| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,915,661 | T→C | Y78C (TAC→TGC) | atpG ← | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, gamma‑subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,915,661 | 0 | T | C | 98.4% | 574.7 / ‑1.5 | 187 | Y78C (TAC→TGC) | atpG | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, gamma‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (108/74); total (109/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > NC_000913/3915574‑3915750 | gTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGGTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGccc > 2:4618979/1‑93 (MQ=255) tCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCa < 2:876701/93‑1 (MQ=255) tCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCa > 1:4339403/1‑93 (MQ=255) ccAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAc < 1:3493164/93‑1 (MQ=255) cAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcg < 1:2581461/93‑1 (MQ=255) aGGTCTTCATTTCCGCCAGCCGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcgc > 2:4572270/1‑93 (MQ=255) ggTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcgcg > 1:468660/1‑93 (MQ=255) ggTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcgcg > 1:3040260/1‑93 (MQ=255) ggTCTTCATTTCCGCCAGCAGGTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACCCCACCAGGCAGCCCAcgcg < 2:1355137/93‑1 (MQ=255) tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt > 2:913443/1‑93 (MQ=255) tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt < 1:3925094/93‑1 (MQ=255) tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGCTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt > 1:1704021/1‑93 (MQ=255) ttCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTa > 2:1135874/1‑93 (MQ=255) tCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTaa > 1:1009037/1‑93 (MQ=255) cATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAAc < 2:1292438/93‑1 (MQ=255) cATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAAc < 1:79001/93‑1 (MQ=255) tttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGt > 1:3002607/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTc < 2:51994/93‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTc < 2:4692199/93‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTc > 2:2733454/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTc < 1:2818892/93‑1 (MQ=255) tCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcg > 2:1507516/1‑93 (MQ=255) cGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgcg < 1:2361285/93‑1 (MQ=255) cGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgcg < 2:2170908/93‑1 (MQ=255) gCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCgg < 2:1278691/93‑1 (MQ=255) gCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCgg < 1:4253773/93‑1 (MQ=255) accAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAAAGATCAACCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAAAAAACCCACGCGTTTAACGTCGCgg < 2:4221472/92‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGt > 2:4083679/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGt < 1:4648851/93‑1 (MQ=255) cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 2:265488/1‑93 (MQ=255) cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 2:4712419/1‑93 (MQ=255) agcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCt > 1:1717487/1‑93 (MQ=255) agcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCt < 2:4179268/93‑1 (MQ=255) gcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCtt > 1:2454334/1‑93 (MQ=255) cagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTc < 1:3506335/93‑1 (MQ=255) cagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTc > 2:2884049/1‑93 (MQ=255) agTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTcc < 2:3930110/93‑1 (MQ=255) tttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAgg > 1:326492/1‑93 (MQ=255) tttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTAGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAgg > 2:3069507/1‑93 (MQ=255) ttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGt < 1:4310864/93‑1 (MQ=255) ttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGt > 2:1982421/1‑93 (MQ=255) ttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTaa > 1:3577741/1‑93 (MQ=255) ggTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTTCt > 2:1119208/1‑93 (MQ=255) ggTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCt < 2:2388609/93‑1 (MQ=255) ggTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCt > 2:1390578/1‑93 (MQ=255) ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACATCACCAGGCAGCCCACGCATTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta > 2:3939764/1‑93 (MQ=255) ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta < 2:2972134/93‑1 (MQ=255) ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta > 2:3281228/1‑93 (MQ=255) ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta > 1:4114447/1‑93 (MQ=255) ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta > 1:810176/1‑93 (MQ=255) aaTGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTtata < 2:242900/93‑1 (MQ=255) aaTGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTtata > 2:1199565/1‑93 (MQ=255) tGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATAtt > 1:1023532/1‑93 (MQ=255) tGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATAtt > 1:3060411/1‑93 (MQ=255) tGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATAtt > 1:2278450/1‑93 (MQ=255) ttCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTcc < 1:922317/93‑1 (MQ=255) ttCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTcc > 2:4378973/1‑93 (MQ=255) accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACGCCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAtt < 1:2664495/93‑1 (MQ=255) accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCATAtt > 2:2438962/1‑93 (MQ=255) accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAtt < 1:1559845/93‑1 (MQ=255) accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAtt > 2:3714281/1‑93 (MQ=255) accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAtt > 2:1642024/1‑93 (MQ=255) 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accaccAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTg < 2:3161656/93‑1 (MQ=255) ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc > 1:365528/1‑93 (MQ=255) ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc < 2:2693770/93‑1 (MQ=255) ccaacaGGCAGCCCCCGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCCGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAACAATCACttggg > 2:3673163/1‑90 (MQ=255) accaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgcgc > 2:3791493/1‑93 (MQ=255) accaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTACAAGGTGACCAATCACTTTgcgc > 1:430217/1‑93 (MQ=255) | GTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > NC_000913/3915574‑3915750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |