| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,316,595 | (C)6→5 | coding (1218/1362 nt) | trpC ← | N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase and indole‑3‑glycerolphosphate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,316,590 | 0 | C | . | 96.5% | 483.9 / 7.1 | 115 | coding (1223/1362 nt) | trpC | N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase and indole‑3‑glycerolphosphate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base . (50/61); total (51/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTAA > NC_000913/1316499‑1316678 | tttGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCTGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcc > 1:476886/1‑93 (MQ=255)tttGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcc > 1:1437512/1‑93 (MQ=255) aTGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccccc > 1:3731045/1‑93 (MQ=255) gCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccccgcc < 1:2148977/93‑4 (MQ=255) gCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccccgcc > 2:809614/1‑90 (MQ=255) ccGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcag > 1:996741/1‑93 (MQ=255) ccGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcag > 1:4249454/1‑93 (MQ=255) ggTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcagca > 1:3203235/1‑93 (MQ=255) gTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcagcag > 2:746592/1‑93 (MQ=255) tGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGaa > 1:470967/1‑93 (MQ=255) cGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACg > 2:4151267/1‑93 (MQ=255) aCTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGtt < 2:1893523/93‑1 (MQ=255) ctctACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTg > 2:1289595/1‑93 (MQ=255) tctACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGc > 1:924329/1‑93 (MQ=255) 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aCAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCaa < 2:1642605/93‑1 (MQ=255) gcagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCg > 1:492067/1‑93 (MQ=255) gcagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCg < 2:2832777/93‑1 (MQ=255) cagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGa < 2:366745/93‑1 (MQ=255) cagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGa > 2:3238965/1‑93 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt < 2:1226085/93‑1 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt < 1:2404971/93‑1 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt > 1:2203889/1‑93 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGCTATCTGCGCCTCAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGACAAGCGaat > 1:2633149/1‑91 (MQ=255) aTTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGa < 2:1071366/93‑1 (MQ=255) aTTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGa < 2:306120/93‑1 (MQ=255) aaaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAt > 2:4586220/1‑93 (MQ=255) aaaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAt > 2:4559591/1‑93 (MQ=255) aTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTTCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCTCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAtt < 2:1874415/93‑1 (MQ=255) aTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAttt < 1:1639066/93‑1 (MQ=255) cAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTaa > 1:3263120/1‑93 (MQ=255) cAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTaa > 1:3263121/1‑93 (MQ=255) aaGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTaa < 2:3259998/93‑1 (MQ=255) aGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa > 1:4558853/1‑93 (MQ=255) aGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa > 1:3957178/1‑93 (MQ=255) gTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAg > 1:624963/1‑93 (MQ=255) cGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGa < 2:2563473/93‑1 (MQ=255) ggCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGAc > 1:1957069/1‑93 (MQ=255) cgcAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCa < 2:4733917/93‑1 (MQ=255) 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ggTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCaaaa > 1:178550/1‑93 (MQ=255) ggTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCaaaa < 1:1588092/93‑1 (MQ=255) ggTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCaaaa < 2:415530/93‑1 (MQ=255) gTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCaaaag > 1:3602216/1‑92 (MQ=255) gTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAAc > 2:2091621/1‑93 (MQ=255) ttGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGt < 2:3000025/93‑1 (MQ=255) tgtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGtt < 2:532321/93‑1 (MQ=255) tgtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGtt < 2:769214/93‑1 (MQ=255) tgtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGtt < 1:1634324/93‑1 (MQ=255) tgtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGtt > 2:2792825/1‑93 (MQ=255) gtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTg > 2:4673385/1‑93 (MQ=255) gtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTg < 2:1244289/93‑1 (MQ=255) gtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTg > 1:1090371/1‑93 (MQ=255) tgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGc < 2:2781509/93‑1 (MQ=255) ccGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGccc < 1:2772622/93‑1 (MQ=255) cGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCg > 2:283165/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |