| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,311,335 | (T)5→4 | intergenic (‑566/‑173) | ompC ← / → yojN | outer membrane protein 1b (Ib;c)/putative 2‑component sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,311,331 | 0 | T | . | 98.6% | 936.3 / 6.3 | 212 | intergenic (‑562/‑177) | ompC/yojN | outer membrane protein 1b (Ib;c)/putative 2‑component sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base . (76/130); total (79/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
AAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAAT‑CTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCTTTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAGAGAA > NC_000913/2311239‑2311418 | aaaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAAT‑CTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCt < 1:4737947/93‑1 (MQ=255)aaaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAAT‑CTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCt > 2:1690950/1‑93 (MQ=255) aaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAAT‑CTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCtt > 1:3117688/1‑93 (MQ=255) aaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAAT‑CTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCtt > 1:4166940/1‑93 (MQ=255) aaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAAT‑CTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCtt > 2:1607801/1‑93 (MQ=255) aaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAAT‑CTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttt > 1:4219041/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |