Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,216,420 | A→G | intergenic (+201/‑89) | ymgC → / → b1168 | hypothetical protein/putative proteases |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,216,420 | 0 | A | G | 99.4% | 594.4 / NA | 180 | intergenic (+201/‑89) | ymgC/b1168 | hypothetical protein/putative proteases |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (78/101); minor base T (0/1); total (78/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > NC_000913/1216330‑1216509 | aTGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGAACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGa > 2:4076301/1‑93 (MQ=255) tGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAt < 2:2986510/93‑1 (MQ=255) tGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAt < 2:3277505/93‑1 (MQ=255) ggAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATc > 2:589958/1‑93 (MQ=255) ggAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATc < 1:2551219/93‑1 (MQ=255) ggAGAGTGCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATc < 1:4349478/93‑1 (MQ=255) atttCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa < 1:2336153/91‑1 (MQ=255) agTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa < 2:1520365/93‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGAt < 1:4612939/93‑1 (MQ=255) tctcGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATgg > 2:1113393/1‑93 (MQ=255) tcGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGgag > 1:2020277/1‑93 (MQ=255) ctctCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGaaa < 1:3641170/93‑1 (MQ=255) tctcCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGaaaa > 1:551371/1‑93 (MQ=255) tctcCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGaaaa > 2:1973133/1‑93 (MQ=255) ctcCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAt > 1:818556/1‑93 (MQ=255) ctcCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAt > 1:1184830/1‑93 (MQ=255) ccATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAttt > 1:959797/1‑93 (MQ=255) ccATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAttt < 1:2822293/93‑1 (MQ=255) ccATTCTTGACGCCTGATATCCCACCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAttt < 2:2619665/93‑1 (MQ=255) cATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAtttt > 1:3504917/1‑93 (MQ=255) aTTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTa < 1:1751554/93‑1 (MQ=255) aTTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTa > 2:3796932/1‑93 (MQ=255) aTTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTa < 2:4454038/93‑1 (MQ=255) aTTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTa < 1:333222/93‑1 (MQ=255) ttCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTAt > 1:4562641/1‑93 (MQ=255) tCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATc < 1:475126/93‑1 (MQ=255) cTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCt < 2:1570296/93‑1 (MQ=255) cTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCt < 1:3727766/93‑1 (MQ=255) ttGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCtt > 1:3197611/1‑93 (MQ=255) tGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTc < 1:1121243/93‑1 (MQ=255) 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atatCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGat < 1:4201314/93‑1 (MQ=255) tCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATAtt < 1:3879970/93‑1 (MQ=255) tCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATAtt < 1:3395653/93‑1 (MQ=255) tCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATAtt > 2:676766/1‑93 (MQ=255) ccGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTc < 2:880281/93‑1 (MQ=255) cGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCt < 2:2859067/93‑1 (MQ=255) cGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCt > 1:1622820/1‑93 (MQ=255) gCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATAtttttt > 2:3389564/1‑93 (MQ=255) gCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATAGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCtt > 1:3001161/1‑93 (MQ=255) ccTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTa < 1:911498/93‑1 (MQ=255) ccTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTa < 1:378685/93‑1 (MQ=255) cTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTAt < 2:308134/93‑1 (MQ=255) tAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATg > 1:2656541/1‑93 (MQ=255) tAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATg > 2:2371232/1‑93 (MQ=255) tAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATg > 1:4025798/1‑93 (MQ=255) aaCTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGc < 2:2519370/93‑1 (MQ=255) aaCTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGc > 2:2478117/1‑93 (MQ=255) aCTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGct > 2:715594/1‑93 (MQ=255) aCTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGct > 2:4650485/1‑93 (MQ=255) cTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctc < 1:3020716/93‑1 (MQ=255) ttATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctct < 1:2236825/93‑1 (MQ=255) tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc < 2:4585965/93‑1 (MQ=255) ttttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTa < 2:1653720/93‑1 (MQ=255) ttttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTa < 2:2360981/93‑1 (MQ=255) ttttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTa < 1:770424/93‑1 (MQ=255) tttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTAc < 1:1066379/93‑1 (MQ=255) gTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCAt < 2:3721651/93‑1 (MQ=255) tACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATg < 1:139804/93‑1 (MQ=255) aCTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGc > 2:2151782/1‑93 (MQ=255) cTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGct > 2:2261766/1‑93 (MQ=255) cTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGct > 2:2493877/1‑93 (MQ=255) cTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGct > 2:259146/1‑93 (MQ=255) 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aatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcgagcga > 1:405164/1‑93 (MQ=255) atGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaa < 2:2668006/93‑1 (MQ=255) tGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaat < 1:3396593/93‑1 (MQ=255) gggTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatg < 1:1282125/93‑1 (MQ=255) ggTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatga > 2:4167378/1‑93 (MQ=255) gTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatgaa < 1:1913386/93‑1 (MQ=255) | ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > NC_000913/1216330‑1216509 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |