Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 206,315 | T→C | V397A (GTC→GCC) | dnaE → | DNA polymerase III alpha subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 206,315 | 0 | T | C | 96.0% | 504.8 / 7.8 | 179 | V397A (GTC→GCC) | dnaE | DNA polymerase III alpha subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base C (77/93); total (81/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.93e-01 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GTTCACTGGTGGCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGTCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGTCGTGATGCGG > NC_000913/206225‑206404 | gTTCACTGGTGGCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGcct < 1:4097355/93‑1 (MQ=255) ttCACTGGTGGCCTACGCGCTGAAAATCTCCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGcctc > 1:1402554/1‑93 (MQ=255) ttCACTGGTGGCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGcctc > 1:3531830/1‑93 (MQ=255) cACTGGTGGCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCa < 2:3920907/93‑1 (MQ=255) cTGGTGGCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATg > 2:2539569/1‑93 (MQ=255) tggtggCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGc > 2:719788/1‑93 (MQ=255) tggtggCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGACTCCATGc > 1:452266/1‑93 (MQ=255) gtggCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCt < 2:4415145/93‑1 (MQ=255) ggCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGa < 2:4216704/93‑1 (MQ=255) gCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGAc < 1:1181998/93‑1 (MQ=255) gCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGACTCCATGCCTGAc > 2:3694538/1‑93 (MQ=255) tACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTc < 2:4511064/93‑1 (MQ=255) tACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTc < 2:3824704/93‑1 (MQ=255) tACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTc > 2:3762742/1‑93 (MQ=255) tACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTc > 1:4452025/1‑93 (MQ=255) tACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTc > 2:3555751/1‑93 (MQ=255) tACGCGCTAAAAAACACCGGCCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTc < 1:801067/93‑1 (MQ=255) gcTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGt < 2:1166918/93‑1 (MQ=255) gcTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGt > 1:3320048/1‑93 (MQ=255) cTGAAAATCACCGCCCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGtt < 2:3350567/93‑1 (MQ=255) cTGAAAATCACCGACCTCGATCAGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGtt > 1:2507861/1‑93 (MQ=255) aaaCCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTTCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACt < 1:4271545/93‑1 (MQ=255) tCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCt > 1:2783502/1‑93 (MQ=255) cGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTAt < 2:2693769/93‑1 (MQ=255) gACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATg < 1:1056163/93‑1 (MQ=255) gACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATg < 1:1646227/93‑1 (MQ=255) aCCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGCCTTCTGTATgg > 1:3022263/1‑93 (MQ=255) aCCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATgg > 1:4397243/1‑93 (MQ=255) tCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGgaga > 1:3136338/1‑93 (MQ=255) tCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGgaga > 2:1398555/1‑93 (MQ=255) cGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGaa < 1:2991667/93‑1 (MQ=255) cGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGaa > 2:2001603/1‑93 (MQ=255) gATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGaaa < 2:1385235/93‑1 (MQ=255) tCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAAcg > 1:3862218/1‑93 (MQ=255) tCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAAcg > 1:2259701/1‑93 (MQ=255) ccGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGTCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAAcgc > 2:2251877/1‑93 (MQ=255) ccGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAAcgc < 1:2395329/93‑1 (MQ=255) ccGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAAcgc < 2:133732/93‑1 (MQ=255) gCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGa > 1:2347562/1‑93 (MQ=255) gCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGa < 2:3269327/93‑1 (MQ=255) cTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGAt > 2:569372/1‑93 (MQ=255) cTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTACTGTATGGAGTAACGCGAt < 2:4545039/93‑1 (MQ=255) tGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATc > 2:1762303/1‑93 (MQ=255) tGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATc > 1:3362582/1‑93 (MQ=255) ggAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCa < 2:1740076/93‑1 (MQ=255) ggAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCa < 1:4169546/93‑1 (MQ=255) ggAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCa < 1:1357112/93‑1 (MQ=255) gAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAg < 2:230972/93‑1 (MQ=255) aaTTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAgg > 1:3249645/1‑93 (MQ=255) aTTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGt < 2:1966567/93‑1 (MQ=255) aTTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGt > 2:977471/1‑93 (MQ=255) tttGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGtt > 1:2856461/1‑93 (MQ=255) tttGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTACTGTATGGAGAAACGCGATCAGGtt < 1:403316/93‑1 (MQ=255) ttGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTa < 2:1783689/93‑1 (MQ=255) tGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTAt < 1:2599932/93‑1 (MQ=255) tGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTAt < 2:2511176/93‑1 (MQ=255) gACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATc > 1:1123068/1‑93 (MQ=255) gACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATc < 2:3197856/93‑1 (MQ=255) gccTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCg < 1:4356213/92‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGa < 2:905385/93‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGGTATCGa > 2:4383431/1‑93 (MQ=255) gtgctgTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAATCTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTATGTATGGAGAAACGTGATCAGGTTATTGAg > 2:2738096/2‑93 (MQ=255) ctgctgTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGGAACGCGATCAGGTTATCGAg > 2:2852877/1‑93 (MQ=255) ctgctgTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAg > 2:3863909/1‑93 (MQ=255) tgctgTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGc > 1:1702705/1‑93 (MQ=255) tgctgTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGc < 1:507161/93‑1 (MQ=255) tgctgTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGc < 1:3810923/93‑1 (MQ=255) gctgTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCa < 2:3144410/93‑1 (MQ=255) tgTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACg > 1:2166283/1‑93 (MQ=255) gTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGTCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGt < 1:1556161/93‑1 (MQ=255) gTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGt > 2:2592455/1‑93 (MQ=255) gTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGt > 2:4311582/1‑93 (MQ=255) ttCGAACGTTTCCTTAACCCGTAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTa > 2:1465985/1‑93 (MQ=255) ttCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGTCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTa < 1:3958480/93‑1 (MQ=255) ttCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTa < 2:1033046/93‑1 (MQ=255) tCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGTCTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAg < 1:3725152/93‑1 (MQ=255) cGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGc < 2:1249072/93‑1 (MQ=255) cGAACGTGTCCTTAACCCGGAACTTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGc < 1:2739848/93‑1 (MQ=255) 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tttCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACAt < 1:1468209/93‑1 (MQ=255) tttCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACAt > 2:264374/1‑93 (MQ=255) ttCCTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATg < 2:1916017/93‑1 (MQ=255) ccTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTa < 1:857314/93‑1 (MQ=255) cTTAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTAc > 2:1566655/1‑93 (MQ=255) ttAACCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACg < 1:3567765/93‑1 (MQ=255) aaCCCGGAACGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGt < 1:3395397/93‑1 (MQ=255) aaCCCGGAACGTCCCTCCATGCCTGACTCCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGt < 1:1440459/93‑1 (MQ=255) gaCGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGTCGTGATg < 1:3099364/92‑1 (MQ=255) aaCGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTATGGTCGTGATg < 1:848001/93‑1 (MQ=255) aCGTGCCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGTCGTGATGc < 1:456781/93‑1 (MQ=255) gtgcCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGTCGTGATGCgg > 2:4034245/1‑93 (MQ=255) gtgcCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGTCGTGATGCgg < 2:2048029/93‑1 (MQ=255) gtgcCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGTCGTGATGCgg < 1:3991286/93‑1 (MQ=255) | GTTCACTGGTGGCCTACGCGCTGAAAATCACCGACCTCGATCCGCTGGAATTTGACCTGCTGTTCGAACGTTTCCTTAACCCGGAACGTGTCTCCATGCCTGACTTCGACGTTGACTTCTGTATGGAGAAACGCGATCAGGTTATCGAGCACGTAGCGGACATGTACGGTCGTGATGCGG > NC_000913/206225‑206404 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |