| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 752,007 | T→C | G4G (GGA→GGG) | ybgD ← | putative fimbrial‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 752,007 | 0 | T | C | 99.4% | 506.4 / ‑4.7 | 157 | G4G (GGA→GGG) | ybgD | putative fimbrial‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (57/99); total (57/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CTTAAAGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTT > NC_000913/751917‑752096 | ctgaaaGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGccc < 2:2365110/90‑1 (MQ=255)cTTAAAGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGccc > 2:3494820/1‑93 (MQ=255) ttAAAGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCt < 2:1442301/93‑1 (MQ=255) ttAAAGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCt > 1:3796043/1‑93 (MQ=255) aaaGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCttt > 1:2337250/1‑93 (MQ=255) gTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTaaa < 2:2768464/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |