| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,099,309 | (G)7→8 | coding (48/993 nt) | kdgT → | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 1 | . | G | 95.7% | 289.7 / 5.3 | 94 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base G (45/45); total (48/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCA > NC_000913/4099211‑4099391 | cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑g < 2:2604752/93‑1 (MQ=255) tGATGCTCCGTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGGTCGATTGAGAAACTCCC‑‑gg > 2:1155079/1‑93 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gg < 1:3363527/93‑1 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gg < 2:3233421/93‑1 (MQ=255) gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg > 2:116097/1‑93 (MQ=255) gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg > 2:1472027/1‑93 (MQ=255) gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg < 1:2935277/93‑1 (MQ=255) gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg > 2:2535255/1‑93 (MQ=255) aTGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gggg > 1:3548501/1‑93 (MQ=255) aTGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gggg < 2:395639/93‑1 (MQ=255) aTGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gggg < 2:818511/93‑1 (MQ=255) tCCATTGAGGTATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gggggggg > 2:2798525/1‑92 (MQ=255) tCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGACGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gggggggg > 1:388480/1‑92 (MQ=255) cccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTAAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gggggggg < 2:1995320/92‑2 (MQ=255) ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggcggggga > 2:3027426/1‑91 (MQ=255) cATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCc‑‑gggcggggag > 1:2288967/1‑90 (MQ=255) cATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggggggggat < 1:503382/93‑4 (MQ=255) cATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggggggggat > 2:2959407/1‑90 (MQ=255) cATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggggggggag > 2:3915990/1‑90 (MQ=255) aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAACCGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggggggggatg > 1:1350333/1‑89 (MQ=255) aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggggggggatg > 1:1350332/1‑89 (MQ=255) aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggggggggatg < 1:3701431/93‑5 (MQ=255) aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggggggggatg > 2:289897/1‑89 (MQ=255) aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggggggggatg > 1:1350334/1‑89 (MQ=255) gAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGatgatg > 2:2104501/1‑93 (MQ=255) ggAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCt > 2:4252545/1‑93 (MQ=255) ggAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCt > 1:790525/1‑93 (MQ=255) aTTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGGTGATGCTCGt > 1:3383132/1‑93 (MQ=255) ttACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGAGGCTCGTc > 1:924335/1‑93 (MQ=255) ttACACATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATCCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTc < 2:3141502/93‑1 (MQ=255) aCGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTccc < 2:3666909/93‑1 (MQ=255) gCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAGTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGc < 1:4006189/93‑1 (MQ=255) gCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGGATGATGCTCGTcccc > 1:1286988/1‑92 (MQ=255) gCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGc < 2:848805/93‑1 (MQ=255) aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGGGTGATGGTCGTCCCGCt > 1:1052925/1‑93 (MQ=255) gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 2:2073492/1‑93 (MQ=255) ccTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCtt > 1:3569587/1‑93 (MQ=255) ccTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCtt > 1:89959/1‑93 (MQ=255) cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg > 1:696436/1‑93 (MQ=255) ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTgg > 1:1000868/1‑93 (MQ=255) ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTgg > 1:3002399/1‑93 (MQ=255) aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc > 1:3130574/1‑93 (MQ=255) atGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtgt < 1:347960/93‑1 (MQ=255) tGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtgtg < 1:470979/93‑1 (MQ=255) aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcaca > 2:1441856/1‑93 (MQ=255) aCAGGGGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGTCAAAGCTCGTCCCGCTGTTCCTTCGCGCACTGTGCCccac > 2:4075996/1‑93 (MQ=255) cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCacac < 2:4039564/93‑1 (MQ=255) cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCacac > 1:24670/1‑93 (MQ=255) aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGTGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAcc < 1:4583236/93‑1 (MQ=255) aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAcc > 2:778002/1‑93 (MQ=255) ggTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCCCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCt < 2:508969/93‑1 (MQ=255) tGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtc < 1:2298085/93‑1 (MQ=255) tGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtc < 1:2298086/93‑1 (MQ=255) gATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtcc > 1:633786/1‑92 (MQ=255) 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aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCgggg > 2:808734/1‑93 (MQ=255) aTGCAAATAAAACCCTCGATTGAAAAAACCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCggg < 2:3482284/93‑1 (MQ=255) agCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCgggg < 1:4365634/92‑1 (MQ=255) tcAGATAAAACGCTCTATTGAGAAAAGCCCG‑GGGGGGGATTATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCggggg < 2:1578387/92‑1 (MQ=255) gCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCggggg < 1:2352793/93‑1 (MQ=255) cAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGc < 2:3919654/93‑1 (MQ=255) cAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGc > 2:832130/1‑93 (MQ=255) aGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCg > 2:2997419/1‑93 (MQ=255) 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aaaaTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAtt < 2:772639/93‑1 (MQ=255) aaaaTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAtt < 2:503287/93‑1 (MQ=255) aaTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCa < 1:1439048/93‑1 (MQ=255) aaTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCCCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAAAATTTTGGatcaatca > 2:2381517/1‑93 (MQ=255) aTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAc < 2:2397788/93‑1 (MQ=255) aTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAc > 1:1630696/1‑93 (MQ=255) | CTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCA > NC_000913/4099211‑4099391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |