Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 772,731 | A→G | Y156C (TAC→TGC) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase polypeptide subunit II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 772,731 | 0 | A | G | 99.3% | 451.0 / ‑4.6 | 138 | Y156C (TAC→TGC) | cydB | cytochrome d terminal oxidase polypeptide subunit II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (82/55); total (83/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCA > NC_000913/772640‑772819 | ggTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGtac < 2:3317579/93‑1 (MQ=255) gCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTaca < 2:2954408/93‑1 (MQ=255) gCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTaca > 2:2181991/1‑93 (MQ=255) cTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTacac < 1:767639/93‑1 (MQ=255) cTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTacac < 1:205865/93‑1 (MQ=255) gTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTGCCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGt < 1:4249925/93‑1 (MQ=255) gTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGt > 1:2349408/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTa > 2:191229/1‑93 (MQ=255) tCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTaa > 1:596235/1‑93 (MQ=255) tCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTaa > 2:3887616/1‑93 (MQ=255) tCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTaa > 1:596236/1‑93 (MQ=255) gccgcTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAActt > 1:2299728/1‑93 (MQ=255) gccgcTGGTAATGGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGGTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGGGCTACACCGGTAActt > 2:4158933/1‑93 (MQ=255) tGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTcc > 2:2075258/1‑93 (MQ=255) ggTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCa < 1:1277372/93‑1 (MQ=255) ggTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCa < 1:3545748/93‑1 (MQ=255) ggTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCa < 1:2135741/93‑1 (MQ=255) gTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAg > 1:1181567/1‑93 (MQ=255) gTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAg > 1:1677384/1‑93 (MQ=255) tAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGt > 1:3864438/1‑93 (MQ=255) tAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACAGGTAACTTCTTCCAGt > 1:1665548/1‑93 (MQ=255) tAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACAGGTAACTTCTTCCAGt > 1:1665547/1‑93 (MQ=255) aaTTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTAAACCGGTAACTTCTTCCAGtt > 2:465015/1‑93 (MQ=255) tGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCt < 1:2818097/93‑1 (MQ=255) ggTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCtt < 2:2119603/93‑1 (MQ=255) ggTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCtt < 1:3723819/93‑1 (MQ=255) gtgtAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTa > 1:605734/1‑93 (MQ=255) tgtAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTaa < 2:2751659/93‑1 (MQ=255) tgtAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTaa > 2:172567/1‑93 (MQ=255) tgtAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTaa > 1:3641479/1‑93 (MQ=255) tAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTGCCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAAcc > 1:853334/1‑93 (MQ=255) tAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAAcc > 1:3438521/1‑93 (MQ=255) tAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAAcc > 2:4449627/1‑93 (MQ=255) tAGCGTTCGGAAACCTGTTGCAGGGCGTACCGGTCAACGGTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTAGACCGGGAACTTCTTCCAGGTGCCTAAcc > 2:4538005/1‑93 (MQ=255) gTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGtt > 1:4409752/1‑93 (MQ=255) gTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGtt > 2:3782558/1‑93 (MQ=255) ttgcgTAACCTGTTGCAGGGTGTACCGGTCACCGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTCCACCGGTAGCTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc < 2:2713651/89‑1 (MQ=255) ttCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCGGTTGCTTAACCCGTTc > 1:380515/1‑93 (MQ=255) ttCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 2:2419715/1‑93 (MQ=255) ttCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 2:2419716/1‑93 (MQ=255) ggTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGc > 1:3247199/1‑93 (MQ=255) ggTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGc > 2:4621309/1‑93 (MQ=255) gTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGcc < 2:2762358/93‑1 (MQ=255) tAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct < 1:399882/93‑1 (MQ=255) tAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct > 1:354304/1‑93 (MQ=255) tAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct < 2:799014/93‑1 (MQ=255) 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cGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGGGCg > 2:1556871/1‑93 (MQ=255) cGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2546714/93‑1 (MQ=255) cGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg > 2:3274241/1‑93 (MQ=255) gTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGt > 2:3178453/1‑93 (MQ=255) ttCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGGGCGTa > 2:2231804/1‑93 (MQ=255) ttCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTa > 1:2914735/1‑93 (MQ=255) ttCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTa < 1:351626/93‑1 (MQ=255) ttCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTa < 2:153875/93‑1 (MQ=255) ttCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTa > 1:733841/1‑93 (MQ=255) aaCGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAggg < 1:4447668/93‑1 (MQ=255) aaCGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGGAggg > 2:4577340/1‑93 (MQ=255) aCGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGga < 2:3734590/93‑1 (MQ=255) cGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat > 1:3809182/1‑93 (MQ=255) cGTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat < 1:1515850/93‑1 (MQ=255) gTTGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatg > 2:1044215/1‑93 (MQ=255) ttGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatga > 2:3018196/1‑93 (MQ=255) ttGATGAATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatga < 1:3256381/93‑1 (MQ=255) tgatgaATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatgat < 1:4456249/93‑1 (MQ=255) gatgaATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATc < 1:156733/93‑1 (MQ=255) gaATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGTCGTGGTGTGCGTTGGGATGGTCAtt > 2:3723932/1‑93 (MQ=255) gaATATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCAtt > 1:662493/1‑93 (MQ=255) aaTATCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTa > 1:2011309/1‑93 (MQ=255) tatCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACt > 2:1923878/1‑93 (MQ=255) tatCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACt < 2:1787410/93‑1 (MQ=255) atCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTc < 2:4572724/93‑1 (MQ=255) tCTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCa < 1:876902/93‑1 (MQ=255) cggCGTCTGTGCTACGCCGGTACCTTCTTCCAGTTTCTTATCCCTTTCGGCCTGCTTGCAGGGGTGGTGAGCGTAGGGATGAGCATTACTCAg < 2:1221320/91‑1 (MQ=255) cTGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAg < 1:2871207/93‑1 (MQ=255) tGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAgg < 2:2361964/93‑1 (MQ=255) tGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAgg > 1:768686/1‑93 (MQ=255) tGCGTCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGGAGGGATGATCAATACTCAgg > 1:1850790/1‑93 (MQ=255) tCTGTGCTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGgcgc < 2:2525752/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |