| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,836,284 | T→C | L350S (TTG→TCG) | b1755 → | putative transport system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,836,284 | 0 | T | C | 93.3% | 282.2 / 9.4 | 105 | L350S (TTG→TCG) | b1755 | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base C (52/46); total (55/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGG > NC_000913/1836196‑1836373 | aTGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGccc > 1:3959327/1‑93 (MQ=255) tGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCa < 1:2890304/93‑1 (MQ=255) tGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCa > 1:368044/1‑93 (MQ=255) tGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCa < 2:3518278/93‑1 (MQ=255) gggCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCAtt < 1:2755695/93‑1 (MQ=255) gggCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCAtt < 1:4049964/93‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTtta > 1:3243962/1‑93 (MQ=255) cTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTtta < 2:3127977/93‑1 (MQ=255) tggtggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTCTGGTCGCCCCTTttat > 1:3715501/1‑93 (MQ=255) tggtggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTttat > 2:2351420/1‑93 (MQ=255) gtggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTttatta > 2:2938844/1‑93 (MQ=255) ggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTAcc < 2:522530/93‑1 (MQ=255) ggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTAcc < 1:335246/93‑1 (MQ=255) ggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTAcc < 2:3972541/93‑1 (MQ=255) 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aCATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGct > 2:1323454/1‑93 (MQ=255) aCATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGct > 1:560750/1‑93 (MQ=255) aCATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGct > 1:1942543/1‑93 (MQ=255) cATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGctc > 1:1506761/1‑93 (MQ=255) cATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGctc < 2:4635272/93‑1 (MQ=255) ttCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGGATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGctctc > 1:2474736/1‑92 (MQ=255) ttCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTg > 2:2994880/1‑93 (MQ=255) ttCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTg > 2:3505261/1‑93 (MQ=255) ttCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTg > 1:196803/1‑93 (MQ=255) tCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGc > 1:4287634/1‑93 (MQ=255) aTCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCCCAACGTTGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCCTTTTATTACCTGCTCTGCCa > 2:2879836/1‑93 (MQ=255) aTCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCa < 2:392894/93‑1 (MQ=255) gCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtg > 1:1694037/1‑93 (MQ=255) gCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtg < 2:1495148/93‑1 (MQ=255) gCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtg > 1:2885642/1‑93 (MQ=255) cTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtgg > 1:1199105/1‑93 (MQ=255) cTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtgg > 1:952418/1‑93 (MQ=255) tttGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtggt < 2:1913212/93‑1 (MQ=255) tttGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtggt < 2:48872/93‑1 (MQ=255) tttGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtggg > 1:4686850/1‑92 (MQ=255) ttGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtggtg < 2:4439183/93‑1 (MQ=255) tGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACtggtgg > 2:3783571/1‑93 (MQ=255) cTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAACGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTAGCCCATTTTAGTCCCTGCTGTGCCCCtggtggag > 2:1336239/1‑91 (MQ=255) tCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCgg > 2:1502285/1‑93 (MQ=255) tGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGcc < 1:1827516/93‑1 (MQ=255) tGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGcc > 1:1334756/1‑93 (MQ=255) tGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGcc > 1:2340538/1‑93 (MQ=255) gTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGccg > 1:3176315/1‑92 (MQ=255) ttACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAg < 2:3268255/93‑1 (MQ=255) ttACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAg < 2:2338293/93‑1 (MQ=255) aCTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTa > 1:3776132/1‑93 (MQ=255) tgctgTGGCTGGAATTGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTaca < 2:3067704/93‑1 (MQ=255) gctgTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTacac < 1:1756706/93‑1 (MQ=255) ctgTGGCTGGAATGGGGGCCACAGTGTCGCCAGGTGGGGGTATGGTCGCCCATTTTATTAACTGCTCTTGCACTGGTGGAGGGGCAGTACACg > 2:2985032/1‑93 (MQ=255) ctgTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACg > 1:601760/1‑93 (MQ=255) tgtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGc > 2:1843833/1‑93 (MQ=255) tgtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGc > 1:442175/1‑93 (MQ=255) gtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCGGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCt < 1:157018/93‑1 (MQ=255) gtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCt < 2:115668/93‑1 (MQ=255) gtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCt < 2:2965212/93‑1 (MQ=255) gCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGgc < 1:3874147/93‑1 (MQ=255) tGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGgcgc < 2:1809571/93‑1 (MQ=255) tGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGgcgc > 2:4594534/1‑93 (MQ=255) gAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTa < 1:1111745/93‑1 (MQ=255) aaTGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTAt < 1:2261997/93‑1 (MQ=255) aTGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATg > 2:1247955/1‑93 (MQ=255) ggggCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCt < 1:3742451/93‑1 (MQ=255) gCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGaa < 2:3995897/93‑1 (MQ=255) ccACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGaaa < 2:1678139/93‑1 (MQ=255) ccACAGCGTCGCCAGTTGTGACTATGGTCGCCCATTTTATTCCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGaaa < 1:4489750/93‑1 (MQ=255) acaGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACt < 2:1329971/93‑1 (MQ=255) caGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGCAACtg > 2:1639950/1‑93 (MQ=255) caGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACtg < 1:1456894/93‑1 (MQ=255) caGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACtg > 1:2104801/1‑93 (MQ=255) aGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACtgg > 1:2828592/1‑93 (MQ=255) gCGTCGCCAGTTGTGTCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACtgga < 2:2828128/93‑1 (MQ=255) 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gCCAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGaa > 2:4450274/1‑93 (MQ=255) ccAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAg > 1:1873064/1‑93 (MQ=255) ccAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCGCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTACGGCTGAAAAtggatggaca > 2:4199833/1‑91 (MQ=255) cAGTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGc > 1:611428/1‑93 (MQ=255) gTTGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTg > 1:212653/1‑93 (MQ=255) ttGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTgg < 1:2508959/93‑1 (MQ=255) ttGTGGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTgg > 1:4568441/1‑93 (MQ=255) gtgGCTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGAc > 1:1210941/1‑93 (MQ=255) cTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGAcggcg > 2:3735429/1‑93 (MQ=255) cTATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGAcggcg < 2:4321221/93‑1 (MQ=255) tATGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGAcggcgg < 2:2791166/93‑1 (MQ=255) aTGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTCGGCGACggt > 2:4516108/1‑93 (MQ=255) tGGTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCggtg > 1:1435553/1‑93 (MQ=255) ggTCGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCggtgg < 2:2223877/93‑1 (MQ=255) | ATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGG > NC_000913/1836196‑1836373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |