| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 55,791 | A→G | L440P (CTC→CCC) | imp ← | organic solvent tolerance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 55,791 | 0 | A | G | 99.4% | 496.6 / ‑4.7 | 154 | L440P (CTC→CCC) | imp | organic solvent tolerance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (84/68); total (84/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TTTCTGGAGTTATACCAGTCAAGATTGGTTTGCTGATAATGGGTTGCCAGCAACTTCGCTTCGGTATTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAA > NC_000913/55701‑55880 | tttCTGGAGTTATACCAGTCAAGATTGGTTTGCTGATAATGGGTTGCCAGCAACTTCGCTTCGGTATTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGGGc < 1:2448044/93‑1 (MQ=255)tttCTGGAGTTATACCAGTCAAGATTGGTTTGCTGATAATGGGTTGCCAGCAACTTCGCTTCGGTATTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGGGc > 2:2277027/1‑93 (MQ=255) ttCTGGAGTTATACCAGTCAAGATTGGTTTGCTGATAATGGGTTGCCAGCAACTTCGCTTCGGTATTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGGGCg < 2:4279124/93‑1 (MQ=255) ttCTGGAGTTATACCAGTCAAGATTGGTTTGCTGATAATGGGTTGCCAGCAACTTCGCTTCGGTATTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGGGCg < 2:4587204/93‑1 (MQ=255) ggAGTTATACCAGTCAAGATTGGTTTGCTGATAATGGGTTGCCAGCAACTTCGCTTCGGTATTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGGGCGGCaa > 1:327435/1‑93 (MQ=255) gAGTTATACCAGTCAAGATTGGTTTGCTGATAATGGGTTGCCAGCAACTTCGCTTCGGTATTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGGGCGGCaaa < 2:4019668/93‑1 (MQ=255) 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tattaGAGGGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGc > 2:1494083/1‑93 (MQ=255) ttaGAGGGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCg > 1:4522494/1‑93 (MQ=255) tgagagggCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCg < 2:2956220/91‑1 (MQ=255) agagggCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTa > 2:123623/1‑93 (MQ=255) agagggCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTa > 2:2375870/1‑93 (MQ=255) gagggCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaa > 1:575672/1‑93 (MQ=255) | TTTCTGGAGTTATACCAGTCAAGATTGGTTTGCTGATAATGGGTTGCCAGCAACTTCGCTTCGGTATTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAA > NC_000913/55701‑55880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |