| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,174,548 | (G)5→6 | intergenic (‑160/‑102) | ycfT ← / → ycfU | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,174,543 | 1 | . | G | 94.4% | 388.3 / 15.2 | 126 | intergenic (‑155/‑107) | ycfT/ycfU | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/5); new base G (53/66); total (55/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TAATGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑GGGGGCTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCAGACGTTTACCCATCTTGCTTTCGCTTATATACTCGTGTCTTTGCTA > NC_000913/1174451‑1174630 | tAATGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGGGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAc < 2:4244686/93‑1 (MQ=255)tAATGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAc > 2:3492442/1‑93 (MQ=255)tAATGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAc < 1:1748375/93‑1 (MQ=255) aaTGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑g < 1:3472481/93‑1 (MQ=255) aaTGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑g < 1:4435541/93‑1 (MQ=255) aTGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑gg > 1:3174936/1‑93 (MQ=255) aTGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑gg > 1:3174935/1‑93 (MQ=255) tGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑ggg < 1:3619353/93‑1 (MQ=255) ggTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGACTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTGAC‑ggggg > 1:4196490/1‑93 (MQ=255) gTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑gggggg > 2:651587/1‑92 (MQ=255) aTCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGTCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑ggggggct < 1:1100505/93‑4 (MQ=255) aTCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑ggggggct < 2:47568/93‑4 (MQ=255) tgtctgtATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTACGGGGGGCtttt > 2:1787649/1‑93 (MQ=255) tgtctgtATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTACGGGGGGCtttt < 1:3272187/93‑1 (MQ=255) 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attgattTACGGGGGGCTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCAGACGTTTACCCATCTTGCTTTCGCTTATATACTCGTGTCtt > 1:2405022/1‑93 (MQ=255) attgattTACGGGGGGCTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCAGACGTTTACCCATCTTGCTTTCGCTTATATACTCGTGTCtt > 2:4161892/1‑93 (MQ=255) attgattTACGGGGGGCTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCAGACGTTTACCCATCTTGCTTTCGCTTATATACTCGTGTCtt > 2:637995/1‑93 (MQ=255) ttgattTACGGGGGGCTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCAGACGTTTACCCATCTTGCTTTCGCTTATATACTCGTGTCttt < 2:1068488/93‑1 (MQ=255) gattTACGGGGGGCTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCAGACGTTTACCCATCTTGCTTTCGCTTATATACTCGTGTCTTTGc > 2:11451/1‑93 (MQ=255) attTACGGGGGGCTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCAGACGTTTACCCATCTTGCTTTCGCTTATATACTCGTGTCTTTGCt < 2:1740263/93‑1 (MQ=255) | TAATGGGTATCTGTCTGTATTGGATGATTTTTCAGATTAAGATCAGGCGGCAAGATTGATGATAAAACATGGCAATTTAGCCGATTGATTTAC‑GGGGGCTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCAGACGTTTACCCATCTTGCTTTCGCTTATATACTCGTGTCTTTGCTA > NC_000913/1174451‑1174630 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |