| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,072,384 | (C)6→5 | coding (2824/3120 nt) | b2000 → | outer membrane fluffing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,072,379 | 0 | C | . | 97.1% | 439.8 / 4.0 | 103 | coding (2819/3120 nt) | b2000 | outer membrane fluffing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base . (49/51); total (50/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCC > NC_000913/2072288‑2072467 | cGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGcccc > 1:4330156/1‑93 (MQ=255) gggCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGccccc < 1:3821527/93‑1 (MQ=255) gggCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGccccc > 2:502609/1‑93 (MQ=255) gggCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGccccc < 1:2173420/93‑1 (MQ=255) gCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCt < 1:4703125/93‑1 (MQ=255) cATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGccccctgc > 2:4455707/1‑90 (MQ=255) cATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGccccctgc < 2:447093/93‑4 (MQ=255) tGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGTCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGt > 2:2067028/1‑93 (MQ=255) gCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGa > 1:1049411/1‑93 (MQ=255) gCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGa > 1:590731/1‑93 (MQ=255) gCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGa < 1:1323418/93‑1 (MQ=255) gaGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGAc < 1:23052/92‑1 (MQ=255) cAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGAc < 1:2003453/93‑1 (MQ=255) aGTGCACAACATATGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACa < 1:2316706/93‑1 (MQ=255) 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gtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAgtgt < 1:2072622/93‑1 (MQ=255) gtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAgtgt < 2:4546310/93‑1 (MQ=255) gtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAgtgt > 1:3000202/1‑93 (MQ=255) tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGtgtg > 1:2232424/1‑93 (MQ=255) tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGcgtg < 1:2685759/93‑1 (MQ=255) gcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtga < 2:3679266/93‑1 (MQ=255) ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgag < 1:3086212/93‑1 (MQ=255) ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgag < 1:2087410/93‑1 (MQ=255) cGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagt > 1:70339/1‑93 (MQ=255) gTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagtga > 1:3773445/1‑93 (MQ=255) gTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTCGCGAAGGCACCTAATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAAAACAGTgtaagtg > 1:163245/1‑93 (MQ=255) ttgccGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGaa < 1:1180447/90‑1 (MQ=255) tCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAtt > 1:2370958/1‑93 (MQ=255) tCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAtt > 1:4273411/1‑93 (MQ=255) ccGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTa < 1:2328834/93‑1 (MQ=255) ccGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTa > 2:441309/1‑93 (MQ=255) cGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTAc < 2:2711141/93‑1 (MQ=255) cGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTAc > 1:400051/1‑93 (MQ=255) tCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCg > 1:1175924/1‑93 (MQ=255) tCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCg < 1:1305825/93‑1 (MQ=255) cTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCgg < 2:1835360/93‑1 (MQ=255) tGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGt < 1:777157/93‑1 (MQ=255) gggCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTg < 1:2248014/93‑1 (MQ=255) gCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGaa < 2:189689/93‑1 (MQ=255) gCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGaa < 2:1540984/93‑1 (MQ=255) catccACAACTATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAAc < 1:226208/90‑1 (MQ=255) cAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAAc < 2:67984/93‑1 (MQ=255) aGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACt > 2:2652431/1‑93 (MQ=255) aGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACt < 2:1993540/93‑1 (MQ=255) gCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtg > 1:297707/1‑93 (MQ=255) cacaACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtggt > 1:1782083/1‑93 (MQ=255) acaACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtggtg > 2:3323337/1‑93 (MQ=255) 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tatGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTagag > 2:881291/1‑93 (MQ=255) tatGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAg > 2:1482860/1‑93 (MQ=255) tatGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTAGTGGGTACAg < 1:3706193/93‑1 (MQ=255) atGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGc > 2:336069/1‑93 (MQ=255) atGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGc > 2:336068/1‑93 (MQ=255) tGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGcc > 1:599323/1‑93 (MQ=255) gACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCt > 1:875357/1‑93 (MQ=255) gACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCt < 2:61273/93‑1 (MQ=255) 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aTCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGc < 2:2544494/93‑1 (MQ=255) tCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCt > 1:3877953/1‑93 (MQ=255) tCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCt > 1:4648436/1‑93 (MQ=255) tCCCGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCt > 2:2672855/1‑93 (MQ=255) cccGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTc > 1:2880375/1‑93 (MQ=255) ccGTG‑CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTcc < 2:1713694/93‑1 (MQ=255) | TTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCC > NC_000913/2072288‑2072467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |