| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 573,627 | T→C | intergenic (+65/‑77) | ybcQ → / → b4509 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 573,627 | 0 | T | C | 97.9% | 447.6 / ‑1.0 | 144 | intergenic (+65/‑77) | ybcQ/b4509 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (96/45); total (97/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTTAGAAGCAAGGTTGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAGGGAGCCACTTATATGTTGGGGAGGC > NC_000913/573538‑573716 | tatCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGCAat > 1:2109373/1‑93 (MQ=255)tatCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGCAat < 1:1896953/93‑1 (MQ=255) atCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACG‑CCCCAAAAATAAAGGGCAatat > 2:1534167/1‑93 (MQ=255) atCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATAAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGCAata < 1:3358472/93‑1 (MQ=255) cGTTGTTAACAACTCTAATTAATATGACAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGCAatata < 1:1098719/93‑1 (MQ=255) gttgttAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGCAatatat > 1:3601408/1‑93 (MQ=255) 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aaGGGCAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTTAGAAGCAAGGTTGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAGGGAGCCACTTATATGTTGGGGAg < 1:1229708/93‑1 (MQ=255) aGGGCAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTTAGAAGCAAGGTTGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAGGGAGCCACTTATATGTTGGGGAgg < 2:2974664/93‑1 (MQ=255) aGGGCAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTTAGAAGCAAGGATGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAGGGGGCCACTTATATGTTGgggggg > 1:3759818/1‑93 (MQ=255) gggCAATATATAACAGAAGGTTTTTATAGTTAGAAGCAAGGTTGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAGGGAGCCACTTATATGTTGGGGAGGc > 2:3511393/1‑93 (MQ=255) gggCAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTTAGAAGCAAGGTTGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAGGGAGCCACTTATATGTTGGGGGGGc > 1:391813/1‑93 (MQ=255) gggCAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTTAGAAGCAAGGTTGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAGGGAGCCACTTATATGTTGGGGAGGc > 2:3613210/1‑93 (MQ=255) | TATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTTAGAAGCAAGGTTGTGCTTCTAAAGGAAGTGGCTTGAGGGAGCCACTTATATGTTGGGGAGGC > NC_000913/573538‑573716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |