| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,394,260 | C→T | G206G (GGC→GGT) | amiB → | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,394,260 | 0 | C | T | 96.8% | 632.8 / 2.8 | 190 | G206G (GGC→GGT) | amiB | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/2); new base T (83/101); total (87/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
GGTAACGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTGCTCAATGACGATCCGATGTT > NC_000913/4394170‑4394349 | ggTAACGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGgtgc < 2:692278/93‑1 (MQ=255) gTAACGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCt > 2:1642424/1‑93 (MQ=255) tAACGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTa < 2:3854951/93‑1 (MQ=255) aCGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATc > 2:1398669/1‑93 (MQ=255) aCGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATc < 2:1171453/93‑1 (MQ=255) aCGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATc < 2:2661200/93‑1 (MQ=255) aCGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATc > 2:18657/1‑93 (MQ=255) aCGCGTCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATc > 1:3622752/1‑93 (MQ=255) ctCCGGCATCCCGCGCGCCGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGcc < 1:4163840/92‑1 (MQ=255) tCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGgcc > 2:47346/1‑93 (MQ=255) tCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGccc > 2:329482/1‑93 (MQ=255) tCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGccc < 1:248594/93‑1 (MQ=255) tCCGGCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGccc > 1:4063678/1‑93 (MQ=255) ggCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCgg > 2:540901/1‑93 (MQ=255) ggCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCgg < 2:1063048/93‑1 (MQ=255) ggCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCgg < 1:2267247/93‑1 (MQ=255) gCAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCggg > 1:464547/1‑92 (MQ=255) cAGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCggtg < 1:552554/93‑1 (MQ=255) aGCGCGCGCGACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCggtgg < 1:415835/93‑1 (MQ=255) cgcgcgcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGCGGTa > 2:2101771/1‑93 (MQ=255) gcgcgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGCGCTATCGGCCCCGGTGGTAcgc < 2:566854/93‑1 (MQ=255) cgACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCggg < 1:1548473/93‑1 (MQ=255) gACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGga > 1:4431485/1‑93 (MQ=255) gACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGga < 1:3078848/93‑1 (MQ=255) gACGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGga > 2:4410106/1‑93 (MQ=255) gACGGCTAACACTGGCGATAAAACTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGga < 2:2342442/93‑1 (MQ=255) cGGCTAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGTTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGgaga < 2:2464583/93‑1 (MQ=255) aaCACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAAt > 2:3530047/1‑93 (MQ=255) aaCACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAAt < 1:1668276/93‑1 (MQ=255) aaCACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAAt > 1:1618288/1‑93 (MQ=255) aaCACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAAt < 1:2353093/93‑1 (MQ=255) cacTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGt > 1:2573674/1‑93 (MQ=255) acTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTc > 2:2431440/1‑93 (MQ=255) acTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTc > 1:4711984/1‑93 (MQ=255) tGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAc > 1:141394/1‑93 (MQ=255) gCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAcca > 1:2104474/1‑93 (MQ=255) ggATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccat < 1:986067/92‑1 (MQ=255) cGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccat < 2:1550681/93‑1 (MQ=255) gATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatc > 1:2827905/1‑93 (MQ=255) gATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatc > 2:3625244/1‑93 (MQ=255) gATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatc < 2:3888761/93‑1 (MQ=255) gATAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatc > 1:1902533/1‑93 (MQ=255) tAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgc > 1:1274807/1‑93 (MQ=255) tAAAATTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGGGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgc > 1:4099569/1‑93 (MQ=255) aaaaTTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgcc > 1:2188391/1‑93 (MQ=255) aaaTTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgcca < 1:2355683/93‑1 (MQ=255) aaaTTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgcca < 1:1114084/93‑1 (MQ=255) aTTATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCAccatcgccatc < 2:823969/93‑1 (MQ=255) tATCATCGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACcatcgccatcgc < 1:1675366/93‑1 (MQ=255) tcatcGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATcgcgc < 2:3922997/93‑1 (MQ=255) catcGCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATcgcgcg < 1:1030411/93‑1 (MQ=255) gCTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTaaa > 1:3033832/1‑93 (MQ=255) cTATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAt < 2:1660093/93‑1 (MQ=255) tATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAtt > 1:3524193/1‑93 (MQ=255) tATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAtt < 1:2247957/93‑1 (MQ=255) tATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAtt > 1:3606333/1‑93 (MQ=255) tATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAtt > 1:3812363/1‑93 (MQ=255) tATTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAAtt > 2:4185148/1‑93 (MQ=255) aTTGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTg < 1:94770/93‑1 (MQ=255) ttGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGc < 1:1173270/93‑1 (MQ=255) tGATGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCg < 1:2869307/93‑1 (MQ=255) aTGCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTa < 2:2163977/93‑1 (MQ=255) gCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACt < 1:4165559/93‑1 (MQ=255) gCCGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACt < 2:3416758/93‑1 (MQ=255) ccGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACtt < 1:4601287/93‑1 (MQ=255) ccGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACtt < 2:3334971/93‑1 (MQ=255) ccGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACtt < 1:3336914/93‑1 (MQ=255) cGGACTCGCCGGTCAGGACCCTGGTGATATCGGCCCCGGGGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACttt < 1:1758923/93‑1 (MQ=255) cGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACttt < 2:3258413/93‑1 (MQ=255) cGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACttt < 2:2774219/93‑1 (MQ=255) cGGACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACttt < 1:2678809/93‑1 (MQ=255) gACACGGGGGTCAGGACCCTGGCGCTAGCGGCCCCGGTGGGACGCGGGAGAAAGATGTCACGATGGGCGTCTTGCGTAAATGGCTTACttggg > 2:3986853/1‑90 (MQ=255) gACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTGc < 2:3361599/93‑1 (MQ=255) gACACGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTGc > 2:3294983/1‑93 (MQ=255) gACACGGCAGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTGc < 2:2495492/93‑1 (MQ=255) gcacGGCGGTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTGCt < 2:3187055/92‑1 (MQ=255) cggcggTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTGCTCaa < 2:2440509/93‑1 (MQ=255) ggcggTCAGGACCCTGGTGCTATCGGCCCCGGTGGTACGCGGGAGAAAAATGTCACCATCGCCATCGCGCGTAAATTGCGTACTTTGCTCAAt < 2:3227150/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |