| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,995,916 | T→C | Y196C (TAC→TGC) | yecS ← | putative transport system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,995,916 | 0 | T | C | 99.1% | 365.4 / ‑4.6 | 116 | Y196C (TAC→TGC) | yecS | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (73/42); total (74/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AATGGCACTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGTAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGCACCTGG > NC_000913/1995826‑1996005 | aaTGGCACTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCcagcag > 1:513176/1‑93 (MQ=255) aTGGCACTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGa > 2:3733237/1‑93 (MQ=255) ggCACTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATg < 2:1152257/93‑1 (MQ=255) cACTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAg > 2:123947/1‑93 (MQ=255) cACTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAg < 2:3080549/93‑1 (MQ=255) aCTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGc > 2:3903263/1‑93 (MQ=255) aCTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGc > 1:1125315/1‑93 (MQ=255) tCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGa > 2:4380365/1‑93 (MQ=255) tCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGa < 2:720838/93‑1 (MQ=255) cATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGaa < 2:1859735/93‑1 (MQ=255) cATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGaa < 2:1594449/93‑1 (MQ=255) aTTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGaac > 1:295124/1‑92 (MQ=255) ttttGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAgc > 1:1450026/1‑93 (MQ=255) ttttGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAgc > 2:4585814/1‑93 (MQ=255) 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tctctctcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGa < 2:2594634/93‑1 (MQ=255) tctctctcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGa < 1:456341/93‑1 (MQ=255) ctctctcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGAt > 2:2764016/1‑93 (MQ=255) tctctcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATa > 1:114310/1‑93 (MQ=255) tctcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACa > 1:2500674/1‑93 (MQ=255) ctcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACAt > 1:4598568/1‑93 (MQ=255) tcCTGGCTAGTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGGCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATg < 1:3853132/93‑1 (MQ=255) tcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATg < 1:2033667/93‑1 (MQ=255) tcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATg > 1:3689958/1‑93 (MQ=255) tcCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATg > 1:3314296/1‑93 (MQ=255) cTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATggc > 2:1033803/1‑92 (MQ=255) cTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGt > 1:4484107/1‑93 (MQ=255) tGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTg > 1:3460257/1‑93 (MQ=255) tGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTg > 2:1816889/1‑93 (MQ=255) tGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTg > 2:1746082/1‑93 (MQ=255) cGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAac < 2:455878/93‑1 (MQ=255) gATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAaca < 1:4359158/93‑1 (MQ=255) gATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAaca > 1:1669373/1‑93 (MQ=255) gATTAAGGTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAaca > 2:3804248/1‑93 (MQ=255) tAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCt < 1:1868246/93‑1 (MQ=255) tAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCt < 1:894197/93‑1 (MQ=255) aaGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTc > 2:1985092/1‑93 (MQ=255) aaGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTc > 1:3071509/1‑93 (MQ=255) aaGTTGATTCTCAAAATGGATCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAAAACCTc > 2:1160741/1‑93 (MQ=255) aGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACcccc > 1:1284438/1‑93 (MQ=255) aGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTcc > 2:1572743/1‑93 (MQ=255) gTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCa > 1:279761/1‑93 (MQ=255) gTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCa > 1:1922609/1‑93 (MQ=255) gTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCa > 1:2243278/1‑93 (MQ=255) gTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCa > 2:2175660/1‑93 (MQ=255) ttGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAg > 2:4062086/1‑93 (MQ=255) aTTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCga > 1:2708236/1‑92 (MQ=255) 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aaaTGCTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAg < 1:2623628/93‑1 (MQ=255) aaTGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAgg > 1:4178777/1‑93 (MQ=255) aaTGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAgg > 2:1057427/1‑93 (MQ=255) aTGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGt > 2:2200234/1‑93 (MQ=255) tGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTa > 1:4243055/1‑93 (MQ=255) gTTCTGCAACGTCTATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAAt < 2:1470935/93‑1 (MQ=255) ttCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATc < 2:274800/93‑1 (MQ=255) cTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCaa > 2:159379/1‑93 (MQ=255) 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aGTCGCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAg > 2:2236434/1‑93 (MQ=255) gCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTcc < 1:1301861/93‑1 (MQ=255) gCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTcc < 2:3658756/93‑1 (MQ=255) gCCATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTcc < 1:1174248/93‑1 (MQ=255) ccATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACCCCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCg < 1:3673578/93‑1 (MQ=255) cATGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCgg > 2:3463019/1‑93 (MQ=255) aTGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGc > 2:2742154/1‑93 (MQ=255) tGATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGcc > 2:728276/1‑92 (MQ=255) gATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGCAc < 1:1487397/93‑1 (MQ=255) gATCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGCAc > 2:1717339/1‑93 (MQ=255) aTCCAGCAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGCAcc < 2:2343112/93‑1 (MQ=255) cagcagATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGCACCTgg > 1:963193/1‑93 (MQ=255) cagcagATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGCACCTgg < 1:605086/93‑1 (MQ=255) cagcagATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGGGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGCACCTgg > 1:377786/1‑93 (MQ=255) | AATGGCACTCATTTTGGTTCTCTCTCCTGGCGATTAAGTTGATTCTCAAAATGGTTCTGCAACGTCGATAACACAGTCGCCATGATCCAGTAGATGAGCGAAGCCGCCAGATACATGGTGAACACCTCCAGCGTACGCGAGGTAATCAACTGCGCCTGACGGAACAGCTCCGGCACCTGG > NC_000913/1995826‑1996005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |