| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,152,247 | +C | intergenic (+10/+29) | yghB → / ← yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,152,244 | 1 | . | C | 99.4% | 545.3 / ‑4.1 | 165 | intergenic (+7/+32) | yghB/yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (100/64); total (100/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑T‑CCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAA > NC_000913/3152152‑3152332 | tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAttt‑t > 1:254649/1‑93 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTt‑t‑c < 1:1384985/93‑1 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTt‑t‑c < 2:3306351/93‑1 (MQ=255) atgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTt‑t‑cc > 1:2802642/1‑93 (MQ=255) atgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTt‑t‑cc < 2:3797473/93‑1 (MQ=255) atgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCACTGGCTTGTTAGGAACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCGACCGATTt‑t‑cc > 1:1953257/1‑93 (MQ=255) tgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTt‑t‑ccc < 2:693683/93‑1 (MQ=255) tCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTt‑t‑tccagt > 2:3800272/1‑90 (MQ=255) gccTGCTTATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAATGCCTGATGATTt‑t‑ccccgt > 2:4225861/2‑90 (MQ=255) ccTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAGGTTTt‑c‑cccc‑ttc > 1:1435873/1‑93 (MQ=255) tGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑tccccg‑ttcc > 1:1076674/1‑93 (MQ=255) gCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑tccccg‑ttccc > 1:2491702/1‑93 (MQ=255) cAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCgg < 2:1047572/93‑1 (MQ=255) aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGt > 2:1193311/1‑93 (MQ=255) ttGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTg > 1:686132/1‑93 (MQ=255) tccTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCt < 2:2032675/92‑1 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCTCGGTTGCt > 1:102280/1‑93 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCt > 2:3940688/1‑93 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCt > 2:2874475/1‑93 (MQ=255) ccTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGGTGCTg > 2:426973/1‑93 (MQ=255) ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTa > 2:786026/1‑93 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTAc > 1:3626024/1‑93 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTAc < 1:3693162/93‑1 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTAc > 1:4463955/1‑93 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGCTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGTCGGTTT‑T‑CCCGCTTCGCGGTTGCTGTAc > 2:583565/1‑93 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCg < 2:2613792/93‑1 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCgg < 2:392307/93‑1 (MQ=255) aaCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCggg < 2:4746260/93‑1 (MQ=255) aCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGa < 2:4487110/93‑1 (MQ=255) aCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑CTCCCGGTTGCTGTACCGGGa > 1:3528095/1‑93 (MQ=255) ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGaa < 2:2974649/93‑1 (MQ=255) ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGaa > 1:4617930/1‑93 (MQ=255) ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGaa < 2:3556445/93‑1 (MQ=255) cGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc > 2:3094577/1‑93 (MQ=255) cTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGt > 1:509108/1‑93 (MQ=255) cTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGGTGCTGTACCGGGGACGt > 1:4239882/1‑93 (MQ=255) tGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTa > 2:2940130/1‑93 (MQ=255) tGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTa > 1:822256/1‑93 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt < 1:98300/93‑1 (MQ=255) gCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGGTGCTGTACCGGGAACGTAtt > 2:2047232/1‑93 (MQ=255) ttGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTa > 1:3259571/1‑93 (MQ=255) ttGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTa > 1:625479/1‑93 (MQ=255) tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTaa < 1:3087191/93‑1 (MQ=255) gTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAAt < 1:2008092/93‑1 (MQ=255) gtAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAAtt < 1:1535755/92‑1 (MQ=255) gCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTcccc < 1:864688/93‑1 (MQ=255) 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tGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATc < 2:3126991/93‑1 (MQ=255) tGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATc > 2:740333/1‑93 (MQ=255) tttGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGc > 1:1550644/1‑93 (MQ=255) tttGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGc > 1:2654296/1‑93 (MQ=255) tttGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGc > 2:162551/1‑93 (MQ=255) gtggtgATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCg > 1:3565481/1‑93 (MQ=255) gtgATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCAt < 1:396752/93‑1 (MQ=255) gtgATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCAt < 1:2946685/93‑1 (MQ=255) 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gCCTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGt > 1:3293315/1‑93 (MQ=255) cTGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTca > 1:4560796/1‑93 (MQ=255) tGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTcac > 1:4435582/1‑93 (MQ=255) tGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTcac > 2:4616382/1‑93 (MQ=255) tGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTcac > 2:609419/1‑93 (MQ=255) tGACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTcac > 1:752612/1‑93 (MQ=255) gACGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGCACGTATTTAATTCACCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCCGCGTcaca > 1:2301446/1‑93 (MQ=255) aCGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCacac > 1:1292172/1‑93 (MQ=255) gatttt‑c‑CCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCg < 2:3967808/90‑1 (MQ=255) cGATTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACAcc < 1:1181428/93‑1 (MQ=255) atttt‑c‑CCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGa < 2:1832435/91‑1 (MQ=255) tttt‑c‑CCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGaa < 2:3690886/92‑1 (MQ=255) aTTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGa > 1:3071449/1‑93 (MQ=255) aTTT‑TCCCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGa > 1:4347594/1‑93 (MQ=255) | TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTT‑T‑CCCG‑TTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAA > NC_000913/3152152‑3152332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |