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAg > 2:3474179/1‑93 (MQ=255) gCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGa > 2:1741725/1‑93 (MQ=255) gCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGa > 1:3177311/1‑93 (MQ=255) gCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGa < 1:4389140/93‑1 (MQ=255) gCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGa < 2:2481270/93‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGAt > 1:1126559/1‑93 (MQ=255) cTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGAt < 1:3589782/93‑1 (MQ=255) tggtggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCCACCGTGCAGATc > 2:4375684/1‑93 (MQ=255) tggtggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATc < 1:1048189/93‑1 (MQ=255) gtggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATcgg > 1:4669932/1‑93 (MQ=255) tggCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATcggc < 2:3420835/93‑1 (MQ=255) gtgtATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTa > 2:3606744/1‑93 (MQ=255) gtgtATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTa > 1:3968632/1‑93 (MQ=255) tgtATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGGaa > 2:620371/1‑93 (MQ=255) gtATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATCGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAAc < 1:3302110/93‑1 (MQ=255) tATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACa < 2:41235/93‑1 (MQ=255) agtGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCTAACCGTGCAGATCGGCGGTAACAt < 2:4638892/91‑1 (MQ=255) aTTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGGAACAt > 1:2493556/1‑93 (MQ=255) ttGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACAtt < 1:648994/93‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACAtt > 1:3286333/1‑93 (MQ=255) tGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTg < 1:3412896/93‑1 (MQ=255) gCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTgg < 2:1314991/93‑1 (MQ=255) ccGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGc < 2:2585995/93‑1 (MQ=255) ccGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGGGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTCGc > 1:1015672/1‑93 (MQ=255) cGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGcc > 1:1927570/1‑93 (MQ=255) cGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGcc > 2:1590402/1‑93 (MQ=255) ggTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCg > 1:3897539/1‑93 (MQ=255) gTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGt > 1:1874963/1‑93 (MQ=255) 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ggCTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATAttt > 2:723892/1‑93 (MQ=255) cTGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTc > 1:3005583/1‑93 (MQ=255) tGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTcc > 2:4146823/1‑93 (MQ=255) tGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTcc < 1:1984911/93‑1 (MQ=255) tGGGGACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTcc < 1:2079546/93‑1 (MQ=255) gACACTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCt < 1:3368697/93‑1 (MQ=255) cacTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGa > 1:3078205/1‑93 (MQ=255) cacTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGa > 2:446839/1‑93 (MQ=255) cTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGaaa > 1:1142023/1‑93 (MQ=255) cTCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGaaa < 1:834530/93‑1 (MQ=255) tCGGTGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAg < 1:2752666/93‑1 (MQ=255) cggtggAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAgg < 1:4188139/93‑1 (MQ=255) cggtggAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAgg < 2:2288350/93‑1 (MQ=255) cggtggAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAgg > 2:1569014/1‑93 (MQ=255) | GGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGG > NC_000913/175436‑175615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |