| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,050,477 | A→G | intergenic (‑79/‑207) | cspH ← / → cspG | cold shock‑like protein/CspG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,050,477 | 0 | A | G | 99.4% | 549.2 / ‑4.9 | 171 | intergenic (‑79/‑207) | cspH/cspG | cold shock‑like protein/CspG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (91/79); total (91/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACT > NC_000913/1050387‑1050566 | tttACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCg < 1:1535188/93‑1 (MQ=255)tttACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCg > 1:1579347/1‑93 (MQ=255) ttACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTCTACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCgg > 1:1902494/1‑93 (MQ=255) tACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGc < 2:4139688/93‑1 (MQ=255) aCGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCt < 1:3809479/93‑1 (MQ=255) gggACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaa > 2:837162/1‑93 (MQ=255) gggACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaa < 2:411372/93‑1 (MQ=255) ggACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaa < 1:3911456/93‑1 (MQ=255) ggACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaa > 1:808445/1‑93 (MQ=255) gACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaa < 2:1420354/93‑1 (MQ=255) gACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaa < 2:3977861/93‑1 (MQ=255) caaacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaata > 2:3148981/1‑93 (MQ=255) caaacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaata < 2:440390/93‑1 (MQ=255) caaacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaata > 2:2663077/1‑93 (MQ=255) aaaacaaaTTCCTTACTGAAAATGCTGCGCTGCACTATACGGGTTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaata < 2:2194582/92‑1 (MQ=255) aaacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataa > 2:3602188/1‑93 (MQ=255) aacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaa > 2:4231132/1‑93 (MQ=255) acaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaaa < 2:709788/93‑1 (MQ=255) caaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTaaaataaaat > 2:3664208/1‑93 (MQ=255) aaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAAtt > 1:1425519/1‑93 (MQ=255) aaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAAttt < 1:604919/93‑1 (MQ=255) ttCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGc > 1:3261127/1‑93 (MQ=255) ttCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGc < 2:1181569/93‑1 (MQ=255) ttCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGc > 1:1531704/1‑93 (MQ=255) tCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCt < 1:60279/93‑1 (MQ=255) tCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCt < 2:3359292/93‑1 (MQ=255) ccTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCtt < 1:4394411/93‑1 (MQ=255) cTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATACAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTa > 1:1146766/1‑93 (MQ=255) ttACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTaa > 2:2957469/1‑93 (MQ=255) ttACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTaa > 2:1991248/1‑93 (MQ=255) tACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAt > 2:2902257/1‑93 (MQ=255) aCTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtc < 1:4674260/93‑1 (MQ=255) tGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtctc < 2:2897887/93‑1 (MQ=255) tGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtctc > 2:2129083/1‑93 (MQ=255) aaaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAAt > 2:4186013/1‑93 (MQ=255) tACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTAt > 1:4377500/1‑93 (MQ=255) tACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCCGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTAt > 1:3278284/1‑93 (MQ=255) cTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCa < 1:689900/93‑1 (MQ=255) cTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCa < 2:1115715/93‑1 (MQ=255) cTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCa > 2:2000892/1‑93 (MQ=255) cTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCa > 2:4059313/1‑93 (MQ=255) tGCGCTGCACTATACGGGTTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCAt < 1:2829204/93‑1 (MQ=255) cgcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGc > 1:1760570/1‑93 (MQ=255) cgcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGc < 1:1325122/93‑1 (MQ=255) cgcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGc < 2:433412/93‑1 (MQ=255) gcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCg > 2:2824135/1‑93 (MQ=255) gcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCg > 1:2063791/1‑93 (MQ=255) gcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCCCAATTATCATGCg > 1:2129989/1‑93 (MQ=255) tGCACTATACGGGGTTAATAAAGTAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGtt > 1:3550171/1‑93 (MQ=255) tGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGtt > 1:4620369/1‑93 (MQ=255) gCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTa < 2:2289009/93‑1 (MQ=255) gCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTa > 1:2381185/1‑93 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt > 2:4356767/1‑93 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt < 1:2366190/93‑1 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt < 1:163488/93‑1 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt < 2:1318509/93‑1 (MQ=255) cTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATa > 1:4464238/1‑93 (MQ=255) tataCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAg > 1:3736303/1‑93 (MQ=255) ataCGGGGTTAATAAAATAAAGCGAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGc < 2:3241991/93‑1 (MQ=255) taCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAGTAGCt > 2:86690/1‑93 (MQ=255) tcGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTg < 2:4031047/92‑1 (MQ=255) ggggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCg < 1:949788/93‑1 (MQ=255) ggggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCg > 1:4066421/1‑93 (MQ=255) gggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGt > 1:965726/1‑93 (MQ=255) gggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGt < 2:458114/93‑1 (MQ=255) gggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGt > 1:377206/1‑93 (MQ=255) gggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGt < 1:2184847/93‑1 (MQ=255) gTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCg > 1:1210422/1‑93 (MQ=255) gTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCg > 2:641139/1‑93 (MQ=255) taataaAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGt < 1:2946512/93‑1 (MQ=255) aataaaataaAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGtt > 2:1497587/1‑93 (MQ=255) aataaaataaAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGtt < 2:2598660/93‑1 (MQ=255) aataaaataaAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGtt > 1:3979330/1‑93 (MQ=255) taaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTg > 1:3478020/1‑93 (MQ=255) aaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGa > 2:4557921/1‑93 (MQ=255) aaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaa > 1:4028722/1‑93 (MQ=255) aataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaaa > 1:3171590/1‑93 (MQ=255) aataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaaa > 2:4640577/1‑93 (MQ=255) ataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAag < 1:3284503/93‑1 (MQ=255) taaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAaga < 1:4119532/93‑1 (MQ=255) taaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAaga > 2:413556/1‑93 (MQ=255) aaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagac > 2:3527531/1‑93 (MQ=255) aGCCAGAGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacag > 1:2557402/1‑93 (MQ=255) gCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAATTAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacaga < 1:4579236/93‑1 (MQ=255) gCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacaga < 1:2190345/93‑1 (MQ=255) ccAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacagac < 2:4733227/93‑1 (MQ=255) cAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAgacagaca > 1:95382/1‑93 (MQ=255) atatTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATa < 1:1904500/93‑1 (MQ=255) atTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACa < 2:4056377/93‑1 (MQ=255) tttAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACaa > 1:1107537/1‑93 (MQ=255) aaGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAagt > 1:4587293/1‑93 (MQ=255) aaGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAagt < 1:3421250/93‑1 (MQ=255) aGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAagta > 2:2244397/1‑93 (MQ=255) gACCGCCGGGCGGCTTAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAagtag > 2:2277221/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |