| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,237,963 | C→T | S390S (TCC→TCT) | dadA → | D‑amino acid dehydrogenase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,237,963 | 0 | C | T | 99.2% | 438.4 / ‑5.4 | 125 | S390S (TCC→TCT) | dadA | D‑amino acid dehydrogenase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (65/59); total (65/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC > NC_000913/1237873‑1238052 | cGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTgg < 2:4497667/93‑1 (MQ=255) ggCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGt < 1:3200958/93‑1 (MQ=255) ggCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGGTCTGGt > 2:248301/1‑93 (MQ=255) gCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTc < 1:1583197/93‑1 (MQ=255) atgCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAg < 1:4391385/91‑1 (MQ=255) aCGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAg > 1:977670/1‑93 (MQ=255) gCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgtt > 2:76277/1‑93 (MQ=255) gCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgtt < 2:515316/93‑1 (MQ=255) gCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgtt < 2:4258533/93‑1 (MQ=255) ccGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttg < 2:4108800/93‑1 (MQ=255) ccGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttg < 2:597369/93‑1 (MQ=255) ggTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttgtt > 2:4678014/1‑93 (MQ=255) ggTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttgtt < 1:3240161/93‑1 (MQ=255) ggTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGGTCTGGTCAggtgtt > 1:310709/1‑93 (MQ=255) 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acGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctctc > 1:4159180/1‑93 (MQ=255) cGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctctct < 1:2944723/93‑1 (MQ=255) gCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTg < 1:2670585/93‑1 (MQ=255) gCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTg > 1:2624902/1‑93 (MQ=255) cTTTAAAAATCTATGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTgg < 1:4194697/93‑1 (MQ=255) tttAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTggc > 2:3805562/1‑92 (MQ=255) tttAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGt > 1:1095422/1‑93 (MQ=255) tttAAAAATCTGAGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGt < 2:276020/93‑1 (MQ=255) aaTCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACg > 2:1881338/1‑93 (MQ=255) aaTCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACg > 1:3263520/1‑93 (MQ=255) tCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGcc > 1:1884025/1‑93 (MQ=255) tCTGTGGCTGAATACCGGCCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGcg > 1:2446899/1‑92 (MQ=255) tgtgGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAg < 1:3946465/93‑1 (MQ=255) gtgGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGc < 2:1247467/93‑1 (MQ=255) tgGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCg > 2:4702631/1‑93 (MQ=255) tgGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCg < 1:4340998/93‑1 (MQ=255) ggCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGa < 1:2080670/93‑1 (MQ=255) gCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGAt < 1:392936/93‑1 (MQ=255) cTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATc < 1:2470884/93‑1 (MQ=255) tGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATcc > 1:3902364/1‑93 (MQ=255) tGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATcc > 2:2886610/1‑93 (MQ=255) gAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATccc > 1:1938924/1‑93 (MQ=255) aaTACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCa < 1:127304/93‑1 (MQ=255) tACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCata < 2:2019591/93‑1 (MQ=255) aCCGGTCACGGCCAGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTAAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCatat < 1:1584503/93‑1 (MQ=255) aCCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCatat < 2:1490486/93‑1 (MQ=255) cGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGa > 1:4076040/1‑93 (MQ=255) gTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAgg > 2:3008038/1‑93 (MQ=255) gTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAgg > 1:4173889/1‑93 (MQ=255) gTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAgg > 2:1814496/1‑93 (MQ=255) tCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGa > 1:565051/1‑93 (MQ=255) tCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGa < 1:1287760/93‑1 (MQ=255) aCGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATc < 1:2783977/93‑1 (MQ=255) aCGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATc > 2:1286741/1‑93 (MQ=255) cGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCt > 1:2369220/1‑93 (MQ=255) gCACTCTCGGCTGGTCGAGGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTaa < 1:1271582/93‑1 (MQ=255) gCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTaa < 2:4594004/93‑1 (MQ=255) gCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTaa < 2:312793/93‑1 (MQ=255) cACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAg > 1:2757170/1‑93 (MQ=255) cACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAg > 1:4634860/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |