| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,804,653 | T→C | V208A (GTG→GCG) | proW → | high‑affinity transport system for glycine betaine and proline |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,804,653 | 0 | T | C | 99.3% | 451.5 / ‑4.7 | 148 | V208A (GTG→GCG) | proW | high‑affinity transport system for glycine betaine and proline |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (67/80); total (67/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
AAATTATTCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGTGCCGGGCGTGGTGGTGACGATCATCTTTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGA > NC_000913/2804563‑2804742 | aaaTTATTCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACgcgc > 1:1609163/1‑93 (MQ=255) aaTTATTCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGcc > 2:3373930/1‑93 (MQ=255) ttattCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCgg < 2:1606693/93‑1 (MQ=255) attCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGc < 1:2234755/93‑1 (MQ=255) ttCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCg > 2:2380277/1‑93 (MQ=255) tCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGCGCCGGGCgt < 2:56038/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |