| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 85,694 | T→C | V22A (GTA→GCA) | ilvI → | acetolactate synthase isozyme III large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 85,694 | 0 | T | C | 96.8% | 576.9 / 2.1 | 188 | V22A (GTA→GCA) | ilvI | acetolactate synthase isozyme III large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/4); new base C (64/117); total (66/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGC > NC_000913/85604‑85783 | ttttCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCAt < 1:4419889/93‑1 (MQ=255)ttttCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCAt < 2:2065933/93‑1 (MQ=255) tttCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGTAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCAtt < 1:1209494/93‑1 (MQ=255) tttCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCAtt < 2:410405/93‑1 (MQ=255) tttCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCAtt > 2:3055103/1‑93 (MQ=255) tttCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCAtt < 2:1049120/93‑1 (MQ=255) ttCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTc < 2:585747/93‑1 (MQ=255) ttCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTc < 2:101686/93‑1 (MQ=255) tCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTa < 2:4285348/93‑1 (MQ=255) tCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTa > 1:333101/1‑93 (MQ=255) cAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTAt < 1:2985374/93‑1 (MQ=255) cAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTAt > 1:2016505/1‑93 (MQ=255) aaaCAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATc > 2:4476151/1‑93 (MQ=255) aaCAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATcc > 2:444071/1‑93 (MQ=255) aaCAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATcc < 2:2747803/93‑1 (MQ=255) aaCAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATcc < 1:3826285/93‑1 (MQ=255) aaCAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATcc < 1:3749192/93‑1 (MQ=255) cAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCg < 2:3289427/93‑1 (MQ=255) gTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGa > 2:2242561/1‑93 (MQ=255) gTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGa < 1:4710463/93‑1 (MQ=255) gTGAGGCAGGCCATGAAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGa < 1:4202436/93‑1 (MQ=255) ggAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAg < 2:1510957/92‑1 (MQ=255) 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ctGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCtt < 1:2834559/92‑1 (MQ=255) aTGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGTGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCtt > 2:3830510/1‑93 (MQ=255) aTGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCtt < 1:1136133/93‑1 (MQ=255) aTGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCtt > 1:1879875/1‑93 (MQ=255) gagaTGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGat > 2:1581242/1‑93 (MQ=255) agaTGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGata < 1:4229045/93‑1 (MQ=255) agaTGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGata > 2:3795763/1‑93 (MQ=255) gaTGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGatat > 1:2135583/1‑93 (MQ=255) tgttgtCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATAttt > 1:3213210/1‑93 (MQ=255) gttgtCTGGAGCCGAGATGGTCGACCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGTCGCAGTCCTTGATATTTa < 2:3230639/93‑1 (MQ=255) ttgtCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTat < 2:3888397/93‑1 (MQ=255) ttgtCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTat < 2:1639955/93‑1 (MQ=255) tGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGAtgc < 2:55137/93‑1 (MQ=255) tGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGAtgc > 2:2306339/1‑93 (MQ=255) ggAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGAtgca < 2:2599159/93‑1 (MQ=255) ggCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGAtgcatt < 2:3249751/92‑1 (MQ=255) 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ttATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATc < 2:330294/93‑1 (MQ=255) ttATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATc < 2:2622607/93‑1 (MQ=255) tATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCa < 1:55160/93‑1 (MQ=255) tATCGATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGAGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCa < 1:4497314/93‑1 (MQ=255) gATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGTTGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTa < 2:2974466/93‑1 (MQ=255) gATCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTa < 2:4662083/93‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTAtt < 1:2877865/93‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTTAAACAAGCATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTAtt < 1:1010379/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |